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如何快速 找到所有膜蛋白
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| 我的老板 让我 把 解淀粉芽孢杆菌 的所有膜蛋白找到，我在NCBI 上一看，解淀粉芽孢杆菌的基因组 有391万bp啊，一个一个的看是不是膜蛋白 得弄到猴年马月啊，求高人指点 怎么高效的筛选出 所有的膜蛋白啊？ |
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 【分子生物】EPI帖 |
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wanhscn
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西瓜(金币+5, MolEPI+1): 差点漏了，补上！ 2011-10-28 15:33:07
西瓜(金币+5, MolEPI+1): 差点漏了，补上！ 2011-10-28 15:33:07
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? ... tein/YP_001422669.1 ???? binding-protein-dependent transport system inner membrane protein OpuCD [Bacillus amyloliquefaciens FZB42].???hypothetical?????????????????????????????????conceptual translation?? [ Last edited by wanhscn on 2011-10-25 at 21:35 ] |
9楼2011-10-25 21:28:46
wanhscn
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西瓜(金币+1): good 2011-10-25 17:55:28
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http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3330923 如果你会用这个，应该有所帮助了！ |
2楼2011-10-25 10:57:19
bubble1220
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wanhscn
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6楼2011-10-25 14:56:22
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西瓜(金币+2): 很认真学习，奖励下~ 2011-10-25 17:56:33
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谢谢你给我金币，感激涕零ing 。 你说的这些方法 有道理。指明了我做下一步的方法，谢谢！ 我现在是要找着 基因组中 是，或者可能是膜蛋白的 所有蛋白。希望能有一个方法快速检索出来。 如下面链接http://www.ncbi.nlm.nih.gov/prot ... iquefaciens%20FZB42，我搜了一下，有175个结果。不知这个方法可不可靠。不知可否从这175个结果中找到所有的膜蛋白。点开结果的第一个，是这样的信息： FEATURES Location/Qualifiers source 1..360 /organism="Bacillus amyloliquefaciens FZB42" /strain="FZB42" /db_xref="taxon:326423" Protein 1..360 /product="hypothetical membrane protein" Region 28..354 /region_name="yhhT" /note="Predicted permease, member of the PurR regulon [General function prediction only]; COG0628" /db_xref="CDD:30973" Region 40..342 /region_name="UPF0118" /note="Domain of unknown function DUF20; cl00465" /db_xref="CDD:186015" CDS 1..360 /locus_tag="RBAM_021860" /coded_by="CP000560.1:2269585..2270667" /transl_table=11 我不知道 为什么有两个Region。不是一个蛋白吗? 怎么出来两个地方了？而且两个的note 也不一样，困惑中。 |
7楼2011-10-25 15:45:58
wanhscn
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Sofia1004(金币+7): 非常感谢！ 2011-10-28 08:37:34
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通过比对预测它是膜蛋白 hypothetical （假定的 有可能的）membrane protein [Bacillus amyloliquefaciens FZB42] 因此有两个可能的结构域也很正常 第一个是 从aa 28到aa354 预测为Predicted permease, member of the PurR regulon 参考序列为 CDD:30973 第二个可能 从aa 40到aa 342 预测为 Domain of unknown function DUF20 参考序列为 CDD:186015 没有实验验证，只有预测。 由于很多信息的价值以及可靠性存在差异，生物信息学很多研究以及序列需要一个一个看，那些批量性的程序还是值得商榷的。 |
8楼2011-10-25 21:21:32
cy0708040
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