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piaoyuaaa

金虫 (小有名气)

[求助] 克隆测序的问题

DGGE回收胶测序,我送公司的三个样品,编号分别为5,6,8,是跑胶中最亮的三条带,割胶回收后用不带夹子的引物做了PCR,琼脂糖电泳检测出来了两条带(理论上应该是一条特异性条带),位置分别约为250bp和230bp,当时觉得是样品不纯,V3区引物扩出来大约在230bp,所以让公司割胶回收纯化了230bp的条带进行克隆测序,测序结果5-230bp的是无色杆菌属,6-230bp的是紫色杆菌属,8-230bp的是假单胞菌属,因为测序结果出来后看到序列长度仅为197bp,所以就想看看250bp的那条带到底是什么东西,之后就测了5号样品的250bp的那条带,今天出来结果序列长度仍旧为197bp,BLAST后5-250bp的是希瓦氏菌属,所以现在不知道该怎么办,实验室还有8个样品没有送公司去测,每个样品都有两条带,是测230bp那条还是测250bp那条?请问虫友有没有遇到过这样的问题,到底怎么回事?谢谢!
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smiled001

禁虫 (小有名气)

piaoyuaaa(金币+5): 2011-10-13 09:58:10
本帖内容被屏蔽

2楼2011-08-09 10:14:54
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piaoyuaaa

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by smiled001 at 2011-08-09 10:14:54:
是不是DGGE没有把条带完全跑开,切到的条带不纯
我切胶回收还P出1000bp的非特异条带,比你郁闷

那你是怎么处理的呢,成功了吗
3楼2011-08-09 10:19:56
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smiled001

禁虫 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

4楼2011-08-09 20:21:43
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