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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 如何快速 找到所有膜蛋白
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bubble1220

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by Sofia1004 at 2011-10-25 14:56:22:
谢谢，您说的 NCBI上查到的基因组会给出所有的信号肽，我没找到啊，没看到啊，您能否详细说一下呢？

打开有序列的网页，直接“control+F”, 嘿嘿。。。
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11楼2011-10-26 13:53:42
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Sofia1004

新虫 (小有名气)
wanhscn: 预测的两种可能性！ 2011-10-27 11:05:55
引用回帖:
8楼: Originally posted by wanhscn at 2011-10-25 21:21:32:
通过比对预测它是膜蛋白 hypothetical （假定的 有可能的）membrane protein [Bacillus amyloliquefaciens FZB42]
因此有两个可能的结构域也很正常
第一个是 从aa 28到aa354 预测为Predicted permease, membe ...

谢谢！那个蛋白的氨基酸数目不是360吗，为什么两个Region结构域的区域范围有重叠啊，一个是从28到354，一个是从40到342？
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12楼2011-10-27 08:31:31
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Sofia1004

新虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by bubble1220 at 2011-10-26 13:53:42:
打开有序列的网页，直接“control+F”, 嘿嘿。。。

没弄懂，不明白ing
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13楼2011-10-27 08:32:21
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Sofia1004

新虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by cy0708040 at 2011-10-26 11:32:33:
得到一个确定的膜蛋白序列后，做pblast，从得到的相似序列去筛选。Anyway，391万bp的碱基，不代表就有很大数量级的蛋白表达。。。

谢谢！ 我还没得到一个确定的膜蛋白序列，老师只是告诉我 让我找到这个菌的全部膜蛋白啊
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14楼2011-10-27 08:34:35
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根
引用回帖:
14楼: Originally posted by Sofia1004 at 2011-10-27 08:34:35:
谢谢！ 我还没得到一个确定的膜蛋白序列，老师只是告诉我 让我找到这个菌的全部膜蛋白啊

你们老师带博士生吗？你可以去请教你们的博士师兄或者师姐你们老板的具体想法！这样比较明确！
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真相是最大的奢侈品
15楼2011-10-27 11:08:15
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bubble1220

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

Sofia1004(金币+2): 谢谢啦 2011-10-28 08:35:25
引用回帖:
13楼: Originally posted by Sofia1004 at 2011-10-27 08:32:21:
没弄懂，不明白ing

就是“查找”，然后查“signal”就可以啦
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16楼2011-10-27 12:30:04
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Sofia1004

新虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by bubble1220 at 2011-10-27 12:30:04:
就是“查找”，然后查“signal”就可以啦

谢谢！
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17楼2011-10-28 08:31:52
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Sofia1004

新虫 (小有名气)
wanhscn:编辑内容 2011-10-28 19:54
引用回帖:
15楼: Originally posted by wanhscn at 2011-10-27 11:08:15:
你们老师带博士生吗？你可以去请教你们的博士师兄或者师姐你们老板的具体想法！这样比较明确！

估计把你也整崩溃了，我早已问过我的博士师兄师姐，我不懂的他们也不会,-----。非常感谢你！

[ Last edited by wanhscn on 2011-10-28 at 19:54 ]
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18楼2011-10-28 08:34:30
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根
引用回帖:
18楼: Originally posted by Sofia1004 at 2011-10-28 08:34:30:
估计把你也整崩溃了，我早已问过我的博士师兄师姐，我不懂的他们也不会,-----。非常感谢你！
[ Last edited by wanhscn on 2011-10-28 at 19:54 ]

原则上讲,要弄出所有的膜蛋白,这些膜蛋白的功能丰富,数目较大,一次全部研究比较费神,比较好的方法是盯住某一类膜蛋白.
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真相是最大的奢侈品
19楼2011-10-28 19:57:20
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Sofia1004

新虫 (小有名气)
引用回帖:
19楼: Originally posted by wanhscn at 2011-10-28 19:57:20:
原则上讲,要弄出所有的膜蛋白,这些膜蛋白的功能丰富,数目较大,一次全部研究比较费神,比较好的方法是盯住某一类膜蛋白.

嗯，有道理！我老师的意思，我理解的是：把所有膜蛋白找出来，然后分类，然后找几类，让我用 无细胞体外表达系统 表达出来。
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20楼2011-10-29 11:46:57
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