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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » rna条带问题
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斯多格格

铜虫 (小有名气)

[求助] rna条带问题

为什么提取的真菌RNA跑胶后，28s的亮度和宽度是18s的2倍呢（提取的比较好的情况下）？我在实验室问了好多师兄师姐，解答都不怎么理想，还请各位虫友帮忙解答下，谢谢啦！
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书自香我何须花
1楼 2012-02-02 16:31:25
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我是小纯洁

金虫 (正式写手)
无图无真相~~~发个图看看
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2楼2012-02-03 15:19:28
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yabxxh

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
斯多格格: 回帖置顶 2012-02-03 20:56:56
斯多格格(金币+5): ★★★★★最佳答案 前辈肯定不在乎这几个金币啦，还是多谢前辈热心帮助哈。对我帮助很大，再次感谢。 2012-02-03 21:06:31
amisking(金币+5): 鼓励积极应助！ 2012-02-03 22:39:41
wanhscn(金币+2, MolEPI+1): Good! 2012-02-04 08:48:31
这个应该是这样的，rRNA分子量大，代谢也不活跃，原核生物中主要有5s，16s和23s rRNA，真核生物中主要有5s，5.8s，18s和28s。
    一般来说，28s的分子量大约为4.7k，18s的分子量大约为1.9k，而在细胞内28s和18s的分子数是相同的，因为它们来源于同一个转录本，所以，摩尔数相同，质量的比值就等于分子量的比值，这也是很多人用28s：18s是否为2:1来判断提取的RNA质量高低的理论依据。
    当然理论必竟是理论，实际操作中会因为上样量、电泳条件和物种之间的差异而出现，28s:18s不等于2:1的情况，甚至会出现18s亮度大于28s的情况。这样我们就要具体问题具体分析了。最好是用分光光度计测一下ratio值，水洗脱的话，在1.8-2.0之间的话就不错，如果用试剂盒里面的Elution Buffer可能会高于2.0。
    希望能帮到你。
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3楼2012-02-03 17:28:40
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斯多格格

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by 我是小纯洁 at 2012-02-03 15:19:28:
无图无真相~~~发个图看看

这个不需要图吧，28s的亮度和宽度是18s的2倍、是师兄们给我说得判断提的RNA比较好的依据之一呀，但是问他们他们都说不知道为什么，大家都是这么说的，我网上搜了也没找到好得解答。不过还是谢谢前辈的热心啊
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书自香我何须花
4楼2012-02-03 17:29:39
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斯多格格

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by yabxxh at 2012-02-03 17:28:40:
这个应该是这样的，rRNA分子量大，代谢也不活跃，原核生物中主要有5s，16s和23s rRNA，真核生物中主要有5s，5.8s，18s和28s。
    一般来说，28s的分子量大约为4.7k，18s的分子量大约为1.9k，而在细胞内28s和18s ...

那是不是也可以说明EB的显色强度跟分子量正相关呢，有人说EB的灵敏度很高，有一点儿就会很亮的？还有啊，那些18s比28s亮的是不是说明18s的分子量更大呢，这样的话跑胶时它岂不是要和28s调换位置？我们怎么区别呢？希望前辈指点迷津······谢谢
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书自香我何须花
5楼2012-02-03 21:15:41
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yabxxh

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小丹木木(金币+3): 很专业的说。 2012-02-04 15:30:32
这个可以这么理解，正是因为EB很灵敏，所以它很容易过载，也就是说，RNA样品过量的时候，不是所有的RNA分子都能染色，有一种说法是小的RNA分子如18s电泳速度快，泳道中的EB可以使其首先达到饱和，当大的RNA分子如28s移动过来的时候，EB已经不能使其饱和了，也就是说有一部分28s是没有荧光染料嵌合的，所以会出现各种18s亮度超过28s的情况。当然，我觉得这种说法有点牵强，但是也不失为一种更直观的解释。当然有些物种的有些组织的RNA跑出来确实是18s比28s亮的，这个我的理解是，这是物种以及组织的特异性.
    关于18s和28s他们是一种客观存在，不会因为它们的亮度差异而变成对方，28s再淡它也是28s，18s再亮它还是18s，这是不会发生改变的。有一句话说的好，再厉害的老鼠也变不成猫，呵呵，有点有点牵强附会了。
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6楼2012-02-04 10:26:13
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