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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Ubuntu 下自动安装gromacs
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【奖励】 本帖被评价6次，作者奋斗1s增加金币 4 个

奋斗1s

金虫 (正式写手)

[资源] Ubuntu 下自动安装gromacs

对于没有接触过linux语言的新手来说，安装gromacs是一件很痛苦的事情（至少对于我来说是这样），想当初安装gromacs费了很大劲，也放弃过几次。但最终还是不忍心丢弃这个软件，终于，在论坛里高手的帮助下，安装成功了。手动安装gmx论坛里指导太多了，我这次主要说下怎样自动安装吧。
首先，安装一个linux系统，ubuntu是一个很不错的选择。
其次，安装好ubuntu后，设置一下网络，让你的pc能够连上网络（和win的设置一样）。
第三步，安装gmx。使用命令：sudo apt-get install gromacs.（如果以root身份登录，不写sudo）
第一次使用ubuntu系统时，很可能会提示你没有这个没有那个，不用太担心，它提示没有什么，你就安装什么，全都可以在线搞定。安装命令和上面类似。
祝愿虫虫们安装顺利
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1楼 2011-05-30 10:01:09
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奋斗1s

金虫 (正式写手)
对，这样装是单机的，不是并行的，谢谢zh1987hs的提醒
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2楼2011-05-30 10:11:34
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

那是因为Ubuntu的软件库包含了大量的科研软件，比如gromacs lammps等等
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3楼2011-05-30 11:33:59
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xufund

至尊木虫 (知名作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

谢谢。感觉linux应该这样才好使。
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4楼2011-05-30 13:00:41
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+5): 谢谢 2011-05-30 16:28:22
并行版的安装
FFTW:
./configure --enable-threads --enable-float
make
make install
Cmake:
./configure
make
sudo make install
Gromacs:
./configure
make
make install
过程中提示少什么就sudo apt-get install 程序名
提示权限不够就sudo 指令名 就可以
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-05-30 16:06:18
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奋斗1s

金虫 (正式写手)
thank you very much for your supplementation
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6楼2011-05-30 22:35:32
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wally8962

木虫 (著名写手)

★ 一星级,一般

sudo apt-get install gromacs-mpi

这个应该可以并行吧

没试过
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7楼2011-06-01 14:13:58
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dongyue129

新虫 (初入文坛)

★ 一星级,一般

ubuntu新手，gromacs更新手。弱弱地问下，像版主说的那样弄到第三步后，就安装好了吗？怎么启动gromacs啊？
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8楼2012-02-07 14:22:05
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奋斗1s

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by dongyue129 at 2012-02-07 14:22:05:
ubuntu新手，gromacs更新手。弱弱地问下，像版主说的那样弄到第三步后，就安装好了吗？怎么启动gromacs啊？

如果安装成功的话，在终端中可以直接用命令使用gmx。
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9楼2012-02-07 18:00:39
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木头007

金虫 (初入文坛)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

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10楼2014-09-22 09:15:11
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刚果红

新虫 (小有名气)
内容已删除
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11楼2015-01-05 13:35:00
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刚果红

新虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by 刚果红 at 2015-01-05 13:35:00
Qing wen ni jie jue le na ge wen ti le mei you a ? wo yu dao he ni xiang tong de we ti ....

请问你的问题现在解决了没有啊？
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12楼2015-01-09 13:25:42
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