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良缘百合

金虫 (正式写手)

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[求助] 大家帮我看看我的DGGE图怎么了

最近DGGE条带一直是2-3条，我的样品是土壤，应该至少有一、二十条才对的，这到底是为什么啊？
求有经验的虫友帮忙分析一下啊，多谢多谢多谢……

DGGE前PCR，条带约230bp

下面是DGGE的一些条件、DGGE前PCR图片和DGGE图片：
8%gel，40%-60%的变性梯度，10%APS 80 ul、TEMED 16 ul；
25 ul样品和5 ul 6×loading buffer；
60摄氏度，75V 13h；
EB染色30min。

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爱家人爱学习爱生活

1楼 2011-05-26 17:40:30

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liyixmu

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8楼: Originally posted by 在雨中 at 2011-05-29 19:46:11:
应该是你的胶出问题了。
LS的图，那个梯度进样器，对着我们的那一面有“this side for high density solution"的一面其实是要放”低梯度胶“，比如你的所谓40%的胶，而非60%。不要被这些文字迷惑了眼睛哦！ ...

您好。我看论坛里你做DGGE经验比较丰富，想请教一些问题，希望能给我回复一下，谢谢！
我做的DGGE图，样品是细菌。胶浓度是40%-60%.最后条带大多集中在中部，上面和下面都没有。感觉条带很集中，我想让条带开一点，你觉得是应该高浓度和低浓度之间的范围该大点还是小点呢？
还有，预电泳的作用是什么呀？应该在上样前还是上样后预电泳呀？
非常感谢！希望您能给我回复，祝你实验顺利

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don'tworry，behappy！

15楼2011-09-20 13:46:26

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liyixmu

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17楼: Originally posted by 在雨中 at 2011-09-21 09:14:17:
如果你的条带很集中。那么你就应该把你的电泳胶浓度再收窄一些，比如45-55%。这样你的条带就分开的更开一些，不过这个是不是太窄了？我对细菌电泳V3区，一般选择30-70%左右的梯度，样品条带比较多，最多50种条带 ...

非常感谢！不过我也不知道怎么回事，我又试了个50-70%的胶浓度。还是没跑开。我觉得把胶范围收窄点试试吧，就像你说的45-55%。还有预电泳是在上样前，对胶进行电泳吗？我们实验室大多数都是上完样再进行预电泳，我也不知道到底哪个更好？谢谢了

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don'tworry，behappy！

18楼2011-09-21 10:00:29

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