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vasp优化构型提交脚本出错 已有2人参与
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不论是侯老师还是手册优化构型的时候都提到一个脚本，首先说明我采用的是网上一位前辈的方法。http://emuch.315955.com/html/201105/3234667.html 按照流程，我进行了一系列操作，但是无法运行脚本。具体如下： 1、操作（请帮忙看下是否有误）：按照上述前辈的方法，我建了一个脚本rvasp.pbs.sh，通过ssh上传（只上传这一个文件），然后qsub rvasp.pbs.sh，结果出错。 2：脚本内容 # !/bin/sh rm WAVECAR for i in 1.00 1.01 1.02 0.99 0.98 do cat >POSCAR <<! SYSTEM=Si-C4-BZ $i 15.648963576330972 5.532744131682456 9.582993941352564 -0.000000000000001 16.598232395047376 9.582993941352568 0.000000000000000 0.000000000000000 19.165987882705135 H C Si 16 40 2 Direct 0.1692056544865040 0.1692056544865030 -0.0405409025403431 ……………… ! echo "a= $i" ;mpirun -np 24 vasp E=`tail -1 OSZICAR`; echo $i $E >>SUMMARY cp CONTCAR CONTCAR$i done ！第七十六行 3、错误信息（91、92行啥都没有，不知道什么意思） rm: cannot remove `WAVECAR': No such file or directory /var/spool/torque/mom_priv/jobs/5584.cluster.hpc.org.SC: line 91: warning: here-document at line 5 delimited by end-of-file (wanted `!') /var/spool/torque/mom_priv/jobs/5584.cluster.hpc.org.SC: line 92: syntax error: unexpected end of file 4、疑问：脚本里这一行 E=`tail -1 OSZICAR` 分明没有OSZICAR，不知道贴主前辈为啥写这个。 请各位帮忙看下，感激不尽！ |
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2楼2016-08-27 20:23:36
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谢  |
3楼2016-08-28 13:17:57
magicmonk
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4楼2016-08-29 14:46:41
5楼2016-08-29 15:17:33
magicmonk
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6楼2016-08-29 16:57:55
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您好，安装您说的方法，提交出错了。错误提示： mpiexec_c0106: cannot connect to local mpd (/tmp/mpd2.console 1. no mpd is running on this host 2. an mpd is running but was started without a "console" (-n option) 有一点我很疑惑，感觉mpirun -np 24对于我这边调用不了节点，于是我用我提交作业脚本里面的命令 mpirun -v -genv I_MPI_DEVICE rdma -np $NPROCS /opt/software/vasp.5.3/vasp 还是有点问题。 最后我干脆把我原来提交作业的脚本跟这个脚本嵌套在一起了，作业交上去没问题，正在算，希望能正常吧。 不知道您对我这个问题有没有好的建议呢。 |
7楼2016-08-29 19:07:24
ZC鑫
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漫天飘雪: 金币+2, 谢谢交流 2016-08-31 21:38:20
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#PBS -N Si #PBS -j oe #PBS -q batch #PBS -l nodes=1:ppn=20 #PBS -l walltime=1:00:00 # use openmpi 1.6.5 core_num=$(cat $PBS_NODEFILE|wc -l) cd $PBS_O_WORKDIR cat $PBS_NODEFILE rm WAVECAR for i in 5.1 5.2 5.3 5.4 5.5 5.6 5.7 5.8 do cat >POSCAR<<! Si $i 0.0 0.5 0.5 0.5 0.0 0.5 0.5 0.5 0.0 Si 2 Direct 0 0 0 0.25 0.25 0.25 ! echo "a=$i" mpirun -machinefile $PBS_NODEFILE -np ${core_num} --mca btl self,sm,openib --bind-to-core ~/bin/vasp533_neb180 E=`grep "TOTEN" OUTCAR |tail -1|awk '{printf "%12.6f \n",$5}'`;echo $i $E >>comment done cat comment 这是我的感觉你少了vasp位置那一行，去你原来的job.pbs里面找找 |
8楼2016-08-30 20:15:21
ZC鑫
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从心而觅: 金币+8, ★★★很有帮助 2016-08-31 08:03:52
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#!/bin/sh for alat in $(seq 5.60 0.02 5.80) do cat>POSCAR<<eof Ge-bulk $alat 0.5 0.5 0.0 0.0 0.5 0.5 0.5 0.0 0.5 Ge 2 Direct 0.0 0.0 0.0 0.25 0.25 0.25 eof /public/software/vasp/5.3.3/openmpi-intel/vasp533 Etot=$(grep TOTEN OUTCAR | tail -1 | awk '{print $5}') echo $alat $Etot >> EAA done 这是另外一个 |
9楼2016-08-30 20:16:54
10楼2016-08-31 08:05:03
