24小时热门版块排行榜    

查看: 1553  |  回复: 10
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

nnipp

金虫 (小有名气)

[求助] 求.XYZ 文件获得任意原子距离工具

刚开始学习分子动力学
如何从.XYZ 文件获得任意原子距离
各位大侠有现成的小工具吗?
悲催,不会编程=。=“
回复此楼
功不唐捐
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-11-17 13:20:34
如果你用的是amber的话,有ptraj命令用来测量的。
其它软件我不熟悉,貌似也应该会有的。
4楼2011-11-17 09:00:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

qphll

金虫 (正式写手)

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-11-16 16:53:27
用VMD量一下就好了.
Life, Love, Laugh.
2楼2011-11-16 13:25:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nnipp

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by qphll at 2011-11-16 13:25:00:
用VMD量一下就好了.

我想作图时间-原子间距离
VMD可以输出每一步的距离吗?
还是几万步每个图都量一下?
功不唐捐
3楼2011-11-16 16:48:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nnipp

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yyuan8658 at 2011-11-17 09:00:32:
如果你用的是amber的话,有ptraj命令用来测量的。
其它软件我不熟悉,貌似也应该会有的。

amber 可以用 ptraj命令自动测量并输出两原子之间距离吗?
CPMD或者CP2K的.xyz文件可以直接读取吗?非常感谢!
功不唐捐
5楼2011-11-17 21:38:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 310求调剂 +3 baibai1314 2026-03-16 3/150 2026-03-21 03:56 by JourneyLucky
[考研] 一志愿天津大学化学工艺专业(081702)315分求调剂 +12 yangfz 2026-03-17 12/600 2026-03-21 03:30 by JourneyLucky
[考研] 278求调剂 +6 烟火先于春 2026-03-17 6/300 2026-03-21 01:57 by JourneyLucky
[考研] 一志愿华中科技大学,080502,354分求调剂 +5 守候夕阳CF 2026-03-18 5/250 2026-03-21 01:06 by JourneyLucky
[考研] 材料专业求调剂 +6 hanamiko 2026-03-18 6/300 2026-03-21 00:24 by JourneyLucky
[考研] 295求调剂 +4 一志愿京区211 2026-03-18 6/300 2026-03-20 23:41 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +3 阿姐阿姐家啊 2026-03-18 3/150 2026-03-20 23:24 by JourneyLucky
[考研] 一志愿武汉理工材料工程专硕调剂 +9 Doleres 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:36 by JourneyLucky
[考研] 一志愿中南化学(0703)总分337求调剂 +8 niko- 2026-03-19 9/450 2026-03-20 21:57 by luoyongfeng
[考研] 一志愿西安交通大学 学硕 354求调剂 +3 我想要读研究生 2026-03-20 3/150 2026-03-20 20:13 by JourneyLucky
[考研] 320求调剂0856 +3 不想起名字112 2026-03-19 3/150 2026-03-19 22:53 by 学员8dgXkO
[考博] 申博26年 +3 八6八68 2026-03-19 3/150 2026-03-19 19:43 by nxgogo
[考研] 085600材料与化工求调剂 +6 绪幸与子 2026-03-17 6/300 2026-03-19 13:27 by houyaoxu
[考研] 277调剂 +5 自由煎饼果子 2026-03-16 6/300 2026-03-17 19:26 by 李leezz
[考研] 326求调剂 +5 上岸的小葡 2026-03-15 6/300 2026-03-17 17:26 by ruiyingmiao
[考博] 26申博 +4 八6八68 2026-03-16 4/200 2026-03-17 13:00 by 轻松不少随
[考研] 材料工程专硕274一志愿211求调剂 +6 薛云鹏 2026-03-15 6/300 2026-03-17 11:05 by 学员h26Tkc
[考研] 302求调剂 +4 小贾同学123 2026-03-15 8/400 2026-03-17 10:33 by 小贾同学123
[考研] 机械专硕325,寻找调剂院校 +3 y9999 2026-03-15 5/250 2026-03-16 19:58 by y9999
[考研] 321求调剂 +5 大米饭! 2026-03-15 5/250 2026-03-16 16:33 by houyaoxu
信息提示
请填处理意见