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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 如何快速 找到所有膜蛋白
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Sofia1004

新虫 (小有名气)

[求助] 如何快速 找到所有膜蛋白

我的老板 让我 把 解淀粉芽孢杆菌 的所有膜蛋白找到，我在NCBI 上一看，解淀粉芽孢杆菌的基因组 有391万bp啊，一个一个的看是不是膜蛋白 得弄到猴年马月啊，求高人指点 怎么高效的筛选出 所有的膜蛋白啊？
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1楼 2011-10-25 10:15:39
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bubble1220

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
西瓜(金币+1): 鼓励交流 2011-10-25 17:55:55
膜蛋白是不是一般都有信号肽？NCBI查到的基因组会给出所有的信号肽，这样就减少了你的查找范围，不知道对楼主有没有帮助
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3楼2011-10-25 12:32:13
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根

【答案】应助回帖

★
西瓜(金币+1): good 2011-10-25 17:55:28
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3330923
如果你会用这个，应该有所帮助了！
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真相是最大的奢侈品
2楼2011-10-25 10:57:19
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Sofia1004

新虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
wanhscn(金币+5): 根据论坛精神，新虫发帖给与高额度鼓励！ 2011-10-25 14:50:05
引用回帖:
2楼: Originally posted by wanhscn at 2011-10-25 10:57:19:
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3330923
如果你会用这个，应该有所帮助了！

呜呜，金币太少了，没权限啊
不过我在网上查了 一些NCBI教程什么的，看了之后，还是不知我的问题如何解决，不过，还是谢谢你了！
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-10-25 14:48:18
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根

【答案】应助回帖

★ ★ ★
西瓜(金币+3): Good！ 2011-10-25 17:56:12
引用回帖:
4楼: Originally posted by Sofia1004 at 2011-10-25 14:48:18:
呜呜，金币太少了，没权限啊
不过我在网上查了 一些NCBI教程什么的，看了之后，还是不知我的问题如何解决，不过，还是谢谢你了！

建议方法1
查文献，膜蛋白的种类有哪些，再用NCBI找到这些序列，能找到你所研究的基因组的类似膜蛋白更好了。
方法2
膜蛋白的保守（通用）序列，根据这些序列，blast你研究的基因组的相关蛋白，最好用EST序列，基因组序列有内含子，不方便！
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真相是最大的奢侈品
5楼2011-10-25 14:53:37
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