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nnipp

金虫 (小有名气)

[求助] 求.XYZ 文件获得任意原子距离工具

刚开始学习分子动力学
如何从.XYZ 文件获得任意原子距离
各位大侠有现成的小工具吗?
悲催,不会编程=。=“
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功不唐捐
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-11-17 13:20:34
如果你用的是amber的话,有ptraj命令用来测量的。
其它软件我不熟悉,貌似也应该会有的。
4楼2011-11-17 09:00:32
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qphll

金虫 (正式写手)

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-11-16 16:53:27
用VMD量一下就好了.
Life, Love, Laugh.
2楼2011-11-16 13:25:00
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nnipp

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by qphll at 2011-11-16 13:25:00:
用VMD量一下就好了.

我想作图时间-原子间距离
VMD可以输出每一步的距离吗?
还是几万步每个图都量一下?
功不唐捐
3楼2011-11-16 16:48:03
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nnipp

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yyuan8658 at 2011-11-17 09:00:32:
如果你用的是amber的话,有ptraj命令用来测量的。
其它软件我不熟悉,貌似也应该会有的。

amber 可以用 ptraj命令自动测量并输出两原子之间距离吗?
CPMD或者CP2K的.xyz文件可以直接读取吗?非常感谢!
功不唐捐
5楼2011-11-17 21:38:28
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