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[求助]
如何快速 找到所有膜蛋白
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| 我的老板 让我 把 解淀粉芽孢杆菌 的所有膜蛋白找到，我在NCBI 上一看，解淀粉芽孢杆菌的基因组 有391万bp啊，一个一个的看是不是膜蛋白 得弄到猴年马月啊，求高人指点 怎么高效的筛选出 所有的膜蛋白啊？ |
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 【分子生物】EPI帖 |
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西瓜(金币+2): 很认真学习，奖励下~ 2011-10-25 17:56:33
西瓜(金币+2): 很认真学习，奖励下~ 2011-10-25 17:56:33
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西瓜(金币+2): 很认真学习，奖励下~ 2011-10-25 17:56:33
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谢谢你给我金币，感激涕零ing 。 你说的这些方法 有道理。指明了我做下一步的方法，谢谢！ 我现在是要找着 基因组中 是，或者可能是膜蛋白的 所有蛋白。希望能有一个方法快速检索出来。 如下面链接http://www.ncbi.nlm.nih.gov/prot ... iquefaciens%20FZB42，我搜了一下，有175个结果。不知这个方法可不可靠。不知可否从这175个结果中找到所有的膜蛋白。点开结果的第一个，是这样的信息： FEATURES Location/Qualifiers source 1..360 /organism="Bacillus amyloliquefaciens FZB42" /strain="FZB42" /db_xref="taxon:326423" Protein 1..360 /product="hypothetical membrane protein" Region 28..354 /region_name="yhhT" /note="Predicted permease, member of the PurR regulon [General function prediction only]; COG0628" /db_xref="CDD:30973" Region 40..342 /region_name="UPF0118" /note="Domain of unknown function DUF20; cl00465" /db_xref="CDD:186015" CDS 1..360 /locus_tag="RBAM_021860" /coded_by="CP000560.1:2269585..2270667" /transl_table=11 我不知道 为什么有两个Region。不是一个蛋白吗? 怎么出来两个地方了？而且两个的note 也不一样，困惑中。 |
7楼2011-10-25 15:45:58
wanhscn
木虫 (职业作家)
哲学@草根
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【答案】应助回帖
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西瓜(金币+1): good 2011-10-25 17:55:28
西瓜(金币+1): good 2011-10-25 17:55:28
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http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3330923 如果你会用这个，应该有所帮助了！ |
2楼2011-10-25 10:57:19
bubble1220
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