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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » PBI121载体转化拟南芥，Tail-PCR扩增整合位点侧翼序列，为何只扩增得到载体部分序列？
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dfm1987

新虫 (初入文坛)

[求助] PBI121载体转化拟南芥，Tail-PCR扩增整合位点侧翼序列，为何只扩增得到载体部分序列？已有1人参与

我用热不对称方法扩增PBI121载体转化拟南芥得到的转化子的T-DNA整合位点侧翼序列；上游简并引物和下游特异性序列（RB区域）都是别人文献当中用过的，但是第三轮引物扩增的结果1000bp左右，经测序结果验证依然是PBI121的序列（RB区域上游）。我一直以为PBI121的整合特点是从RB和LB区域断开，整合到植物基因组中，但是我扩增出的结果又好像不是。求解，请各位大侠帮帮忙！还有一般大家是用哪种方法扩增T-DNA整合位点侧翼序列的？
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1楼2012-04-05 16:35:06
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dfm1987

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by chengdongmey at 2012-04-08 22:16:41:
楼主转化的时候没有线性化质粒吗？

采用的农杆菌介导转化拟南芥，就是构了PBI121的重组质粒，然后转化农杆菌，用农杆菌侵染拟南芥，好像没有看到说要有线性化质粒的步骤。
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4楼2012-04-10 00:05:45
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太极拳

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西瓜: 金币+1, 鼓励交流 2012-04-10 18:36:12
建议LZ先找到断裂位点，再设计特异嵌套式引物进行tail-PCR，这样更加靠谱！
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2楼2012-04-08 20:50:57
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chengdongmey

金虫 (小有名气)

All is well.

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
楼主转化的时候没有线性化质粒吗？
赞一下 回复此楼
Alliswell.
3楼2012-04-08 22:16:41
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dfm1987

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 太极拳 at 2012-04-08 20:50:57:
建议LZ先找到断裂位点，再设计特异嵌套式引物进行tail-PCR，这样更加靠谱！

一般文献的说法是从RB和LB区域断裂，所以就在此区域设计了引物，结果扩出来的结果不是预期的，所以不知道是哪里出了问题。想了解一下有没有人遇到过这种情况。
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5楼2012-04-10 00:11:25
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