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jackyma

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+5, 模拟EPI+1): 鼓励提供解决方案！ 2011-08-04 20:36:50
问题基本解决贴出我的input文件给有同样问题的朋友参考一下：

＃md.in
&cntrl
  nstlim = 30000, dt = 0.002,
  ntt = 1, ntb = 2, ntp = 1,
  tempi =300, temp0 = 300,ntc =2, ntf = 2,
  ntpr =100, ntwx = 100,
  iwrap = 1, nmropt = 1,
/
&wt
type= 'END'
/

LISTOUT = POUT
DISANG = RST.f

#RST.f
# 我这里要限制的是59 和1297两原子的距离。
&rst
iat = 59, 1297,
r1=1.3, r2=1.8, r3=8, r4=16, rk2= 0,rk3=10,
/

详细的请参考这个教程：http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial4/
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5楼2011-08-04 14:50:55
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