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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » RNA完整性检测
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ddf273634096

新虫 (小有名气)

[求助] RNA完整性检测

新手勿喷！
最近提取的水稻的RNA，想要检测完整性，看了下要用琼脂糖凝胶电泳，但这方面的东西自己实在欠缺，请各位大侠指点下，具体步骤（从制胶到电泳，特别是染料这些东西的选择）！
3Q
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1楼 2012-05-27 21:23:47
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-28 15:49:09
你要打算干什么用的？
如果是用在高通量测序的话，建议还是用安捷伦2100跑一下；
如果单纯的克隆基因，定量等，跑胶就足矣了，注意看：1 条带是否sharp；2 亮度如何，比例； 3 是否有弥散； 另外，记得：跑电泳前定量，并且看260/280；不同的物种，18s,28s 不一定是1：2关系
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2楼2012-05-28 08:47:33
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xiaoxiong520

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, 鼓励应助 2012-05-28 15:49:40
ddf273634096: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-06-12 09:57:02
琼脂糖凝胶电泳：按(w/v)1%浓度的配琼脂糖凝胶，即1g琼脂糖对应着100ml的1XTAE，看你用胶的体积自己算一下即可，称取后放在三角瓶内，于微波炉内加热90s充分溶解，待温度降至60℃时，按1u染料l对应10ml凝胶液的比例加入染料，混匀后倒入制胶槽，插入梳子，半小时左右即可凝好；
     制胶槽、梳子、电泳槽等事先用0.1%的DEPC水浸泡过夜，清洗晾干后在电泳；可设置120V电泳15min。 我们用的核酸染料是GeneView
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3楼2012-05-28 09:02:02
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longrna

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-28 15:50:03
同意楼上。
附（非变性）普通琼脂糖RNA电泳：
配胶所用的梳子、托盘以及电泳槽等器皿如有条件用专用的。否则使用前请用0.5N NaOH或过氧化氢浸泡20-30分钟，然后使用蒸馏水冲两到三次。TAB使用蒸馏水新鲜稀释至1X TAE。
配1.2-1.5%胶，根据NanoDrop浓度上样约200ng(点样孔大可适当增加)，可点一个DL2000的marker参考。7-8V/cm电泳约20min。染胶约10min,成像观察。
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伟大航线....
4楼2012-05-28 09:16:25
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asppro

金虫 (小有名气)

野狼
引用回帖:
2楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-05-28 08:47:33
你要打算干什么用的？
如果是用在高通量测序的话，建议还是用安捷伦2100跑一下；
如果单纯的克隆基因，定量等，跑胶就足矣了，注意看：1 条带是否sharp；2 亮度如何，比例； 3 是否有弥散； 另外，记得：跑电泳前 ...

楼上的有2100？我们正想买一台，得多少钱啊？
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忠于祖国、忠于人民
5楼2012-08-03 08:54:35
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gaoyang636

木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by asppro at 2012-08-03 08:54:35
楼上的有2100？我们正想买一台，得多少钱啊？...

价格不知道～～sorry
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6楼2012-08-03 08:57:45
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独孤无烟

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-05-28 08:47:33
你要打算干什么用的？
如果是用在高通量测序的话，建议还是用安捷伦2100跑一下；
如果单纯的克隆基因，定量等，跑胶就足矣了，注意看：1 条带是否sharp；2 亮度如何，比例； 3 是否有弥散； 另外，记得：跑电泳前 ...

那miR的话用安捷伦检测完整性，样本浓度是多大呢，谢谢
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不忘初心，才能始终
7楼2015-01-22 16:26:23
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