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nnipp

金虫 (小有名气)

[求助] 求.XYZ 文件获得任意原子距离工具

刚开始学习分子动力学
如何从.XYZ 文件获得任意原子距离
各位大侠有现成的小工具吗?
悲催,不会编程=。=“
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功不唐捐
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q1036210267

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-11-19 11:27:48
nnipp(金币+10): 谢谢 用什么命令可以读取每一步坐标 并计算指定某两个原子每一步的距离呢 2011-11-20 18:11:58
用fortran 很简单的编程, 就是先把 xyz 文件读入,
例如有两个原子坐标分别为(x1, y1, z1)和 (x2, y2, z2)
用d = sqrt ( (x1- x2)**2 + (y1-y2)**2 + (z1-z2)**2 ),也就是数学上计算三维空间上两个 点之间的距离 :sqrt 是根号的意思。
生活中坚持快乐的原则不改变,学习工作中踏实上进!`~`
8楼2011-11-19 08:52:57
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qphll

金虫 (正式写手)

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-11-16 16:53:27
用VMD量一下就好了.
Life, Love, Laugh.
2楼2011-11-16 13:25:00
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nnipp

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by qphll at 2011-11-16 13:25:00:
用VMD量一下就好了.

我想作图时间-原子间距离
VMD可以输出每一步的距离吗?
还是几万步每个图都量一下?
功不唐捐
3楼2011-11-16 16:48:03
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-11-17 13:20:34
如果你用的是amber的话,有ptraj命令用来测量的。
其它软件我不熟悉,貌似也应该会有的。
4楼2011-11-17 09:00:32
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