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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【活动or资源】vasp晶体结构优化
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future_wl

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
387383楼: Originally posted by 贺仪 at 2011-05-27 13:44:01
不会抹平原来的作用，前四步只是得到一个比较好的初始结构，在这个好的初始结构之上进行优化，比你在很粗糙的初始结构上直接优化节省很多时间，之所以这么做是因为拟合的精度不够，如果你觉得你拟合出来的就是最小 ...

您好，是不是可以这样理解，E-V拟合的方法比起在原始结构上直接用ISIF=3可以更快更合理的先找到一个大体稳定的结构，然后再用ISIF=3精修一下.
我有两个问题：
1.是否对于一般常规体系，E-V拟合方法和直接ISIF=3得到的最终结构差不多，只是时间快慢的问题？
2.如果按你取5个不同的体积进行E-V拟合，得到的图形不是抛物线，也就是没有极低点，怎么办？是不是应该改变ENCUT值？或者换赝势？
非常感谢您的指导
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101楼2012-08-24 16:41:58
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2433453楼: Originally posted by future_wl at 2012-08-24 16:41:58
您好，是不是可以这样理解，E-V拟合的方法比起在原始结构上直接用ISIF=3可以更快更合理的先找到一个大体稳定的结构，然后再用ISIF=3精修一下.
我有两个问题：
1.是否对于一般常规体系，E-V拟合方法和直接ISIF=3得 ...

1，E-V还有一点好处，isif=3很可能是局部的最小点，而E-V的方法能比这个局部最小点，找到更大局部的最小点。一般情况是E-V能比isif=3找到更稳定的结构。

2，不是抛物线说明你的计算设置不一样，或者计算环境不一样。尽可能的固定K点数，ECUT等，你知道什么意义的参数尽量明确写上，不要使用默认的。
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102楼2012-08-24 22:56:16
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future_wl

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2433504楼: Originally posted by 贺仪 at 2012-08-24 22:56:16
1，E-V还有一点好处，isif=3很可能是局部的最小点，而E-V的方法能比这个局部最小点，找到更大局部的最小点。一般情况是E-V能比isif=3找到更稳定的结构。

2，不是抛物线说明你的计算设置不一样，或者计算环境不一 ...

谢谢您的回复！
我知道CASTEP是自动优化晶格结构，类似于ISIF=3的方法，好像没有采用E-V的做法，是不是不太合适？
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103楼2012-08-25 10:08:23
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2433553楼: Originally posted by future_wl at 2012-08-25 10:08:23
谢谢您的回复！
我知道CASTEP是自动优化晶格结构，类似于ISIF=3的方法，好像没有采用E-V的做法，是不是不太合适？...

好不好只是相对的，严格说起来这样的优化都不是全局的能量最低构型呢
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104楼2012-08-25 15:12:05
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future_wl

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
333736楼: Originally posted by 贺仪 at 2011-05-26 14:11:23
结构优势是我们做计算的的第一步，往往也是最重要的一步，一个不合理的结够优化可能导致错误的结果。在论坛里面也有很多虫子们问关于结构优化的问题，貌似大家对结构优化不是很有把握。我在这里开贴只是抛砖引玉，希 ...

楼主你好，你脚本有一句是在OSZICAR取最后一行的值，最后一行有好几个值，类似这样的：5 F= -.81206074E+02 E0= -.81213049E+02  d E =-.336098E-03
是不是只取E0那个值就可以了？另外你能解释下F ，和 d E 的含义吗？
非常感谢！
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105楼2012-08-28 10:10:53
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2434214楼: Originally posted by future_wl at 2012-08-28 10:10:53
楼主你好，你脚本有一句是在OSZICAR取最后一行的值，最后一行有好几个值，类似这样的：5 F= -.81206074E+02 E0= -.81213049E+02  d E =-.336098E-03
是不是只取E0那个值就可以了？另外你能解释下F ，和 d E 的含义 ...

能量的取法在manul里面有将这几个量之间的关系，一般来讲取自由能的那项吧
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106楼2012-08-28 11:23:19
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future_wl

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2434236楼: Originally posted by 贺仪 at 2012-08-28 11:23:19
能量的取法在manul里面有将这几个量之间的关系，一般来讲取自由能的那项吧...

就是 F 那项吧， E0是否是总能？
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107楼2012-08-28 19:33:29
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zuocuiping

木虫 (职业作家)
送鲜花一朵
不错，学习了，
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109楼2012-11-26 16:32:33
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jizw0704

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
很系统详细，谢谢楼主
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110楼2012-12-05 11:00:00
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highpeter

金虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
很详细，对初学者很有帮助，谢谢！
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111楼2013-03-11 20:12:26
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zuocuiping

木虫 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
A
0
M
4 4 4

你这里的k点应该和晶格矢量成反比最好
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112楼2013-03-15 16:21:36
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lianjiak

金虫 (小有名气)
楼主给力  顶一个！
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113楼2013-04-23 16:50:44
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sungjen

银虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
题目是晶体结构优化，是不是无定形态的结构就不能呢
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114楼2013-06-11 10:35:37
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sungjen

银虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
题目是晶体结构优化，不知道对于无定形态是否适用
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115楼2013-06-11 10:46:34
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
115楼: Originally posted by sungjen at 2013-06-11 10:46:34
题目是晶体结构优化，不知道对于无定形态是否适用

如果你的无定形也是周期性的那也可以的，因为这个无定形的其实也是个晶体
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116楼2013-06-11 22:21:57
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sungjen

银虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
116楼: Originally posted by 贺仪 at 2013-06-11 22:21:57
如果你的无定形也是周期性的那也可以的，因为这个无定形的其实也是个晶体...

多谢指导！还想知道关于参杂建模的计算 楼主会不会啊
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117楼2013-06-12 10:03:20
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
117楼: Originally posted by sungjen at 2013-06-12 10:03:20
多谢指导！还想知道关于参杂建模的计算 楼主会不会啊...

一样的算法
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118楼2013-06-12 10:13:11
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甲斐之虎

银虫 (正式写手)
送红花一朵
好贴啊感谢楼主
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120楼2013-09-30 21:02:43
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sungjen

银虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
for i in  1.01 1.01  1.02 0.99 0.98 （设置的体积比例,体积比例是 i 的3次方）这一句什么意思啊
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121楼2013-10-09 10:56:42
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kelly612

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
102楼: Originally posted by 贺仪 at 2012-08-24 22:56:16
1，E-V还有一点好处，isif=3很可能是局部的最小点，而E-V的方法能比这个局部最小点，找到更大局部的最小点。一般情况是E-V能比isif=3找到更稳定的结构。

2，不是抛物线说明你的计算设置不一样，或者计算环境不一 ...

想请教楼主个问题，用E-V拟合也好，分步优化先2再3也好，最后的晶格常数和能量都会有差异，那么我们以什么标准来选择好的方法呢？有的能量低但是晶格常数偏差会大一些，这个时候怎么选择呢？另外我们怎么判断体系结构已经进入基态构型呢？ 因为收敛标准都是自己设定的，达到精度跟到达基态构型是两码事，这个我一直蛮困惑的，谢谢楼主！
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123楼2013-11-17 16:18:45
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刘小伟110

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
lz您好，为什么我用VESTA，用vasp优化的时候，原先成键的分子断键啦，这是什么原因呢，还望楼主明示。。。。
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124楼2013-11-26 10:02:32
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刘小伟110

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
11楼: Originally posted by fzx2008 at 2011-05-26 17:45:31
同意youzhizhe

第一步的建模可以用vesta，新版可以一次Export出POSCAR，非常有用

fzx2008您好，为什么我用VESTA，用vasp优化的时候，原先成键的分子断键啦，这是什么原因呢，还望您明示。。。。
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125楼2013-11-26 10:06:46
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fzx2008

荣誉版主 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
125楼: Originally posted by 刘小伟110 at 2013-11-26 10:06:46
fzx2008您好，为什么我用VESTA，用vasp优化的时候，原先成键的分子断键啦，这是什么原因呢，还望您明示。。。。...

你好，抱歉我实在没有看明白什么意思

一般的直接用VESTA看，初始是不显示成键的
需要用bond选项指定成键原子和范围后，程序才搜索成键
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126楼2013-11-26 14:24:56
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刘小伟110

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
126楼: Originally posted by fzx2008 at 2013-11-26 14:24:56
你好，抱歉我实在没有看明白什么意思

一般的直接用VESTA看，初始是不显示成键的
需要用bond选项指定成键原子和范围后，程序才搜索成键...

fzx2008您好，我用的是MS里面的构型，然后用VESTA导出到vasp，用vasp优化好之后，用chem3D看构型，发现在chem3D中优化前原子之间连着的键，优化后断开啦。。。不知什么原因啊，望解答
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127楼2013-11-26 16:36:51
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fzx2008

荣誉版主 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
127楼: Originally posted by 刘小伟110 at 2013-11-26 16:36:51
fzx2008您好，我用的是MS里面的构型，然后用VESTA导出到vasp，用vasp优化好之后，用chem3D看构型，发现在chem3D中优化前原子之间连着的键，优化后断开啦。。。不知什么原因啊，望解答...

那可能表明，优化后键长（距离）变长，超过了程序内置的阈值，可以检查下优化后的键长具体是多少，是否在合理范围~
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128楼2013-11-26 20:11:48
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刘小伟110

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
128楼: Originally posted by fzx2008 at 2013-11-26 20:11:48
那可能表明，优化后键长（距离）变长，超过了程序内置的阈值，可以检查下优化后的键长具体是多少，是否在合理范围~...

键的距离变长了，原来是1.9埃，现在是2.1埃，在chem3D中是断键啦，但在MS中看却没断键。。。但是我一直会在chem3D中画图啊，这样的话以后算吸附岂不是看不到成键不成键呢。。。。可不可能是我的vasp设置的INCAR 有问题呢，求解
【活动or资源】vasp晶体结构优化
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129楼2013-11-26 20:24:22
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fzx2008

荣誉版主 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
129楼: Originally posted by 刘小伟110 at 2013-11-26 20:24:22
键的距离变长了，原来是1.9埃，现在是2.1埃，在chem3D中是断键啦，但在MS中看却没断键。。。但是我一直会在chem3D中画图啊，这样的话以后算吸附岂不是看不到成键不成键呢。。。。可不可能是我的vasp设置的INCAR 有 ...

同样的结构在MS“显示”键，而在chem3D中“未显示”，应该与两款软件默认的成键阈值不一样有关~

INCAR中EDIFFG设置的力收敛标准比较大，表面计算中设置成-0.02 eV/A较为常见，另SIGMA是否有做相关收敛性测试？
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130楼2013-11-26 20:37:48
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刘小伟110

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
130楼: Originally posted by fzx2008 at 2013-11-26 20:37:48
同样的结构在MS“显示”键，而在chem3D中“未显示”，应该与两款软件默认的成键阈值不一样有关~

INCAR中EDIFFG设置的力收敛标准比较大，表面计算中设置成-0.02 eV/A较为常见，另SIGMA是否有做相关收敛性测试？...

“SIGMA是否有做相关收敛性测试”，这个的话，没有做过啊，我的INCAR也是别人给的，不做的话会有什么后果呢，我该怎么做呢，期待您再次回复。。。
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131楼2013-11-27 15:54:01
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lvkai39

木虫 (著名写手)
非常不错的帖子
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132楼2014-01-20 15:09:52
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刘小伟110

木虫 (小有名气)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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2楼: Originally posted by youzhizhe at 2011-05-26 14:35:18
总结得不错，欢迎广大虫友积极学习，欢迎纠错，欢迎更好的计算方法建议。


附：其他相关的交流学习贴

...

请问youzhizhe，vasp计算吸附能，怎么计算单个H原子，OH的能量呢，是不是要改一些设置呢
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133楼2014-02-18 15:39:52
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刘小伟110

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
lz好人啊，我想问您一下，用MS里面的模型，经VESTA导入到vasp，在MS切面之前，用vasp优化晶胞该怎么设置INCAR和边界条件呢。。。。
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134楼2014-03-07 20:32:21
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刘小伟110

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by youzhizhe at 2011-05-26 14:42:26
建立POSCAR时可以借助VESTA打开CIF文件，直接保存为vasp文件，改名为POSCAR即可。更加简单实用。

youzhizhe您好，请问vasp中优化晶胞的INCAR该怎么设置呢，另外，用VESTA到处的POSCAR，边界条件用不用改呢，z轴需不需要加真空层呢。。。
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135楼2014-03-07 21:50:24
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乐石||

木虫 (正式写手)
★
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二次拟合真的合适吗?
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136楼2014-06-03 00:31:30
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dabixiong

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
麻烦前辈指导一下，结构弛豫时想让一部分原子动，用vesta导出以后，标注fff和ttt之后为什么用vasp计算总是说输入的poscar找不到呢？麻烦楼主了，刚接触计算所以很多地方不太理解
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137楼2014-06-25 09:46:22
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从心而觅

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
贴主您好，找您找的好辛苦啊。我按照你这个帖子的内容，进行构型优化，出了些问题http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=10597139&fpage=1
您能帮我解答一下么，感激不尽！
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139楼2016-08-28 14:45:50
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xinweigood

至尊木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
非常感谢楼主分享，学到了很多
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140楼2016-10-14 00:03:41
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zhuzixi111

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
谢谢楼主分享，还有一个问题，如果我想同时优化三个不同的晶格常数，那是不是脚本要做三个循环！谢谢楼主！

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141楼2017-05-10 18:21:48
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zhyphy

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
谢谢楼主无私分享，为优化结构困扰好久
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143楼2018-05-10 17:29:24
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简单回复
weiyongkai108楼
2012-09-13 20:48   回复  
fyzhuhui119楼
2013-08-08 23:45   回复  
我爱小越越122楼
2013-10-30 10:37   回复  
沐汐1998138楼
2015-05-06 15:27   回复  
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2018-04-25 17:31   回复  
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