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张晓梅ZXM

金虫 (正式写手)

meimeizhang

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[求助] 为何PCR产物测序只测一部分？

想做一些看家基因分析，文献给的扩增引物和测序引物信息（位点）结果如下：
F:1162-1190 R:2126-2155 扩增产物994bp
F1:1273-1291 R1:2135-2152 测序产物879bp 实际测得540bp

问题一：为何测序只测PCR扩出来的一部分？如果本来只需这一小段的话为何不直接扩这一段？

问题二：根据测序引物的位点推测产物应该是879bp,为何实际测序结果是540bp?

很困惑，请教大虾！感激不尽！

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每天进步一点点，持之以恒！

1楼 2012-02-22 23:06:29

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若水5886

新虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

引用回帖:

6楼: Originally posted by 张晓梅ZXM at 2012-02-23 15:45:16:
第一个问题明白了，谢谢！
第二个问题，先声明一下，我是看的参考文献，有些问题不明白自己还没开始做呢。我是根据它给的测序引物的位点来推测测出的序列应该是800多，可它的真正结果说只有500多，所以我不明白

我不知道文献具体说的是什么情况，我是不是可以理解为文献说的目标序列其实是500多呢？测序的时候前后有部分序列不是目标序列的哦，比如说有一部分是载体序列，或者有一部分是测序引物和目标序列之间的序列。简言之，测序引物之间的800多个碱基只有中间的500多是目标序列，其他的不是目标序列而已。