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可米kemi

银虫 (小有名气)

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[交流] Autodock对接时是否需要事先设置客体分子方向

最近也在学习Autodock对接的使用，看其他人的一些文献以及相关资料中都显示在设置好参数后，先格点计算然后就可以进行对接了。
其中有很多的参数都是使用默认值，再加上一些已有文献中也没有提到要事先设置客体分子方向，所以从未想过这一点。
直到最近看到一篇文献显示：
For each guest analyte, two possible orientations, namely that the epoxy group points towards either the O2/O3 side or the O6 side in the host DIACTGCD cavity were considered as starting conﬁgurations in the docking calculations.
这是什么意思？代表在对接前还要对客体分子方向进行设置？求高手解答。（详细资料见附件文献第3页）[ Last edited by 可米kemi on 2011-10-15 at 11:23 ]

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1楼 2011-10-15 11:21:53

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xd200620940

铜虫 (正式写手)

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可米kemi(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+5, 模拟EPI+1): 鼓励分享自己的经验 2011-10-17 10:16:08

LZ是在做环糊精手性分离的工作？

这篇文献我也曾经精读过，对文章中的计算方法我也重复过，发现在AUTODOCK对接时没有必要先预设配体的方向。文章中有一个基本假设：配体可能以两种不同取向结合到环糊精。采用对接来验证这个假设，预先的将配体的坐标设置为以不同取向包结在腔内。为什么要这样设置呢？我们知道autodock预测小分子与蛋白质的结合模式时，不需要预设配体方向的。为了寻找这个原因，我比较了预设方向和坐标（包结在腔内）和不预设方向坐标，发现不预设坐标腔内，采用文中所述计算参数，小分子居然在腔外结合构象有最低结合自由能，而预设在腔内与文中结果一致。对于这种情况，我认为可能是搜索算法参数设置的问题，比如LGA收敛参数。
但是方向不预设（配体坐标设置在腔内）对于结果似乎没有影响，因为采用仁一方向得到的构象均会聚类到两个不同方向的类。

此仅为我的结果和观点，你可以再验证。

另外，如果采用AMBER力场电荷参数，得到的结果似乎更好些，至少不预设方向对接时聚类仅2类（不同方向各1）。

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