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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 细菌用什么破碎会比较好呢
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kabuqinuo89

新虫 (小有名气)

[求助] 细菌用什么破碎会比较好呢

我进行试验的细菌基因组的长度大约是23kb，用什么方法破碎可以使其长度变成大月2000-3000bp左右的呢
求高手帮忙，万分感谢啊！
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1楼 2012-05-27 10:09:49
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kedaxiaoyu

木虫 (职业作家)

神虫浮云

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
用超声破碎或者高压匀质机破碎应该能破开吧。
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2楼2012-05-28 10:31:04
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trizol11

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
用超声波可以打碎，我的一个师姐就是这样碎大肠杆菌的
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任重道远……
3楼2012-05-28 12:48:20
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aixia5

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
超声和高压都可以，高压后再超声打断核酸
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4楼2012-05-28 14:01:01
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yunocn

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
破碎可以直接破DNA么？
一般可以用酶切，然后电泳回收
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5楼2012-05-28 17:28:25
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jingdejun

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, 鼓励应助，很热心哦 2012-05-29 13:49:29
kabuqinuo89: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-05-31 12:56:23
笼统的说，有三类方法。
物理法：用机械力破坏基因组。
化学法：用一些有机试剂来使基因组破坏。
生物法：一般常用的是酶法。

物理法的效果不是很好，获得的片段大小不易控制，且多有损失；
化学法一般都有毒性，并且后期还要较为复杂的后处理；
酶法条件温和，获得的片段大小一般可以提前预知，但是仅限于基因组的结构（或是酶切位点分布）清楚的情况。后处理也比较简单。也可以多个酶同时酶切（注意buffer）。

我个人建议使用酶切法。因为要求不是很严格的话，即便是不清楚酶切位点分布，还是一样可以切，切完之后电泳检测就ok了。若还为达到要求，就继续切。但是最后能否使片段都在2000-3000的范围，我就不能保证了。

当然，你也可以将几种方法结合起来用。效果说不定更好。
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6楼2012-05-29 08:57:55
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dongniaoxin

铁杆木虫 (正式写手)

响当当的木头

【答案】应助回帖

★
kabuqinuo89: 金币+1 2012-05-31 12:58:06
超声的方法基因组就全被破坏了，我破碎细菌菌体获得蛋白时用的超声的方法，看不到核酸了——核酸的粘度较大，所以最好不要用超声了吧
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没有梦就走，没有错就不向谁低头
7楼2012-05-30 13:40:07
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kabuqinuo89

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by dongniaoxin at 2012-05-30 13:40:07
超声的方法基因组就全被破坏了，我破碎细菌菌体获得蛋白时用的超声的方法，看不到核酸了——核酸的粘度较大，所以最好不要用超声了吧

那用什么好呢
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8楼2012-05-31 12:52:34
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kabuqinuo89

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by aixia5 at 2012-05-28 14:01:01
超声和高压都可以，高压后再超声打断核酸

超生后效果很不好，都成了100bp左右的片段了
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9楼2012-05-31 12:54:06
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kabuqinuo89

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by yunocn at 2012-05-28 17:28:25
破碎可以直接破DNA么？
一般可以用酶切，然后电泳回收

酶切也切得个乱七八糟的
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10楼2012-05-31 12:54:42
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