应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » CPMD/CP2K » 求.XYZ 文件获得任意原子距离工具
111/2返回列表12下一页
查看: 1746  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

nnipp

金虫 (小有名气)

[求助] 求.XYZ 文件获得任意原子距离工具

刚开始学习分子动力学
如何从.XYZ 文件获得任意原子距离
各位大侠有现成的小工具吗？
悲催，不会编程=。=“
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
功不唐捐
1楼 2011-11-16 11:46:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qphll

金虫 (正式写手)
★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-11-16 16:53:27
用VMD量一下就好了.
赞一下(1人) 回复此楼
Life, Love, Laugh.
2楼2011-11-16 13:25:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nnipp

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by qphll at 2011-11-16 13:25:00:
用VMD量一下就好了.

我想作图时间-原子间距离
VMD可以输出每一步的距离吗？
还是几万步每个图都量一下？
赞一下 回复此楼
功不唐捐
3楼2011-11-16 16:48:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-11-17 13:20:34
如果你用的是amber的话，有ptraj命令用来测量的。
其它软件我不熟悉，貌似也应该会有的。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-11-17 09:00:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nnipp

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yyuan8658 at 2011-11-17 09:00:32:
如果你用的是amber的话，有ptraj命令用来测量的。
其它软件我不熟悉，貌似也应该会有的。

amber 可以用 ptraj命令自动测量并输出两原子之间距离吗？
CPMD或者CP2K的.xyz文件可以直接读取吗？非常感谢！
赞一下 回复此楼
功不唐捐
5楼2011-11-17 21:38:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qphll

金虫 (正式写手)
★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-11-19 11:27:37
引用回帖:
5楼: Originally posted by nnipp at 2011-11-17 21:38:28:
amber 可以用 ptraj命令自动测量并输出两原子之间距离吗？
CPMD或者CP2K的.xyz文件可以直接读取吗？非常感谢！

不管这是不是你的课题的主体,　我觉得你还是要写一个小程序来实现这个.
赞一下(1人) 回复此楼
Life, Love, Laugh.
6楼2011-11-18 06:36:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nnipp

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by qphll at 2011-11-18 06:36:12:
不管这是不是你的课题的主体,　我觉得你还是要写一个小程序来实现这个.

虽然是个小程序
对于不会编程的还真是“心有余力不足”
唉~难道必须要从编程学起
路漫漫其修远兮
赞一下 回复此楼
功不唐捐
7楼2011-11-18 23:25:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

q1036210267

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-11-19 11:27:48
nnipp(金币+10): 谢谢 用什么命令可以读取每一步坐标 并计算指定某两个原子每一步的距离呢 2011-11-20 18:11:58
用fortran 很简单的编程， 就是先把 xyz 文件读入,
例如有两个原子坐标分别为（x1, y1, z1）和 (x2, y2, z2)
用d = sqrt ( （x1- x2）**2 + (y1-y2)**2 + (z1-z2)**2 )，也就是数学上计算三维空间上两个 点之间的距离 ：sqrt 是根号的意思。
赞一下(1人) 回复此楼
生活中坚持快乐的原则不改变，学习工作中踏实上进！`~`
8楼2011-11-19 08:52:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nnipp

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by q1036210267 at 2011-11-19 08:52:57:
用fortran 很简单的编程， 就是先把 xyz 文件读入,
例如有两个原子坐标分别为（x1, y1, z1）和 (x2, y2, z2)
用d = sqrt ( （x1- x2）**2 + (y1-y2)**2 + (z1-z2)**2 )，也就是数学上计算三维空间上两个 点之间 ...

非常感谢！
那我就研究研究编一个。
赞一下 回复此楼
功不唐捐
9楼2011-11-20 18:06:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

q1036210267

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-11-21 13:02:16
引用回帖:
9楼: Originally posted by nnipp at 2011-11-20 18:06:40:
非常感谢！
那我就研究研究编一个。

首先定义：你要操作的文件名为 1
open（1，file = 你的文件名+格式名）
然后读取数据： read（1，*）
然后对数据进行 操作。  

这中间我省略了很多步骤，你看下Fortran 书，就可以求出距离了。
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

nnipp
生活中坚持快乐的原则不改变，学习工作中踏实上进！`~`
10楼2011-11-20 22:29:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 nnipp 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[有机交流] OpenAI又攻克数学难题了，离AI做有机合成还有多远？ +4 wangyl_123 2026-10-10 8/400 2026-10-12 18:09 by wangyl_123
[硕博家园] 极限拉扯，如何抉择 +5 Isak0320 2026-10-12 7/350 2026-10-12 18:03 by 有人要害朕
[教师之家] 课题组会帮你通过考核么？ +3 好运来～9527 2026-10-10 6/300 2026-10-12 14:55 by 简单化xn
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:34 by XQNyDCa1Tk5n
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:15 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 22:11 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 (EPI+-1)(金币-50) +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 14:05 by VOMexwnDzOFZ
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:51 by VOMexwnDzOFZ
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:45 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:54 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:34 by VOMexwnDzOFZ
[考博] 招收博士生一名 +3 mandolin 2026-10-10 3/150 2026-10-11 10:21 by 不是山谷！
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 4/200 2026-10-11 03:14 by M0zrYVSAnxpE
[有机交流] 各位大佬，路线设计求助 +6 zapen 2026-10-08 8/400 2026-10-10 15:59 by zapen
[基金申请] 入职后第一次管课题组的专利缴费，对账才发现官费比别人多掏了一倍 +5 13108017953 2026-10-08 5/250 2026-10-10 11:15 by wdwd123
[有机交流] 我应该选哪条合成路线让实验成功率高一些？ +5 jing816y 2026-10-08 9/450 2026-10-10 09:05 by zapen
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭