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xiazhiwuxie

银虫 (小有名气)

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[求助] 大片段连接问题

实验室得到一个片段为2300bp左右的DNA序列，但是连接了半个月都没有连上，连接体系是：19T 0.5ul
         目的条带 5ul
         solution I  5ul
   过夜4度，16度连接3h
也做过16度连接两夜
做过4度
  期间确定目的条带回收正确，连接体系也用了最新的，感受态是买的，在这个条带的靠近3‘端约200bp是已知的，根据这个片段设计引物，扩增约为140bp。
  得到的结果：1.不长菌
            2.长菌，但是扩增无条带
            3.长菌，扩增出140bp,但是测序后，结果告知插入片段只有200bp,且这200bp片段就是已知部分，抽了质粒后得知条带大约就是比2000bp的大点。

我快疯了，折腾了半个月，序列还没得到，求高人指导！

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1楼2012-04-14 20:04:35

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ghs25372216

禁虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xiazhiwuxie: 金币+5, ★有帮助, 我昨天想用T4连接酶连着，但是实验室没人做过，今天试试 2012-04-15 10:12:57
小丹木木: 金币+3, 恩，可以试下 2012-04-16 13:54:47

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3楼2012-04-15 09:46:42

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dingfang0707

金虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xiazhiwuxie: 金币+2, ★有帮助, 已经调整了，但是2000多的，目的条带都和载体差不多大了 2012-04-15 10:13:54

把连接所加的试剂跟DNA的比例调整一下就行了

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开心过好每一天

2楼2012-04-14 20:20:10

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to-be

金虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xiazhiwuxie: 金币+2, ★有帮助, PCR回收后条带清晰 2012-04-16 12:12:16
小丹木木: 金币+3, 鼓励正解解答问题 2012-04-16 13:55:10

1.连接体系为10uL，目的DNA片段应为4.5uL,一般试剂盒都可用，连接温度是不关键因素，时间过夜即可。
2.一定要保证PCR要达到一定浓度和纯度才可以，这一点至关重要。
3.另外，楼主说的300bp引物是菌液PCR检测引物吗？最好用一个载体引物，一个片段上的引物，假阳性会降低，而且最好把全长扩出来。
4.若果菌液ＰＣＲ扩出来了就不用提质粒了酶切了，可以直接测序。

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生活是面镜子~

4楼2012-04-15 12:16:44

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