24小时热门版块排行榜    

查看: 1543  |  回复: 10
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

nnipp

金虫 (小有名气)

[求助] 求.XYZ 文件获得任意原子距离工具

刚开始学习分子动力学
如何从.XYZ 文件获得任意原子距离
各位大侠有现成的小工具吗?
悲催,不会编程=。=“
回复此楼
功不唐捐
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nnipp

金虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by q1036210267 at 2011-11-19 08:52:57:
用fortran 很简单的编程, 就是先把 xyz 文件读入,
例如有两个原子坐标分别为(x1, y1, z1)和 (x2, y2, z2)
用d = sqrt ( (x1- x2)**2 + (y1-y2)**2 + (z1-z2)**2 ),也就是数学上计算三维空间上两个 点之间 ...

非常感谢!
那我就研究研究编一个。
功不唐捐
9楼2011-11-20 18:06:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

qphll

金虫 (正式写手)

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-11-16 16:53:27
用VMD量一下就好了.
Life, Love, Laugh.
2楼2011-11-16 13:25:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nnipp

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by qphll at 2011-11-16 13:25:00:
用VMD量一下就好了.

我想作图时间-原子间距离
VMD可以输出每一步的距离吗?
还是几万步每个图都量一下?
功不唐捐
3楼2011-11-16 16:48:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-11-17 13:20:34
如果你用的是amber的话,有ptraj命令用来测量的。
其它软件我不熟悉,貌似也应该会有的。
4楼2011-11-17 09:00:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 能源材料化学课题组招收硕士研究生8-10名 +3 脱颖而出 2026-03-16 6/300 2026-03-17 21:19 by z1z2z3879
[考研] 341求调剂 +5 捣蛋猪猪 2026-03-11 7/350 2026-03-17 19:09 by 捣蛋猪猪
[考研] 070300化学319求调剂 +4 锦鲤0909 2026-03-17 4/200 2026-03-17 18:21 by 重科小霸王
[考研] 材料工程专硕调剂 +5 204818@lcx 2026-03-17 5/250 2026-03-17 17:27 by Little-xue
[考研] 工科材料085601 279求调剂 +3 困于星晨 2026-03-17 3/150 2026-03-17 14:08 by ms629
[考博] 26申博 +4 八旬速览 2026-03-16 4/200 2026-03-17 13:00 by 轻松不少随
[考研] 211本,11408一志愿中科院277分,曾在中科院自动化所实习 +6 Losir 2026-03-12 7/350 2026-03-17 12:09 by danranxie
[论文投稿] 有没有大佬发小论文能带我个二作 +3 增锐漏人 2026-03-17 4/200 2026-03-17 09:26 by xs74101122
[考研] 11408 一志愿西电,277分求调剂 +3 zhouzhen654 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:03 by laoshidan
[考研] 机械专硕325,寻找调剂院校 +3 y9999 2026-03-15 5/250 2026-03-16 19:58 by y9999
[考研] 材料与化工一志愿南昌大学327求调剂推荐 +7 Ncdx123456 2026-03-13 8/400 2026-03-16 12:15 by karry wen
[教师之家] 焦虑 +7 水冰月月野兔 2026-03-13 9/450 2026-03-16 10:00 by Quakerbird
[考研] 0856求调剂 +3 刘梦微 2026-03-15 3/150 2026-03-16 10:00 by houyaoxu
[考研] 机械专硕调剂 +3 笨笨兔子 2026-03-12 3/150 2026-03-15 20:02 by 栗子粥?
[考研] 0856专硕279求调剂 +5 加油加油!? 2026-03-15 5/250 2026-03-15 11:58 by 2020015
[考研] 0703化学一志愿211 总分320求调剂 +5 玛卡巴卡啊哈 2026-03-11 5/250 2026-03-13 21:40 by JourneyLucky
[考研] 301求调剂 +6 Liyouyumairs 2026-03-11 6/300 2026-03-13 20:11 by JourneyLucky
[考研] 295求调剂 +3 小匕仔汁 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:17 by vgtyfty
[考研] 274求调剂 +3 S.H1 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:15 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 程雨杭 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:06 by JourneyLucky
信息提示
请填处理意见