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alicelchf

木虫 (著名写手)

[求助] 奇怪的PCR产物

构建的上下游引物分别携带了PsgI(NcoI同尾酶)、XhoI位点,得到目的片段产物,然后将其回收、双酶切消化、80度灭火;
载体经过NcoI、XhoI双酶切,电泳切胶回收。
按照不同片段和载体比例进行连接ligase,转化得到质粒(6700bp左右)
问题在于(1)我们的质粒无论是试剂盒、手提得到的浓度都很少,而且是两条带(附件一20120418 pet28-10);转化至plate有菌落,但是经过再一次双酶切之后电泳完全看不到任何片段或是载体。是我们根本没连接上吗?
(2)我们以克隆的新载体作为模板进行PCR,得到的居然更多条带(附件二20120419 pm pcr 亚克隆),初步觉得是因为引物特异性比较差,因为引物较长而且有些比较特殊的要求导致无法简短、增加特异性;所以我都怀疑我们一直以来PCR出来的事原来模板的非目的片段。所以很想知道出现这么多条带的原因有可能是什么?
顺带说一句,我们摇出来菌浑浊了,送去检测 nothing
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  • 附件 1 : 20120418 pet28-10.jpg
  • 2012-04-19 22:02:30, 9.76 K
  • 附件 2 : 20120419 pcr 亚克隆.tif
  • 2012-04-19 22:02:36, 1.25 M

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yyy_zzz

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-04-20 13:40:49
酶切验证用XhoI 。以原来的载体做模板PCR,如果和附件二20120419 pm pcr 亚克隆结果大致一致,那基本上试验就算失败了。如果不一致,不知道你要扩增的片段多大,要是那条最宽的条带的话,问题貌似不大,你可以提高退火温度试试。多条带出现的原因是很多的,比如不合适的模板,不合适的退火温度等都是原因。
5楼2012-04-20 11:20:16
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sunwei57

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你用什么酶做的酶切,同位酶连接后原来的酶是切不开的,质粒稀释100-1000再做PCR
2楼2012-04-19 22:46:18
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alicelchf

木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by sunwei57 at 2012-04-19 22:46:18:
你用什么酶做的酶切,同位酶连接后原来的酶是切不开的,质粒稀释100-1000再做PCR

NcoI(Psg I),fermantas
XhoI, TAKARA

我知道切不开,所以没办法进行验证,不过倒是可以尝试但酶切,是吧

只是很纳闷那么多PCR产物是为何
修身、齐家、治国、平天下
3楼2012-04-20 10:54:23
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yyy_zzz

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

另外,对于问题一,两条带很正常,构象不同而已。浓度低除了操作还可能跟质粒拷贝数和菌浓有关系。
6楼2012-04-20 11:23:00
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