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Sofia1004

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[求助] 如何快速找到所有膜蛋白

我的老板让我把解淀粉芽孢杆菌的所有膜蛋白找到，我在NCBI 上一看，解淀粉芽孢杆菌的基因组有391万bp啊，一个一个的看是不是膜蛋白得弄到猴年马月啊，求高人指点怎么高效的筛选出所有的膜蛋白啊？

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1楼 2011-10-25 10:15:39

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Sofia1004

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西瓜(金币+2): 很认真学习，奖励下~ 2011-10-25 17:56:33
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引用回帖:

5楼: Originally posted by wanhscn at 2011-10-25 14:53:37:
建议方法1
查文献，膜蛋白的种类有哪些，再用NCBI找到这些序列，能找到你所研究的基因组的类似膜蛋白更好了。
方法2
膜蛋白的保守（通用）序列，根据这些序列，blast你研究的基因组的相关蛋白，最好用EST序列 ...

谢谢你给我金币，感激涕零ing 。
你说的这些方法有道理。指明了我做下一步的方法，谢谢！
我现在是要找着基因组中是，或者可能是膜蛋白的所有蛋白。希望能有一个方法快速检索出来。
如下面链接http://www.ncbi.nlm.nih.gov/prot ... iquefaciens%20FZB42，我搜了一下，有175个结果。不知这个方法可不可靠。不知可否从这175个结果中找到所有的膜蛋白。点开结果的第一个，是这样的信息：
FEATURES          Location/Qualifiers
   source       1..360
                  /organism="Bacillus amyloliquefaciens FZB42"
                  /strain="FZB42"
                  /db_xref="taxon:326423"
   Protein       1..360
                  /product="hypothetical membrane protein"
   Region       28..354
                  /region_name="yhhT"
                  /note="Predicted permease, member of the PurR regulon
                  [General function prediction only]; COG0628"
                  /db_xref="CDD:30973"
   Region       40..342
                  /region_name="UPF0118"
                  /note="Domain of unknown function DUF20; cl00465"
                  /db_xref="CDD:186015"
   CDS          1..360
                  /locus_tag="RBAM_021860"
                  /coded_by="CP000560.1:2269585..2270667"
                  /transl_table=11
我不知道为什么有两个Region。不是一个蛋白吗? 怎么出来两个地方了？而且两个的note 也不一样，困惑中。