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红漠之心

新虫 (初入文坛)

[求助] 怎样设计引物鉴定只有9bp缺失的DNA片段 ?

怎样设计引物鉴定只有9bp缺失的DNA片段 ?
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gywyl1977

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
能不能说具体点,否则很难回答你。
2楼2012-05-31 22:24:07
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
缺失两边各设计一个引物,对扩;
pcr产物大小在200bp-600bp之间比较好,;
扩出产物来,跑胶切胶纯化回收-》转化培养筛菌-》送测序;
还是看测序结果比较好哇。才9bp的indel,光靠跑胶看不出来~~
3楼2012-06-01 08:57:51
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xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
差9个 bp,就在缺失的位置设计引物扩增(引物中含有那缺失的9个碱基)。如果能扩增就没有缺失,没有扩增就缺失了呗。

或者用毛细管电泳或丙烯酰胺电泳检测普通的PCR产物,能很好的区分相差几个碱基的序列。
4楼2012-06-01 10:25:59
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gungunak47

铁虫 (初入文坛)


【答案】应助回帖

或者扩出来之后用内切酶去切那9bp,当然后先要保证没有其他酶切位点,然后如果能切开就表示不存在缺失的9bp,不能切开就表明缺失了9bp
5楼2012-06-13 17:56:41
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