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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 测序得到的结果不对，不知道是比对错误，还是其他什么问题？？？
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静寂

新虫 (初入文坛)

[求助] 测序得到的结果不对，不知道是比对错误，还是其他什么问题？？？

测了几十个序列得到的片段都是差不多相似的，同源程度很高，但是比对之后与研究对象的科属不一致，不知道是什么原因，想确定一下得到序列的方向都是5到3吗？正向和反向引物测序得到的结果可以在一起拼接得到contigs进行比对分析吗？还有用该序列的反向互补序列比对得到的结果应该是一致的对吗？
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1楼 2012-05-30 18:57:29
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静寂

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jqq1985 at 2012-05-30 22:33:19
测序给的序列方向是要看你测序引物的方向。测序结果最前面和最后面都不太准，大概是中间600bp是准确的。

就是说我测序得到的序列和引物一致的是正链，及5‘-3’，需要用反向互补引物找的那部分序列应该也是5‘-3’吧，那这两部分序列可以在一起拼接聚类吗？
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3楼2012-05-30 22:45:54
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jqq1985

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
测序给的序列方向是要看你测序引物的方向。测序结果最前面和最后面都不太准，大概是中间600bp是准确的。
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2楼2012-05-30 22:33:19
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jqq1985

银虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 静寂 at 2012-05-30 22:45:54
就是说我测序得到的序列和引物一致的是正链，及5‘-3’，需要用反向互补引物找的那部分序列应该也是5‘-3’吧，那这两部分序列可以在一起拼接聚类吗？...

可以。
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4楼2012-05-30 23:04:07
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