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chendong0625

银虫 (小有名气)

[求助] gromacs grompp的时候出现如下错误

WARNING 1 [file he.top, line 25863]:
  Too few parameters on line (source file toppush.c, line 1501)

WARNING 2 [file forcefield.itp, line 1]:
  Too few parameters on line (source file toppush.c, line 1501)

WARNING 3 [file forcefield.itp, line 2]:
  Too few parameters on line (source file toppush.c, line 1501)

WARNING 4 [file forcefield.itp, line 3]:
  Too few parameters on line (source file toppush.c, line 1501)

WARNING 5 [file forcefield.itp, line 4]:
  Too few parameters on line (source file toppush.c, line 1501)

WARNING 6 [file forcefield.itp, line 5]:
  Too few parameters on line (source file toppush.c, line 1501)

WARNING 7 [file forcefield.itp, line 6]:
  Too few parameters on line (source file toppush.c, line 1501)

WARNING 8 [file forcefield.itp, line 7]:
  Too few parameters on line (source file toppush.c, line 1501)

WARNING 9 [file forcefield.itp, line 8]:
  Too few parameters on line (source file toppush.c, line 1501)

WARNING 10 [file forcefield.itp, line 9]:
  Too few parameters on line (source file toppush.c, line 1501)

WARNING 11 [file forcefield.itp, line 10]:
  Too few parameters on line (source file toppush.c, line 1501)

-------------------------------------------------------
Program grompp, VERSION 4.5.5
Source code file: topio.c, line: 656

Fatal error:
Syntax error - File forcefield.itp, line 15
Last line read:
'[ defaults ]'
Invalid order for directive defaults
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------

前面pdb和top文件都建好没问题,加好盒子和溶剂以后,运行grompp能量最小化的时候,出现了以上错误。各位朋友帮忙分析分析,是什么原因?
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让我们面对现实,让我们忠于理想。
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chendong0625

银虫 (小有名气)

懂相关知识的人希望能不吝赐教
让我们面对现实,让我们忠于理想。
2楼2012-03-02 09:15:01
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蒙延娟

金虫 (初入文坛)

应该是你的动力学参数文件没设置好,可以参考一下别人的mdp文件
let life be beautiful like summer flower !
3楼2012-03-02 09:31:07
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微米阳光

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by chendong0625 at 2012-03-02 09:15:01
懂相关知识的人希望能不吝赐教

请问您的问题后来怎么解决的吗?我也遇到同样问题,却不知道该怎么做。谢谢!
4楼2017-08-01 13:51:21
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yyy199609

铁虫 (初入文坛)

请问楼主问题解决了吗
5楼2019-04-12 10:24:11
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