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Sofia1004

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[求助] 如何快速找到所有膜蛋白

我的老板让我把解淀粉芽孢杆菌的所有膜蛋白找到，我在NCBI 上一看，解淀粉芽孢杆菌的基因组有391万bp啊，一个一个的看是不是膜蛋白得弄到猴年马月啊，求高人指点怎么高效的筛选出所有的膜蛋白啊？

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1楼 2011-10-25 10:15:39

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wanhscn

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【答案】应助回帖

Sofia1004(金币+7): 非常感谢！ 2011-10-28 08:37:34

引用回帖:

7楼: Originally posted by Sofia1004 at 2011-10-25 15:45:58:
谢谢你给我金币，感激涕零ing 。
你说的这些方法有道理。指明了我做下一步的方法，谢谢！
我现在是要找着基因组中是，或者可能是膜蛋白的所有蛋白。希望能有一个方法快速检索出来。
如下面链接[url]http: ...

通过比对预测它是膜蛋白 hypothetical （假定的有可能的）membrane protein [Bacillus amyloliquefaciens FZB42]
因此有两个可能的结构域也很正常
第一个是从aa 28到aa354 预测为Predicted permease, member of the PurR regulon 参考序列为 CDD:30973
第二个可能从aa 40到aa 342 预测为 Domain of unknown function DUF20 参考序列为 CDD:186015
没有实验验证，只有预测。
由于很多信息的价值以及可靠性存在差异，生物信息学很多研究以及序列需要一个一个看，那些批量性的程序还是值得商榷的。