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xiazhiwuxie

银虫 (小有名气)

[求助] 大片段连接问题

实验室得到一个片段为2300bp左右的DNA序列,但是连接了半个月都没有连上,连接体系是:19T 0.5ul
            目的条带 5ul
           solution I  5ul
       过夜4度,16度连接3h
   也做过16度连接两夜
    做过4度
  期间确定目的条带回收正确,连接体系也用了最新的,感受态是买的,在这个条带的靠近3‘端约200bp是已知的,根据这个片段设计引物,扩增约为140bp。
  得到的结果:1.不长菌
              2.长菌,但是扩增无条带
              3.长菌,扩增出140bp,但是测序后,结果告知插入片段只有200bp,且这200bp片段就是已知部分,抽了质粒后得知条带大约就是比2000bp的大点。

我快疯了,折腾了半个月,序列还没得到,求高人指导!
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lwq652

木虫 (正式写手)

连接过夜,我们一般连接十分钟到半个小时,2k的很容易连啊,我们做五六k的都在连啊
一念错,便觉百行皆非,防之当如渡海浮囊,勿容一针之罅漏
5楼2012-04-15 16:56:45
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lwq652

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西瓜: 金币+2, 看来你们的酶不错呀~ 2012-04-16 21:35:44
其实2k不算什么大片段的,我们单个基因就有2k多,几个基因下来更长。我们一般的体系是10ul,酶0.5,buffer 1,基因加载体8.5,至于两者比例要看电泳条带,但载体不超过3ul。连接十分钟到半个小时(说明书是十分钟,但我们一般会延长一点,除非时间来不及)立马做转化(10ul/100ul)。
一念错,便觉百行皆非,防之当如渡海浮囊,勿容一针之罅漏
9楼2012-04-16 10:27:07
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lwq652

木虫 (正式写手)

厄,我错了,你是做ta克隆的。我以为你做的是普通的酶切连接克隆。TA克隆我们偶尔做,用的是invitrogen的一个试剂盒,但是没用配套的酶,用的是fermentas的连接酶,主要是他速度快。不过就做过几次,最长的一段也就1.8k
一念错,便觉百行皆非,防之当如渡海浮囊,勿容一针之罅漏
13楼2012-04-16 12:46:38
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