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从心而觅

新虫 (小有名气)

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[求助] vasp优化构型提交脚本出错已有2人参与

不论是侯老师还是手册优化构型的时候都提到一个脚本，首先说明我采用的是网上一位前辈的方法。http://emuch.315955.com/html/201105/3234667.html
按照流程，我进行了一系列操作，但是无法运行脚本。具体如下：
1、操作（请帮忙看下是否有误）：按照上述前辈的方法，我建了一个脚本rvasp.pbs.sh，通过ssh上传（只上传这一个文件），然后qsub rvasp.pbs.sh，结果出错。
2：脚本内容
# !/bin/sh
rm WAVECAR
for i in  1.00 1.01  1.02 0.99 0.98
do
cat >POSCAR <<!
SYSTEM=Si-C4-BZ
$i
  15.648963576330972    5.532744131682456    9.582993941352564
  -0.000000000000001    16.598232395047376    9.582993941352568
0.000000000000000    0.000000000000000    19.165987882705135
H C Si
16 40 2
Direct
0.1692056544865040 0.1692056544865030  -0.0405409025403431
………………
!
echo "a= $i" ;mpirun -np 24  vasp
E=`tail -1 OSZICAR`; echo $i $E >>SUMMARY
cp CONTCAR CONTCAR$i
done                               ！第七十六行
3、错误信息（91、92行啥都没有，不知道什么意思）
rm: cannot remove `WAVECAR': No such file or directory
/var/spool/torque/mom_priv/jobs/5584.cluster.hpc.org.SC: line 91: warning: here-document at line 5 delimited by end-of-file (wanted `!')
/var/spool/torque/mom_priv/jobs/5584.cluster.hpc.org.SC: line 92: syntax error: unexpected end of file
4、疑问：脚本里这一行 E=`tail -1 OSZICAR`  分明没有OSZICAR，不知道贴主前辈为啥写这个。
请各位帮忙看下，感激不尽！

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一切有为法，如梦幻泡影！如露亦如电，应作如是观！

1楼2016-08-27 19:35:06

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引用回帖:

6楼: Originally posted by magicmonk at 2016-08-29 16:57:55
这个脚本建立后，是直接提交呢，还是跟incar等文件放到一起提交？
跟incar等文件放到一起提交。

另外提交的话是qsub xx.sh吗？
如果是pbs的作业提交系统，当然是这个指令...

您好，安装您说的方法，提交出错了。错误提示：
mpiexec_c0106: cannot connect to local mpd (/tmp/mpd2.console
1. no mpd is running on this host
2. an mpd is running but was started without a "console" (-n option)

有一点我很疑惑，感觉mpirun -np 24对于我这边调用不了节点，于是我用我提交作业脚本里面的命令
mpirun -v -genv I_MPI_DEVICE rdma -np $NPROCS /opt/software/vasp.5.3/vasp 还是有点问题。
最后我干脆把我原来提交作业的脚本跟这个脚本嵌套在一起了，作业交上去没问题，正在算，希望能正常吧。
不知道您对我这个问题有没有好的建议呢。