2楼: Originally posted by qphll at 2011-11-16 13:25:00:
用VMD量一下就好了.

4楼: Originally posted by yyuan8658 at 2011-11-17 09:00:32:
如果你用的是amber的话，有ptraj命令用来测量的。
其它软件我不熟悉，貌似也应该会有的。

5楼: Originally posted by nnipp at 2011-11-17 21:38:28:
amber 可以用 ptraj命令自动测量并输出两原子之间距离吗？
CPMD或者CP2K的.xyz文件可以直接读取吗？非常感谢！

6楼: Originally posted by qphll at 2011-11-18 06:36:12:
不管这是不是你的课题的主体,　我觉得你还是要写一个小程序来实现这个.

8楼: Originally posted by q1036210267 at 2011-11-19 08:52:57:
用fortran 很简单的编程， 就是先把 xyz 文件读入,
例如有两个原子坐标分别为（x1, y1, z1）和 (x2, y2, z2)
用d = sqrt ( （x1- x2）**2 + (y1-y2)**2 + (z1-z2)**2 )，也就是数学上计算三维空间上两个 点之间 ...

9楼: Originally posted by nnipp at 2011-11-20 18:06:40:
非常感谢！
那我就研究研究编一个。