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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 如何快速 找到所有膜蛋白
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Sofia1004

新虫 (小有名气)

[求助] 如何快速 找到所有膜蛋白

我的老板 让我 把 解淀粉芽孢杆菌 的所有膜蛋白找到，我在NCBI 上一看，解淀粉芽孢杆菌的基因组 有391万bp啊，一个一个的看是不是膜蛋白 得弄到猴年马月啊，求高人指点 怎么高效的筛选出 所有的膜蛋白啊？
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1楼 2011-10-25 10:15:39
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
西瓜(金币+5, MolEPI+1): 差点漏了，补上！ 2011-10-28 15:33:07
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7?: Originally posted by Sofia1004 at 2011-10-25 15:45:58:
лл?????????м?????ing ??
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? ... tein/YP_001422669.1
???? binding-protein-dependent transport system inner membrane protein OpuCD [Bacillus amyloliquefaciens FZB42].???hypothetical?????????????????????????????????conceptual translation??

[ Last edited by wanhscn on 2011-10-25 at 21:35 ]
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真相是最大的奢侈品
9楼2011-10-25 21:28:46
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根

【答案】应助回帖

★
西瓜(金币+1): good 2011-10-25 17:55:28
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3330923
如果你会用这个，应该有所帮助了！
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真相是最大的奢侈品
2楼2011-10-25 10:57:19
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bubble1220

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
西瓜(金币+1): 鼓励交流 2011-10-25 17:55:55
膜蛋白是不是一般都有信号肽？NCBI查到的基因组会给出所有的信号肽，这样就减少了你的查找范围，不知道对楼主有没有帮助
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3楼2011-10-25 12:32:13
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Sofia1004

新虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
wanhscn(金币+5): 根据论坛精神，新虫发帖给与高额度鼓励！ 2011-10-25 14:50:05
引用回帖:
2楼: Originally posted by wanhscn at 2011-10-25 10:57:19:
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3330923
如果你会用这个，应该有所帮助了！

呜呜，金币太少了，没权限啊
不过我在网上查了 一些NCBI教程什么的，看了之后，还是不知我的问题如何解决，不过，还是谢谢你了！
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4楼2011-10-25 14:48:18
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根

【答案】应助回帖

★ ★ ★
西瓜(金币+3): Good！ 2011-10-25 17:56:12
引用回帖:
4楼: Originally posted by Sofia1004 at 2011-10-25 14:48:18:
呜呜，金币太少了，没权限啊
不过我在网上查了 一些NCBI教程什么的，看了之后，还是不知我的问题如何解决，不过，还是谢谢你了！

建议方法1
查文献，膜蛋白的种类有哪些，再用NCBI找到这些序列，能找到你所研究的基因组的类似膜蛋白更好了。
方法2
膜蛋白的保守（通用）序列，根据这些序列，blast你研究的基因组的相关蛋白，最好用EST序列，基因组序列有内含子，不方便！
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真相是最大的奢侈品
5楼2011-10-25 14:53:37
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Sofia1004

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by bubble1220 at 2011-10-25 12:32:13:
膜蛋白是不是一般都有信号肽？NCBI查到的基因组会给出所有的信号肽，这样就减少了你的查找范围，不知道对楼主有没有帮助

谢谢，您说的 NCBI上查到的基因组会给出所有的信号肽，我没找到啊，没看到啊，您能否详细说一下呢？
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6楼2011-10-25 14:56:22
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Sofia1004

新虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
西瓜(金币+2): 很认真学习，奖励下~ 2011-10-25 17:56:33
西瓜(金币+2): 很认真学习，奖励下~ 2011-10-25 17:56:33
引用回帖:
5楼: Originally posted by wanhscn at 2011-10-25 14:53:37:
建议方法1
查文献，膜蛋白的种类有哪些，再用NCBI找到这些序列，能找到你所研究的基因组的类似膜蛋白更好了。
方法2
膜蛋白的保守（通用）序列，根据这些序列，blast你研究的基因组的相关蛋白，最好用EST序列 ...

谢谢你给我金币，感激涕零ing 。
你说的这些方法 有道理。指明了我做下一步的方法，谢谢！
我现在是要找着 基因组中 是，或者可能是膜蛋白的 所有蛋白。希望能有一个方法快速检索出来。
如下面链接http://www.ncbi.nlm.nih.gov/prot ... iquefaciens%20FZB42，我搜了一下，有175个结果。不知这个方法可不可靠。不知可否从这175个结果中找到所有的膜蛋白。点开结果的第一个，是这样的信息：
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..360
                     /organism="Bacillus amyloliquefaciens FZB42"
                     /strain="FZB42"
                     /db_xref="taxon:326423"
     Protein         1..360
                     /product="hypothetical membrane protein"
     Region          28..354
                     /region_name="yhhT"
                     /note="Predicted permease, member of the PurR regulon
                     [General function prediction only]; COG0628"
                     /db_xref="CDD:30973"
     Region          40..342
                     /region_name="UPF0118"
                     /note="Domain of unknown function DUF20; cl00465"
                     /db_xref="CDD:186015"
     CDS             1..360
                     /locus_tag="RBAM_021860"
                     /coded_by="CP000560.1:2269585..2270667"
                     /transl_table=11
我不知道 为什么有两个Region。不是一个蛋白吗? 怎么出来两个地方了？而且两个的note 也不一样，困惑中。
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7楼2011-10-25 15:45:58
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根

【答案】应助回帖

Sofia1004(金币+7): 非常感谢！ 2011-10-28 08:37:34
引用回帖:
7楼: Originally posted by Sofia1004 at 2011-10-25 15:45:58:
谢谢你给我金币，感激涕零ing 。
你说的这些方法 有道理。指明了我做下一步的方法，谢谢！
我现在是要找着 基因组中 是，或者可能是膜蛋白的 所有蛋白。希望能有一个方法快速检索出来。
如下面链接[url]http: ...

通过比对预测它是膜蛋白 hypothetical （假定的 有可能的）membrane protein [Bacillus amyloliquefaciens FZB42]
因此有两个可能的结构域也很正常
第一个是 从aa 28到aa354 预测为Predicted permease, member of the PurR regulon 参考序列为 CDD:30973
第二个可能 从aa 40到aa 342 预测为 Domain of unknown function DUF20 参考序列为 CDD:186015
没有实验验证，只有预测。
由于很多信息的价值以及可靠性存在差异，生物信息学很多研究以及序列需要一个一个看，那些批量性的程序还是值得商榷的。
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真相是最大的奢侈品
8楼2011-10-25 21:21:32
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cy0708040

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
wanhscn(金币+2): 鼓励新虫多发贴！鼓励多来分子生物版！有奖励！ 2011-10-26 11:43:34
Sofia1004(金币+1): 谢谢啦 2011-10-28 08:37:05
得到一个确定的膜蛋白序列后，做pblast，从得到的相似序列去筛选。Anyway，391万bp的碱基，不代表就有很大数量级的蛋白表达。。。
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Survive, Strive, Thrive
10楼2011-10-26 11:32:33
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