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ddf273634096

新虫 (小有名气)

[求助] RNA完整性检测

新手勿喷!
最近提取的水稻的RNA,想要检测完整性,看了下要用琼脂糖凝胶电泳,但这方面的东西自己实在欠缺,请各位大侠指点下,具体步骤(从制胶到电泳,特别是染料这些东西的选择)!
3Q
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独孤无烟

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-05-28 08:47:33
你要打算干什么用的?
如果是用在高通量测序的话,建议还是用安捷伦2100跑一下;
如果单纯的克隆基因,定量等,跑胶就足矣了,注意看:1 条带是否sharp;2 亮度如何,比例; 3 是否有弥散; 另外,记得:跑电泳前 ...

那miR的话用安捷伦检测完整性,样本浓度是多大呢,谢谢
不忘初心,才能始终
7楼2015-01-22 16:26:23
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-28 15:49:09
你要打算干什么用的?
如果是用在高通量测序的话,建议还是用安捷伦2100跑一下;
如果单纯的克隆基因,定量等,跑胶就足矣了,注意看:1 条带是否sharp;2 亮度如何,比例; 3 是否有弥散; 另外,记得:跑电泳前定量,并且看260/280;不同的物种,18s,28s 不一定是1:2关系
2楼2012-05-28 08:47:33
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xiaoxiong520

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, 鼓励应助 2012-05-28 15:49:40
ddf273634096: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-06-12 09:57:02
琼脂糖凝胶电泳:按(w/v)1%浓度的配琼脂糖凝胶,即1g琼脂糖对应着100ml的1XTAE,看你用胶的体积自己算一下即可,称取后放在三角瓶内,于微波炉内加热90s充分溶解,待温度降至60℃时,按1u染料l对应10ml凝胶液的比例加入染料,混匀后倒入制胶槽,插入梳子,半小时左右即可凝好;
     制胶槽、梳子、电泳槽等事先用0.1%的DEPC水浸泡过夜,清洗晾干后在电泳;可设置120V电泳15min。 我们用的核酸染料是GeneView
3楼2012-05-28 09:02:02
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longrna

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-28 15:50:03
同意楼上。
附(非变性)普通琼脂糖RNA电泳:
配胶所用的梳子、托盘以及电泳槽等器皿如有条件用专用的。否则使用前请用0.5N NaOH或过氧化氢浸泡20-30分钟,然后使用蒸馏水冲两到三次。TAB使用蒸馏水新鲜稀释至1X TAE。
配1.2-1.5%胶,根据NanoDrop浓度上样约200ng(点样孔大可适当增加),可点一个DL2000的marker参考。7-8V/cm电泳约20min。染胶约10min,成像观察。
伟大航线....
4楼2012-05-28 09:16:25
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