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Sofia1004

新虫 (小有名气)

[求助] 如何快速 找到所有膜蛋白

我的老板 让我 把 解淀粉芽孢杆菌 的所有膜蛋白找到,我在NCBI 上一看,解淀粉芽孢杆菌的基因组 有391万bp啊,一个一个的看是不是膜蛋白 得弄到猴年马月啊,求高人指点 怎么高效的筛选出 所有的膜蛋白啊?
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根

【答案】应助回帖

Sofia1004(金币+7): 非常感谢! 2011-10-28 08:37:34
引用回帖:
7楼: Originally posted by Sofia1004 at 2011-10-25 15:45:58:
谢谢你给我金币,感激涕零ing 。
你说的这些方法 有道理。指明了我做下一步的方法,谢谢!
我现在是要找着 基因组中 是,或者可能是膜蛋白的 所有蛋白。希望能有一个方法快速检索出来。
如下面链接[url]http: ...

通过比对预测它是膜蛋白 hypothetical (假定的 有可能的)membrane protein [Bacillus amyloliquefaciens FZB42]
因此有两个可能的结构域也很正常
第一个是 从aa 28到aa354 预测为Predicted permease, member of the PurR regulon 参考序列为 CDD:30973
第二个可能 从aa 40到aa 342 预测为 Domain of unknown function DUF20 参考序列为 CDD:186015
没有实验验证,只有预测。
由于很多信息的价值以及可靠性存在差异,生物信息学很多研究以及序列需要一个一个看,那些批量性的程序还是值得商榷的。
真相是最大的奢侈品
8楼2011-10-25 21:21:32
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根

【答案】应助回帖


西瓜(金币+1): good 2011-10-25 17:55:28
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3330923
如果你会用这个,应该有所帮助了!
真相是最大的奢侈品
2楼2011-10-25 10:57:19
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bubble1220

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


西瓜(金币+1): 鼓励交流 2011-10-25 17:55:55
膜蛋白是不是一般都有信号肽?NCBI查到的基因组会给出所有的信号肽,这样就减少了你的查找范围,不知道对楼主有没有帮助
3楼2011-10-25 12:32:13
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Sofia1004

新虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★
wanhscn(金币+5): 根据论坛精神,新虫发帖给与高额度鼓励! 2011-10-25 14:50:05
引用回帖:
2楼: Originally posted by wanhscn at 2011-10-25 10:57:19:
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3330923
如果你会用这个,应该有所帮助了!

呜呜,金币太少了,没权限啊
不过我在网上查了 一些NCBI教程什么的,看了之后,还是不知我的问题如何解决,不过,还是谢谢你了!
4楼2011-10-25 14:48:18
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