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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » CPMD/CP2K » 求.XYZ 文件获得任意原子距离工具
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nnipp

金虫 (小有名气)

[求助] 求.XYZ 文件获得任意原子距离工具

刚开始学习分子动力学
如何从.XYZ 文件获得任意原子距离
各位大侠有现成的小工具吗？
悲催，不会编程=。=“
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功不唐捐
1楼 2011-11-16 11:46:31
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qphll

金虫 (正式写手)
★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-11-16 16:53:27
用VMD量一下就好了.
赞一下(1人) 回复此楼
Life, Love, Laugh.
2楼2011-11-16 13:25:00
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nnipp

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by qphll at 2011-11-16 13:25:00:
用VMD量一下就好了.

我想作图时间-原子间距离
VMD可以输出每一步的距离吗？
还是几万步每个图都量一下？
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功不唐捐
3楼2011-11-16 16:48:03
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-11-17 13:20:34
如果你用的是amber的话，有ptraj命令用来测量的。
其它软件我不熟悉，貌似也应该会有的。
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4楼2011-11-17 09:00:32
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nnipp

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yyuan8658 at 2011-11-17 09:00:32:
如果你用的是amber的话，有ptraj命令用来测量的。
其它软件我不熟悉，貌似也应该会有的。

amber 可以用 ptraj命令自动测量并输出两原子之间距离吗？
CPMD或者CP2K的.xyz文件可以直接读取吗？非常感谢！
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功不唐捐
5楼2011-11-17 21:38:28
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qphll

金虫 (正式写手)
★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-11-19 11:27:37
引用回帖:
5楼: Originally posted by nnipp at 2011-11-17 21:38:28:
amber 可以用 ptraj命令自动测量并输出两原子之间距离吗？
CPMD或者CP2K的.xyz文件可以直接读取吗？非常感谢！

不管这是不是你的课题的主体,　我觉得你还是要写一个小程序来实现这个.
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Life, Love, Laugh.
6楼2011-11-18 06:36:12
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nnipp

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by qphll at 2011-11-18 06:36:12:
不管这是不是你的课题的主体,　我觉得你还是要写一个小程序来实现这个.

虽然是个小程序
对于不会编程的还真是“心有余力不足”
唉~难道必须要从编程学起
路漫漫其修远兮
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7楼2011-11-18 23:25:18
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q1036210267

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-11-19 11:27:48
nnipp(金币+10): 谢谢 用什么命令可以读取每一步坐标 并计算指定某两个原子每一步的距离呢 2011-11-20 18:11:58
用fortran 很简单的编程， 就是先把 xyz 文件读入,
例如有两个原子坐标分别为（x1, y1, z1）和 (x2, y2, z2)
用d = sqrt ( （x1- x2）**2 + (y1-y2)**2 + (z1-z2)**2 )，也就是数学上计算三维空间上两个 点之间的距离 ：sqrt 是根号的意思。
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生活中坚持快乐的原则不改变，学习工作中踏实上进！`~`
8楼2011-11-19 08:52:57
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nnipp

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by q1036210267 at 2011-11-19 08:52:57:
用fortran 很简单的编程， 就是先把 xyz 文件读入,
例如有两个原子坐标分别为（x1, y1, z1）和 (x2, y2, z2)
用d = sqrt ( （x1- x2）**2 + (y1-y2)**2 + (z1-z2)**2 )，也就是数学上计算三维空间上两个 点之间 ...

非常感谢！
那我就研究研究编一个。
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功不唐捐
9楼2011-11-20 18:06:40
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q1036210267

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-11-21 13:02:16
引用回帖:
9楼: Originally posted by nnipp at 2011-11-20 18:06:40:
非常感谢！
那我就研究研究编一个。

首先定义：你要操作的文件名为 1
open（1，file = 你的文件名+格式名）
然后读取数据： read（1，*）
然后对数据进行 操作。  

这中间我省略了很多步骤，你看下Fortran 书，就可以求出距离了。
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nnipp
生活中坚持快乐的原则不改变，学习工作中踏实上进！`~`
10楼2011-11-20 22:29:52
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