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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » AutoDock产生的结果dlg文件转化成pdb文件
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zsla380

金虫 (正式写手)

[交流] AutoDock产生的结果dlg文件转化成pdb文件

我在windows下用AutoDock4.2运行得到的结果dlg文件，希望转化成pdb文件，好拿到其它软件中作结果分析，请问有什么好的办法吗？谢谢
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1楼 2011-07-15 09:40:01
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
★
zsla380(金币+2):谢谢参与
zsla380(金币+3): 我用ADT打开dlg文件后再保存为pdbqt,后转为pdb。谢谢了 2011-07-16 12:48:07
引用回帖:
Originally posted by zsla380 at 2011-07-15 09:40:01:
我在windows下用AutoDock4.2运行得到的结果dlg文件，希望转化成pdb文件，好拿到其它软件中作结果分析，请问有什么好的办法吗？谢谢

MGLTools就可以啊
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2楼2011-07-15 22:51:47
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userhung

禁虫 (文学泰斗)
★
zsla380(金币+2):谢谢参与
zsla380(金币+3): 谢谢了。我是windows xp中运行autodock，不会用get-dockings name.dlg 2011-07-16 12:49:05
用get-dockings name.dlg，则会在目录下自动生成name.pdb文件
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3楼2011-07-15 23:09:53
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jinbo7

铁杆木虫 (正式写手)
★
zsla380(金币+2):谢谢参与
MGLTools推荐
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5楼2011-07-16 13:03:47
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天下枫叶

木虫 (著名写手)
★
zsla380(金币+2):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by zsla380 at 2011-07-15 09:40:01:
我在windows下用AutoDock4.2运行得到的结果dlg文件，希望转化成pdb文件，好拿到其它软件中作结果分析，请问有什么好的办法吗？谢谢

同问
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6楼2011-07-17 17:02:54
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gaoqunqunl

金虫 (小有名气)
★
zsla380(金币+2):谢谢参与
能否说得具体一点啊
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7楼2011-07-25 08:39:55
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wry3300

版主 (文学泰斗)
★
zsla380(金币+2):谢谢参与
MGLTools另存为~~
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8楼2011-07-25 10:13:04
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chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》
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9楼2011-09-05 19:02:34
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szchinatea

铜虫 (初入文坛)
试试
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10楼2011-10-04 17:18:12
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arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-10-10 17:46:30
MGLTools 另存为最直观的，假如你什么软件都没装，直接用文本编辑dlg，取出坐标数据，直接在文本中另存一个文件改后缀pdb也可以，就是办法比较笨
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11楼2011-10-10 14:25:50
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tanwanbaobao

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
应该点击什么地方啊？具体点啊
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12楼2012-08-15 15:36:00
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greyhuli

新虫 (初入文坛)
具体怎么操作？
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13楼2013-09-24 16:44:21
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晔?�

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by userhung at 2011-07-15 23:09:53
用get-dockings name.dlg，则会在目录下自动生成name.pdb文件

具体是要怎么做的？在run autodock 中引入参数文件后是可以直接生成.dlg,但是并不会在目录下生成.pdb文件。
ADT是antodocktool1.5.6rc3版本的。
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14楼2015-02-02 19:15:31
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简单回复
舞影脚4楼
2011-07-16 11:31   回复  
zsla380(金币+2):谢谢参与
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