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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【活动or资源】vasp晶体结构优化
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 【活动or资源】vasp晶体结构优化

结构优势是我们做计算的的第一步，往往也是最重要的一步，一个不合理的结够优化可能导致错误的结果。在论坛里面也有很多虫子们问关于结构优化的问题，貌似大家对结构优化不是很有把握。我在这里开贴只是抛砖引玉，希望大家积极交流。下面是我的结构优化的一些经验，希望对大家有点用


第一步:
可以用VESTA打开cif文件直接保存为vasp格式就可以，三楼youzhizhe
另一种方法：
建模一般都是MS建好之后 修改*.cell文件得到POSCAR具体的方法参考站内的信息（没找到最开始的网页，谁找到了贴上来）
这是*.cell文件的内容
%BLOCK LATTICE_CART   
7.365858463230930       0.816888331419153       1.518567634398170   
0.000000000000000       7.749147189276010       0.114969347281651
0.000000000000000       0.000000000000000      16.835000015679299
%ENDBLOCK LATTICE_CART  
%BLOCK POSITIONS_FRAC
   H   0.1045034131293120   0.0506482790444403   0.1503325580937660
   H  -0.2037023292911190   0.2015583952382200   0.1604502537744340
   H  -0.4269999607791240   0.3837162987940400   0.0980194481736503
   H  -0.3453870956286900   0.4791801646100701  -0.0460018173909388
   H   0.2784615598004869   0.2515795170279700  -0.1346530187895070
   H   0.2619963944132780  -0.5890935655390530   0.3725661174512691
   H   0.2595685601772050  -0.5519954246490220   0.1897443712411160
   H   0.0767881789054980  -0.6048204220967270   0.2666625899874510
   H   0.2771409424864049  -0.7522385903899170   0.2411634679797081
   H   0.5634931211089379  -0.7084903644666670   0.2828144510356441
   H   0.5814851393159790  -0.5287740945641601   0.3433449582781520
   H   0.5793331415735910  -0.5003094920852541   0.2386888180011851
   H   0.4946819829083929  -0.2212541120652400   0.3755202742234630
……………………
%ENDBLOCK POSITIONS_FRAC  
%BLOCK KPOINTS_LIST
    0.0000000000000000   0.0000000000000000   
   0.2500000000000000       1.000000000000000
%ENDBLOCK KPOINTS_LIST  
%BLOCK CELL_CONSTRAINTS        
1       2       3
………………………………

把第一行
%BLOCK LATTICE_CART
改成SYSTEM=GRPHENE（你体系的名称 可以随便写）
然后后面填一行1

再把
%ENDBLOCK LATTICE_CART

%BLOCK POSITIONS_FRAC
改为
   H    C    N    Si  (原子的类型)
  52  42   2   2  （原子的数目）
Direct   （坐标表示的方式，对于这种方法，只能用D）

然后把后面的原子符号H C 等去掉
  H  -0.0000000000000000  -0.0000000000000001   0.7500000000000000
  C   0.1666666666666668   0.0833333333333332   0.7500000000000000

把
%ENDBLOCK POSITIONS_FRAC以后的全部删掉就行了
保存为POSCAR 就可以了
此时要注意保存的格式使用unix格式，ultredit可以选择保存格式，如果用记事本编辑的话,所有的行前不能有空格（从*.cell里面复制过来的空格，自己加的没关系）否则提示找不到原子，论坛里面有很多这样的问题。

第二步：
开始结构优化了，我们一般使用脚本来实现，这里使用的是侯老师所说的方法，体积与能量的曲线然后拟合去能量最小的体积进行进一步优化。先讲能量与体积的曲线怎么得来的。

INCAR最主要是设置
PREC =  M # medium, high low
ISTART = 0 # job : 0-new 1-cont 2-samecut
ICHARG =2 # charge: 1-file 2-atom 10-const
EDIFF = 0.1E-04 # stopping-criterion for ELM(对于大的体系是设置0.1E-03)
NSW = 1000 # number of steps for IOM
IBRION = 2 # ionic relax: 0-MD 1-quasi-New 2-CG
ISIF = 4 # stress and relaxation
对于大的体系可以设置
IALGO=48
ALGO= Very Fast
如果速度还不行可以设置POTIM= 0.1

KPOINTS
A
0
M
4 4 4(体积大的可以弄小一点，这个没试过，但是感觉一个点可能有点问题)

下面开始POSCAR
侯老师也说过这个方法，在手册里面这也是有的
其实就是通过取不同大小的晶胞分别优化，取能量做图。很多虫子们总是在问怎么建立，还有说对于，有三个轴的怎么取晶格常数，在这里如果你采用我这里的方法就不用了（但是在INCAR里面必须设置ISIF=4），为什么呢？我们通过刚才建立POSCAR 里面晶格常数1来实现，改变晶胞的大小就可以了。
有脚本，POSCAR 就不需要了，但是刚才编辑的POSCAR 还是有用的（其实这就是产生POSCAR 的脚本），这个脚本是vasp的说明书里面的
写脚本rvasp
内容如下：
for i in  1.00 1.01  1.02 0.99 0.98
do
cat >POSCAR <                             $i      
7.365858463230930       0.816888331419153       1.518567634398170
0.000000000000000       7.749147189276010       0.114969347281651  
0.000000000000000       0.000000000000000      16.835000015679299
   H    C    N    Si
  52  42   2   2
Direct   
0.1045034131293120   0.0506482790444403   0.1503325580937660   
-0.2037023292911190   0.2015583952382200   0.1604502537744340   
-0.4269999607791240   0.3837162987940400   0.0980194481736503   
-0.3453870956286900   0.4791801646100701  -0.0460018173909388     
0.2784615598004869   0.2515795170279700  -0.1346530187895070     
0.2619963944132780  -0.5890935655390530   0.3725661174512691     
0.2595685601772050  -0.5519954246490220   0.1897443712411160     
0.0767881789054980  -0.6048204220967270   0.2666625899874510     
0.2771409424864049  -0.7522385903899170   0.2411634679797081     
0.5634931211089379  -0.7084903644666670   0.2828144510356441     
0.5814851393159790  -0.5287740945641601   0.3433449582781520     
0.5793331415735910  -0.5003094920852541   0.2386888180011851     
0.4946819829083929  -0.2212541120652400   0.3755202742234630
……………………
!
echo "a= $i" ;mpirun -np 24  vasp
E=`tail -1 OSZICAR`;
echo $i $E >>SUMMARY
cp CONTCAR CONTCAR$i
done

最前面
for i in  1.01 1.01  1.02 0.99 0.98 （设置的体积比例,体积比例是 i 的3次方）
do
cat >POSCAR <

这里面
SYSTEM=TN-PEN                          
   $i
       7.365858463230930       0.816888331419153       1.518567634398170
       0.000000000000000       7.749147189276010       0.114969347281651
       0.000000000000000       0.000000000000000      16.835000015679299
   H    C    N    Si
  52  42   2   2
Direct
   0.1045034131293120   0.0506482790444403   0.1503325580937660
   -0.2037023292911190   0.2015583952382200   0.1604502537744340
   -0.4269999607791240   0.3837162987940400   0.0980194481736503
   -0.3453870956286900   0.4791801646100701  -0.0460018173909388
    0.2784615598004869   0.2515795170279700  -0.1346530187895070
    0.2619963944132780  -0.5890935655390530   0.3725661174512691
    0.2595685601772050  -0.5519954246490220   0.1897443712411160
    0.0767881789054980  -0.6048204220967270   0.2666625899874510
    0.2771409424864049  -0.7522385903899170   0.2411634679797081
    0.5634931211089379  -0.7084903644666670   0.2828144510356441
    0.5814851393159790  -0.5287740945641601   0.3433449582781520
    0.5793331415735910  -0.5003094920852541   0.2386888180011851
    0.4946819829083929  -0.2212541120652400   0.3755202742234630
……………………
这些都是刚才制作的POSCAR ，只有那个第二行$i 改了一下
后面这些
!
echo "a= $i" ;mpirun -np 24  vasp  （24 是核数）
E=`tail -1 OSZICAR`; echo $i $E >>SUMMARY （注意那个`是tab键上的那个，非单引号）
cp CONTCAR CONTCAR$i  (这一步是我加的，把优化好的复制出来，为了下一步优化节省时间)
done

脚本rvasp写好以后，最好dos2unix一下  再改变一下权限chmod +x rvasp ，最后运行./rvasp 即可

第三步：
运行脚本以后在SUNMMRY可以找到体积比例与对应的能量，我们未必一定把体积算出来，用体积比例可以得到拟合曲线，具体做法，把数据放入origin，然后选中数据在analysis里面，选择fiting，一般设置二次项拟合，找到能量最小值


第四步：
把能量最小值对应的体积比例找出来，把得到的类似CONTCAR1.01（后面那个数据是体积比例，选择一个离你拟合相差最小的一个）放到POSCAR中（cp CONTCAR1.01 POSCAR），（如果你最开始选择的体积比例间隔比较大的大，想得到更加精确的体积比例，就把CONTCAR1.01的内容复制到rvasp脚本，替换掉中间部分，然后再在for i in 后面设置你的体积比例，一般两次都能找到比较好的体积比例）

第五步：
设置INCAR如下
PREC =  M # medium, high low
ISTART = 0 # job : 0-new 1-cont 2-samecut
ICHARG =2 # charge: 1-file 2-atom 10-const
EDIFF = 0.1E-05 # stopping-criterion for ELM(对于大的体系是设置0.1E-03)
EDIFFG= -0.001
NSW = 1000 # number of steps for IOM
IBRION = 2 # ionic relax: 0-MD 1-quasi-New 2-CG
ISIF = 3 # stress and relaxation （这里变为3，是因为我们拟合的未必是最合适的，通过这个参数可以适当调节到更好）
后面的可以不要了，如果算不动加上也无妨，但是最后一次优化精确点好。里面的收敛标准看你自己定，上面的可以满足大部分的要求，但是如果对构型要求不严格的话可以适当调低点收敛标准（EDIFF = 0.1E-04 EDIFFG= 0.01），具体的收敛标准可以查看http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2512497

KPOINTS 可以加大数量，但是也没什么太大的必要
A
0
M
4 4 4

POSCAR 就是第四步得到的
输入vasp计算
这一步运行结构优化就可以！但是一定要查看OUTCAR中关于原子受力的信息，如果有个别受力太大的话还是不行的，要继续优化，使用最后一步就行了。
如果有什么意见或者错误，欢迎大家指正！也希望大家能够积极参与讨论！

[ Last edited by 贺仪 on 2012-5-11 at 22:03 ]
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1楼2011-05-26 14:11:23
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-05-28 22:52:49
引用回帖:
Originally posted by solarman at 2011-05-27 09:40:57:
非常好的总结，赞楼主一个！

同时也想提出一个问题

前四部通过多个体积比例拟合，然后第五步用ISIF=3充分弛豫，我感觉这样是不是前四步的作用就不在了？因为你第五步是要“充分”弛豫的！

那么这种 ...

不会抹平原来的作用，前四步只是得到一个比较好的初始结构，在这个好的初始结构之上进行优化，比你在很粗糙的初始结构上直接优化节省很多时间，之所以这么做是因为拟合的精度不够，如果你觉得你拟合出来的就是最小的那你不设置也行。 直接设置ISIF=3，如果初始结构不好不仅计算量大，还有很多是时候是优化不出来的
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16楼2011-05-27 13:44:01
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by qianbj2006 at 2011-12-23 22:11:18:
楼主您好，我按照您的方法在优化中，初学，有两个问题想请教您：
1. 整个优化过程是改变晶格常数，算能量最低点吗？整个优化完之后，我要进行后续计算，比如能带，态密度，优化后的哪些参数是要后续用到的（晶格 ...

第一个问题：每一组晶格常数对应一个能量，算完了之后，进行拟合找到最接近的一组晶格常数，然后拿对应的CONTCAR进行优化，得到的CONTCAR就是你需要的结构文件，晶格常数也在里面

第二个，istart用什么滚系不大，但是icharge是自己算的，一般用2吧
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73楼2011-12-24 10:14:33
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普通回帖

youzhizhe

荣誉版主 (职业作家)
★
贺仪(金币+1):谢谢参与
贺仪(金币+2): 谢谢补充！ 2011-05-26 20:17:47
总结得不错，欢迎广大虫友积极学习，欢迎纠错，欢迎更好的计算方法建议。


附：其他相关的交流学习贴
引用回帖:
【原创】关于结构弛豫设置及收敛判据选择的一点体会
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2512497

【原创】关于结构优化的总结，体会
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2762758

[ Last edited by youzhizhe on 2011-5-26 at 14:40 ]
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2楼2011-05-26 14:35:18
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youzhizhe

荣誉版主 (职业作家)
★ ★
zzy870720z(金币+2): 鼓励交流讨论 2011-05-26 17:10:03
贺仪(金币+5): 这样就方便很多了！ 2011-05-26 20:18:18
建立POSCAR时可以借助VESTA打开CIF文件，直接保存为vasp文件，改名为POSCAR即可。更加简单实用。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-05-26 14:42:26
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
呵呵 是吗？那就更方便了！
我这么做其实还有一个好处就是后面写脚本的时候那个比例比较好
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4楼2011-05-26 14:47:51
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qiqi2926

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★
贺仪(金币+1):谢谢参与
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-05-26 16:46:21
现在出现的问题是什么呢。
在优化的时候：INCAR.relax 这个文件中的ISIF这个参数应该如何设才比较科学？
首先是必须保持体积不变，这样的话，就只能选择1 2 4 5.而再这之中，但这几个好像每个都有道理。

再者如果拟合出来的结果在最低点还好说，如果明显不在最低点，那又如何解释阿？（这种情况是确实存在的，而且那个拟合的脚本并不是每种体系都适合）
所以我个人认为：
再选择ISIC的时候，令ISIC=4，，然后不断的缩小这个i的范围，然后用matlab进行拟合。便可以得到准确的优化后的晶格。
还有就是，有些体系是不能用这种优化的方法进行优化的，需要加U。
赞一下(3人) 回复此楼
6楼2011-05-26 14:53:15
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-05-26 16:46:30
引用回帖:
Originally posted by qiqi2926 at 2011-05-26 14:53:15:
现在出现的问题是什么呢。
在优化的时候：INCAR.relax 这个文件中的ISIF这个参数应该如何设才比较科学？
首先是必须保持体积不变，这样的话，就只能选择1 2 4 5.而再这之中，但这几个好像每个都有道理。

再者 ...

呵呵 是的 最开始isif用4最好，因为在2的时候晶格形状是保持不变的，除非你觉得你的晶格就是这样那也可以。
对于加U，还有考虑自旋的，总体是一样的 只是在INCAR里面加上这些参数就可以了
这里提醒一下，对于有单电子的，一定要使用ispin=2，不然优化的很有问题的
赞一下(2人) 回复此楼
7楼2011-05-26 15:10:14
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wenjlu

木虫 (正式写手)
★
贺仪(金币+1):谢谢参与
赞一个。。。
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9楼2011-05-26 16:03:14
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hzhstar

铁杆木虫 (知名作家)
★
贺仪(金币+1):谢谢参与
帮忙顶一下！
回复此楼
10楼2011-05-26 16:21:09
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fzx2008

荣誉版主 (著名写手)
★
贺仪(金币+1):谢谢参与
同意youzhizhe

第一步的建模可以用vesta，新版可以一次Export出POSCAR，非常有用
赞一下(1人) 回复此楼
11楼2011-05-26 17:45:31
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howberg

金虫 (正式写手)
★
贺仪(金币+1):谢谢参与
学习了！
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12楼2011-05-26 19:35:28
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youzhizhe

荣誉版主 (职业作家)
贺仪(金币+2): 原来这样呀 你前面说完我还没找到原来我用的是第二个版本的 2011-05-26 20:19:22
引用回帖:
Originally posted by fzx2008 at 2011-05-26 17:45:31:
同意youzhizhe

第一步的建模可以用vesta，新版可以一次Export出POSCAR，非常有用

对 新版本3的有 老版本的没有
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13楼2011-05-26 20:02:15
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zhang668

木虫 (正式写手)
★
贺仪(金币+1):谢谢参与
先顶一个！
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14楼2011-05-26 23:16:42
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solarman

新虫 (正式写手)
★
贺仪(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by 贺仪 at 2011-05-26 14:11:23:
结构优势是我们做计算的的第一步，往往也是最重要的一步，一个不合理的结够优化可能导致错误的结果。在论坛里面也有很多虫子们问关于结构优化的问题，貌似大家对结构优化不是很有把握。我在这里开贴只是抛砖引玉， ...

非常好的总结，赞楼主一个！

同时也想提出一个问题

前四部通过多个体积比例拟合，然后第五步用ISIF=3充分弛豫，我感觉这样是不是前四步的作用就不在了？因为你第五步是要“充分”弛豫的！

那么这种”拟合+ISIF（3）“两步走的方式，和我用两次ISIF=3（同时加大ENCUT1.3倍）得到的结果有什么不同呢？我感觉应该会差不多。原因还是像上面说的，ISIF=3进行的是充分弛豫，会抹平前几步的作用。

不知我的理解有没有问题。

[ Last edited by solarman on 2011-5-27 at 09:43 ]
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15楼2011-05-27 09:40:57
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夕阳西下

金虫 (著名写手)
★
贺仪(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by youzhizhe at 2011-05-26 14:35:18:
总结得不错，欢迎广大虫友积极学习，欢迎纠错，欢迎更好的计算方法建议。


附：其他相关的交流学习贴


[ Last edited by youzhizhe on 2011-5-26 at 14:40 ]

参照你的方法写的脚本提示 ：cannot execute binary file，怎么回事呢？
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17楼2011-05-27 15:42:27
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夕阳西下

金虫 (著名写手)
脚本 如下：
＃ !/bin/sh
rm WAVECAR
for i in  4.05 4.10 4.15 4.20 4.25 4.30 4.35 4.40 4.45 4.50
do
cat >POSCAR < SiC-fcc
$i
8.6959999999999997    0.0000000000000000    0.0000000000000000
0.0000000000000000    8.6959999999999997    0.0000000000000000
0.0000000000000000    0.0000000000000000   13.0440000000000005
C  Si
48  48
Direct
  0.1250000000000000  0.1250000000000000  0.0833333333333357
  0.3750000000000000  0.3750000000000000  0.0833333333333357
  0.3750000000000000  0.1250000000000000  0.2500000000000000
  0.1250000000000000  0.3750000000000000  0.2500000000000000
  0.6250000000000000  0.1250000000000000  0.0833333333333357
  0.8750000000000000  0.3750000000000000  0.0833333333333357
  0.8750000000000000  0.1250000000000000  0.2500000000000000
  0.6250000000000000  0.3750000000000000  0.2500000000000000
  0.1250000000000000  0.6250000000000000  0.0833333333333357
  0.3750000000000000  0.8750000000000000  0.0833333333333357
  0.3750000000000000  0.6250000000000000  0.2500000000000000
  0.1250000000000000  0.8750000000000000  0.2500000000000000
  0.6250000000000000  0.6250000000000000  0.0833333333333357
  0.8750000000000000  0.8750000000000000  0.0833333333333357
  0.8750000000000000  0.6250000000000000  0.2500000000000000
  0.6250000000000000  0.8750000000000000  0.2500000000000000
  0.1250000000000000  0.1250000000000000  0.4166666666666643
  0.3750000000000000  0.3750000000000000  0.4166666666666643
  0.3750000000000000  0.1250000000000000  0.5833333333333357
  0.1250000000000000  0.3750000000000000  0.5833333333333357
  0.6250000000000000  0.1250000000000000  0.4166666666666643
  0.8750000000000000  0.3750000000000000  0.4166666666666643
  0.8750000000000000  0.1250000000000000  0.5833333333333357
  0.6250000000000000  0.3750000000000000  0.5833333333333357
  0.1250000000000000  0.6250000000000000  0.4166666666666643
  0.3750000000000000  0.8750000000000000  0.4166666666666643
  0.3750000000000000  0.6250000000000000  0.5833333333333357
  0.1250000000000000  0.8750000000000000  0.5833333333333357
  0.6250000000000000  0.6250000000000000  0.4166666666666643
  0.8750000000000000  0.8750000000000000  0.4166666666666643
  0.8750000000000000  0.6250000000000000  0.5833333333333357
  0.6250000000000000  0.8750000000000000  0.5833333333333357
  0.1250000000000000  0.1250000000000000  0.7500000000000000
  0.3750000000000000  0.3750000000000000  0.7500000000000000
  0.3750000000000000  0.1250000000000000  0.9166666666666643
  0.1250000000000000  0.3750000000000000  0.9166666666666643
  0.6250000000000000  0.1250000000000000  0.7500000000000000
  0.8750000000000000  0.3750000000000000  0.7500000000000000
  0.8750000000000000  0.1250000000000000  0.9166666666666643
  0.6250000000000000  0.3750000000000000  0.9166666666666643
  0.1250000000000000  0.6250000000000000  0.7500000000000000
  0.3750000000000000  0.8750000000000000  0.7500000000000000
  0.3750000000000000  0.6250000000000000  0.9166666666666643
  0.1250000000000000  0.8750000000000000  0.9166666666666643
  0.6250000000000000  0.6250000000000000  0.7500000000000000
  0.8750000000000000  0.8750000000000000  0.7500000000000000
  0.8750000000000000  0.6250000000000000  0.9166666666666643
  0.6250000000000000  0.8750000000000000  0.9166666666666643
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.0000000000000000
  0.0000000000000000  0.2500000000000000  0.1666666666666643
  0.2500000000000000  0.0000000000000000  0.1666666666666643
  0.2500000000000000  0.2500000000000000  0.0000000000000000
  0.5000000000000000  0.0000000000000000  0.0000000000000000
  0.5000000000000000  0.2500000000000000  0.1666666666666643
  0.7500000000000000  0.0000000000000000  0.1666666666666643
  0.7500000000000000  0.2500000000000000  0.0000000000000000
  0.0000000000000000  0.5000000000000000  0.0000000000000000
  0.0000000000000000  0.7500000000000000  0.1666666666666643
  0.2500000000000000  0.5000000000000000  0.1666666666666643
  0.2500000000000000  0.7500000000000000  0.0000000000000000
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.0000000000000000
  0.5000000000000000  0.7500000000000000  0.1666666666666643
  0.7500000000000000  0.5000000000000000  0.1666666666666643
  0.7500000000000000  0.7500000000000000  0.0000000000000000
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.3333333333333357
  0.0000000000000000  0.2500000000000000  0.5000000000000000
  0.2500000000000000  0.0000000000000000  0.5000000000000000
  0.2500000000000000  0.2500000000000000  0.3333333333333357
  0.5000000000000000  0.0000000000000000  0.3333333333333357
  0.5000000000000000  0.2500000000000000  0.5000000000000000
  0.7500000000000000  0.0000000000000000  0.5000000000000000
  0.7500000000000000  0.2500000000000000  0.3333333333333357
  0.0000000000000000  0.5000000000000000  0.3333333333333357
  0.0000000000000000  0.7500000000000000  0.5000000000000000
  0.2500000000000000  0.5000000000000000  0.5000000000000000
  0.2500000000000000  0.7500000000000000  0.3333333333333357
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.3333333333333357
  0.5000000000000000  0.7500000000000000  0.5000000000000000
  0.7500000000000000  0.5000000000000000  0.5000000000000000
  0.7500000000000000  0.7500000000000000  0.3333333333333357
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.6666666666666643
  0.0000000000000000  0.2500000000000000  0.8333333333333357
  0.2500000000000000  0.0000000000000000  0.8333333333333357
  0.2500000000000000  0.2500000000000000  0.6666666666666643
  0.5000000000000000  0.0000000000000000  0.6666666666666643
  0.5000000000000000  0.2500000000000000  0.8333333333333357
  0.7500000000000000  0.0000000000000000  0.8333333333333357
  0.7500000000000000  0.2500000000000000  0.6666666666666643
  0.0000000000000000  0.5000000000000000  0.6666666666666643
  0.0000000000000000  0.7500000000000000  0.8333333333333357
  0.2500000000000000  0.5000000000000000  0.8333333333333357
  0.2500000000000000  0.7500000000000000  0.6666666666666643
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.6666666666666643
  0.5000000000000000  0.7500000000000000  0.8333333333333357
  0.7500000000000000  0.5000000000000000  0.8333333333333357
  0.7500000000000000  0.7500000000000000  0.6666666666666643
!
cecho "a= $i" ;mpirun -np 2  vasp  
E=`tail -1 OSZICAR`; echo $i $E >>SUMMARY
cp CONTCAR CONTCAR$i  
done
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18楼2011-05-27 15:57:30
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-05-28 22:53:02
引用回帖:
Originally posted by 夕阳西下 at 2011-05-27 15:57:30:
脚本 如下：
＃ !/bin/sh
rm WAVECAR
for i in  4.05 4.10 4.15 4.20 4.25 4.30 4.35 4.40 4.45 4.50
do
cat >POSCAR <<!
SiC-fcc
$i
8.6959999999999997    0.0000000000000000    0.00000000 ...

!
cecho "a= $i" ;mpirun -np 2  vasp  
E=`tail -1 OSZICAR`; echo $i $E >>SUMMARY
cp CONTCAR CONTCAR$i  
done

你的情况我没遇到过但是你里面有错的东西：
里面cecho 多了个c

你的vasp加入到路径了没有？
你运行后能不能得到POSCAR，如果可以 你直接输入vasp看能不能算，如果不能算就是输入文件格式的问题，如果可以则是脚本问题，
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19楼2011-05-27 16:15:09
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夕阳西下

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 贺仪 at 2011-05-27 16:15:09:
!
cecho "a= $i" ;mpirun -np 2  vasp  
E=`tail -1 OSZICAR`; echo $i $E >>SUMMARY
cp CONTCAR CONTCAR$i  
done

你的情况我没遇到过但是你里面有错的东西：
里面cecho 多了个c
...

vasp运算都没问题，应该是脚本的问题。
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20楼2011-05-27 16:44:46
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夕阳西下

金虫 (著名写手)
想问问候老师的那个脚本
＃!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 2.81 2.91 3.01 3.11 3.21 3.31 3.41 3.51 3.61 3.71
do
cat > POSCAR < Mg-hex
                                   
$i
0.0              -1.0     0.0
0.8660254037844   0.5     0.0
0.0               0.0    1.6230529595
2
Direct
0.6666666666666667    0.3333333333333333    0.750
0.3333333333333333    0.6666666666666667    0.250
!
cp INCAR.relax    INCAR
echo "a = $i angstrom " ; time vasp
cp CONTCAR POSCAR
cp INCAR.static INCAR
echo "a = $i angstrom " ; time vasp
E=‘grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk ’{printf "%12.6f \n", $5 }’‘
V=‘grep "volume" OUTCAR | tail -1 | awk ’{printf "%12.4f \n", $5 }’‘
echo $V   $E >>EtVo.dat
done
应该怎么运行呢？该目录下输入文件必须有INCAR.relax，INCAR.static，poscar,kpoints,potcar,WAVECAR这几个文件吗？然后再运行脚本吗？
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21楼2011-05-27 17:52:06
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slz0811

木虫 (小有名气)
★
贺仪(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by youzhizhe at 2011-05-26 14:42:26:
建立POSCAR时可以借助VESTA打开CIF文件，直接保存为vasp文件，改名为POSCAR即可。更加简单实用。

转换后多了一行元素符号，得删了。

[ Last edited by slz0811 on 2011-5-27 at 19:39 ]
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22楼2011-05-27 19:08:55
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-05-28 22:51:54
引用回帖:
Originally posted by 夕阳西下 at 2011-05-27 16:44:46:
vasp运算都没问题，应该是脚本的问题。

我刚才把你的脚本运行了，可以我做了一下改变，具体是哪一步纠正的我也不知道
首先 删了你的for i in 的晶格参数，把多余的空格去掉（我觉得太长了人，在fortran里面每一行有字数限制，但是对于sh我不确定，所以改了）
然后提示，在do的地方语法错误，我把这三行删掉（空格也删了），然后自己输入
do
cat >POSCAR < SiC-fc
再dos2unix rvasp
chmod +x rvasp
再运行./rvasp就可以了 你试试吧
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23楼2011-05-27 19:44:05
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
★
youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-05-28 22:52:03
引用回帖:
Originally posted by 夕阳西下 at 2011-05-27 17:52:06:
想问问候老师的那个脚本
＃!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 2.81 2.91 3.01 3.11 3.21 3.31 3.41 3.51 3.61 3.71
do
cat > POSCAR <<!
Mg-hex
                                   
$i
0.0      ...

你对vasp怎么运行都不知道，&……
四个基本文件，侯老师的脚本只产生IINCAR POSCAR
所以要这样：
先把对应的复制到KPOINTS  POTCAR
然后运行脚本就可以了

我贴的脚本没有侯老师这一步的静态计算，因为说明书中说静态计算能得到更精确的能量，但是我发现其实静态和优化过程中的能量变化很小，十的负多少次方以后的变化了，不算也可以
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24楼2011-05-27 19:50:20
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夕阳西下

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 贺仪 at 2011-05-27 19:50:20:
你对vasp怎么运行都不知道，&……
四个基本文件，侯老师的脚本只产生IINCAR POSCAR
所以要这样：
先把对应的复制到KPOINTS  POTCAR
然后运行脚本就可以了

我贴的脚本没有侯老师这一步的静态计算， ...

什么是先把对应的复制到KPOINTS  POTCAR？不理解
总而言之，还是需要四个文件。然后运行该脚本，是这样吗?
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25楼2011-05-27 23:28:28
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tider

木虫 (正式写手)
★
贺仪(金币+1):谢谢参与
谢谢。收藏
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26楼2011-05-28 00:13:04
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
★
youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-05-28 22:52:15
引用回帖:
Originally posted by 贺仪 at 2011-05-27 19:50:20:
你对vasp怎么运行都不知道，&……
四个基本文件，侯老师的脚本只产生IINCAR POSCAR
所以要这样：
先把对应的复制到KPOINTS  POTCAR
然后运行脚本就可以了

我贴的脚本没有侯老师这一步的静态计算， ...

把你文件夹中kpoints potcar 复制到 KPOINTS POTCAR,
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27楼2011-05-28 08:54:36
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xmhyingyu

至尊木虫 (文坛精英)
★
贺仪(金币+1):谢谢参与
bless！
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30楼2011-05-31 14:46:38
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farming

木虫 (著名写手)
★
贺仪(金币+1):谢谢参与
总结得不错，欢迎广大虫友积极学习
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31楼2011-05-31 14:46:59
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缺心眼桌

木虫 (正式写手)
★ ★
贺仪(金币+1):谢谢参与
youzhizhe(金币+1): 说的有道理，谢谢交流。 2011-06-02 09:59:23
楼主费心了。
自己的一点看法，设为1000步，我觉得有风险，要及时观测中间构型
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33楼2011-05-31 15:28:50
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夕阳西下

金虫 (著名写手)
运行以后 提示 LAPACK: Routine ZPOTRF failed 1 怎么回事呢？离子优化有问题，该怎么设置？
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34楼2011-05-31 15:44:50
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
★
youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-06-02 09:59:39
引用回帖:
Originally posted by 缺心眼桌 at 2011-05-31 15:28:50:
楼主费心了。
自己的一点看法，设为1000步，我觉得有风险，要及时观测中间构型

是的

不过一般200步内就好了。如果初始结构太不好就不能这么来了，那样的话得分得更细点去优化
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35楼2011-05-31 22:10:10
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夕阳西下

金虫 (著名写手)
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!           1
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!           1
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!           1
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!           1
请问 什么原因？
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36楼2011-06-01 12:16:20
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 夕阳西下 at 2011-06-01 12:16:20:
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!           1
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!           1
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!           1
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!           1
请问 什么原因？

你是运行vasp时的吧？我没遇见过，不知道你算的是什么体系
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37楼2011-06-01 18:10:20
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夕阳西下

金虫 (著名写手)
我已经改过来了，主要是晶格参数的比例设的不合适。
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38楼2011-06-01 21:19:42
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yangprc

木虫 (小有名气)
★
贺仪(金币+1):谢谢参与
收藏了。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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39楼2011-06-04 05:36:09
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夕阳西下

金虫 (著名写手)
如果只优化一个参数比如1.00,其他比例没有优化，这种情况下能不能判断晶格结构参数？
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40楼2011-06-05 13:03:43
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hyff0809

银虫 (小有名气)
★
贺仪(金币+1):谢谢参与
贺仪(金币+5): 说对了！ 2011-06-07 08:08:48
想了半天还是不明白，为什么刚开始设置的 i 是体积比例呢？i 应该是对下面所有晶格矢量的缩放比例吧？那么体积比例就应该是 i 的3次方才对吧？请虫友们指点
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41楼2011-06-05 15:21:31
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
★
youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-06-06 10:57:30
引用回帖:
Originally posted by hyff0809 at 2011-06-05 15:21:31:
想了半天还是不明白，为什么刚开始设置的 i 是体积比例呢？i 应该是对下面所有晶格矢量的缩放比例吧？那么体积比例就应该是 i 的3次方才对吧？请虫友们指点

呵呵 对的！谢谢提醒！体积比例就应该是 i 的3次方！不过并不影响优化结果
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hyff0809
42楼2011-06-06 10:08:59
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hyff0809

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
Originally posted by 贺仪 at 2011-06-06 10:08:59:
呵呵 对的！谢谢提醒！体积比例就应该是 i 的3次方！不过并不影响优化结果

谢谢你回复！
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43楼2011-06-06 21:21:21
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greedboyqx

铁虫 (职业作家)
★
贺仪(金币+1):谢谢参与
哈哈
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44楼2011-06-08 19:10:42
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greedboyqx

铁虫 (职业作家)
★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢提示。 2011-06-10 14:45:42
对于有单电子的，一定要使用ispin=2，不然优化的很有问题的
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46楼2011-06-09 19:39:09
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巴蒂LBJ

木虫 (知名作家)
★
贺仪(金币+1):谢谢参与
祝福~ 祝福~! 祝福~ 祝福~! 祝福~ 祝福~祝福~ 祝福~! 祝福~ 祝福~! ! 祝福~ 祝福~! 祝福~ 祝福~! 祝福~ 祝福~! 祝福~ 祝福~! 祝福~ 祝福~!
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48楼2011-06-14 12:25:42
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louazhao

禁虫 (初入文坛)
★
贺仪(金币+1):谢谢参与
本帖内容被屏蔽
50楼2011-06-14 17:02:46
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kangfulike5楼
2011-05-26 14:48   回复  
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dandan20088楼
2011-05-26 15:10   回复  
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太阳谷28楼
2011-05-28 09:01   回复  
贺仪(金币+1):谢谢参与
gwf246329楼
2011-05-31 14:36   回复  
贺仪(金币+1):谢谢参与
cao123125532楼
2011-05-31 14:51   回复  
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jwfu45楼
2011-06-08 19:56   回复  
贺仪(金币+1):谢谢参与
祝福祝福祝福
二哥哥3347楼
2011-06-11 23:52   回复  
贺仪(金币+1):谢谢参与
祝福
巴蒂LBJ49楼
2011-06-14 12:25   回复  
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