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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 关于PCR整个质粒的问题
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rainbow8

新虫 (小有名气)

[求助] 关于PCR整个质粒的问题

各位虫友好，我的问题概括起来说就是：我需要从一个8k的质粒上p大约7k的片段，就是只有1k的片段我不要。质粒是环形的，不线性化。请问我p出来的条带跑电泳看怎么都是8k的，不会把整个质粒都p出来了吧。我的引物不包括我不要那一部分的序列啊。
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学海无涯，回头是岸
1楼 2012-06-01 16:25:16
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liuyu_sdili

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这个电泳有时候不好说，做胶做不好也会有各个泳道迁移率一样的情况，重新跑电泳看看，如果你知道质粒序列的话可以正反向测序各测一个反应，看看是不是你想要的那部分~~~~~
如果楼主真是知道质粒的序列，那应该问题不大~~~~
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3楼2012-06-01 17:10:41
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莹莹陀zws

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
那就是你没有扩出来，很常见的失败现象
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悲伤着你的悲伤，幸福着你的幸福
2楼2012-06-01 16:48:31
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starseacow

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
不知道楼主是否有特殊需要必须经过PCR扩增质粒片段。为了避免扩增整个质粒，也可以找合适位点对质粒酶切，跑胶，把7kb那部分切胶回收，作为模板PCR。
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植物生理群69993869，为避免广告，申请加入请提供木虫昵称，院校及专业信息
4楼2012-06-01 22:52:47
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atlanticwi

金虫 (正式写手)

琴美喜欢发呆 不喜欢发脾气

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
嗯...................
        据我实验中的结果，凡是在7K以上的迁移率几乎都是有很微小的差别的 除非你的胶足够软（低于0.7%）且两条带差据2kb以上 电泳实验还要足够长些 才能有肉眼看到差别的
       别太在意迁移率 如果量足够大 回收了做个酶切也可以鉴定哦
       个人看法 若有说错请高手指点
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Let God do with it as He wills
5楼2012-06-01 23:58:11
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