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Sofia1004

新虫 (小有名气)

[求助] 如何快速 找到所有膜蛋白

我的老板 让我 把 解淀粉芽孢杆菌 的所有膜蛋白找到,我在NCBI 上一看,解淀粉芽孢杆菌的基因组 有391万bp啊,一个一个的看是不是膜蛋白 得弄到猴年马月啊,求高人指点 怎么高效的筛选出 所有的膜蛋白啊?
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Sofia1004

新虫 (小有名气)

wanhscn: 预测的两种可能性! 2011-10-27 11:05:55
引用回帖:
8楼: Originally posted by wanhscn at 2011-10-25 21:21:32:
通过比对预测它是膜蛋白 hypothetical (假定的 有可能的)membrane protein [Bacillus amyloliquefaciens FZB42]
因此有两个可能的结构域也很正常
第一个是 从aa 28到aa354 预测为Predicted permease, membe ...

谢谢!那个蛋白的氨基酸数目不是360吗,为什么两个Region结构域的区域范围有重叠啊,一个是从28到354,一个是从40到342?
12楼2011-10-27 08:31:31
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根

【答案】应助回帖


西瓜(金币+1): good 2011-10-25 17:55:28
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3330923
如果你会用这个,应该有所帮助了!
真相是最大的奢侈品
2楼2011-10-25 10:57:19
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bubble1220

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


西瓜(金币+1): 鼓励交流 2011-10-25 17:55:55
膜蛋白是不是一般都有信号肽?NCBI查到的基因组会给出所有的信号肽,这样就减少了你的查找范围,不知道对楼主有没有帮助
3楼2011-10-25 12:32:13
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Sofia1004

新虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★
wanhscn(金币+5): 根据论坛精神,新虫发帖给与高额度鼓励! 2011-10-25 14:50:05
引用回帖:
2楼: Originally posted by wanhscn at 2011-10-25 10:57:19:
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3330923
如果你会用这个,应该有所帮助了!

呜呜,金币太少了,没权限啊
不过我在网上查了 一些NCBI教程什么的,看了之后,还是不知我的问题如何解决,不过,还是谢谢你了!
4楼2011-10-25 14:48:18
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