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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » CPMD/CP2K » 求.XYZ 文件获得任意原子距离工具
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nnipp

金虫 (小有名气)

[求助] 求.XYZ 文件获得任意原子距离工具

刚开始学习分子动力学
如何从.XYZ 文件获得任意原子距离
各位大侠有现成的小工具吗？
悲催，不会编程=。=“
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功不唐捐
1楼 2011-11-16 11:46:31
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qphll

金虫 (正式写手)
★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-11-19 11:27:37
引用回帖:
5楼: Originally posted by nnipp at 2011-11-17 21:38:28:
amber 可以用 ptraj命令自动测量并输出两原子之间距离吗？
CPMD或者CP2K的.xyz文件可以直接读取吗？非常感谢！

不管这是不是你的课题的主体,　我觉得你还是要写一个小程序来实现这个.
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Life, Love, Laugh.
6楼2011-11-18 06:36:12
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qphll

金虫 (正式写手)
★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-11-16 16:53:27
用VMD量一下就好了.
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Life, Love, Laugh.
2楼2011-11-16 13:25:00
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nnipp

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by qphll at 2011-11-16 13:25:00:
用VMD量一下就好了.

我想作图时间-原子间距离
VMD可以输出每一步的距离吗？
还是几万步每个图都量一下？
赞一下 回复此楼
功不唐捐
3楼2011-11-16 16:48:03
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-11-17 13:20:34
如果你用的是amber的话，有ptraj命令用来测量的。
其它软件我不熟悉，貌似也应该会有的。
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4楼2011-11-17 09:00:32
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