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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » vasp优化构型提交脚本出错
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从心而觅

新虫 (小有名气)

[求助] vasp优化构型提交脚本出错已有2人参与

不论是侯老师还是手册优化构型的时候都提到一个脚本，首先说明我采用的是网上一位前辈的方法。http://emuch.315955.com/html/201105/3234667.html
按照流程，我进行了一系列操作，但是无法运行脚本。具体如下：
1、操作（请帮忙看下是否有误）：按照上述前辈的方法，我建了一个脚本rvasp.pbs.sh，通过ssh上传（只上传这一个文件），然后qsub rvasp.pbs.sh，结果出错。
2：脚本内容
# !/bin/sh
rm WAVECAR
for i in  1.00 1.01  1.02 0.99 0.98
do
cat >POSCAR <<!
SYSTEM=Si-C4-BZ
$i
  15.648963576330972       5.532744131682456       9.582993941352564
  -0.000000000000001      16.598232395047376       9.582993941352568
   0.000000000000000       0.000000000000000      19.165987882705135
H C Si
16 40 2
Direct
   0.1692056544865040   0.1692056544865030  -0.0405409025403431            
………………            
   !
echo "a= $i" ;mpirun -np 24  vasp
E=`tail -1 OSZICAR`; echo $i $E >>SUMMARY  
cp CONTCAR CONTCAR$i  
done                                 ！第七十六行
3、错误信息（91、92行啥都没有，不知道什么意思）
rm: cannot remove `WAVECAR': No such file or directory
/var/spool/torque/mom_priv/jobs/5584.cluster.hpc.org.SC: line 91: warning: here-document at line 5 delimited by end-of-file (wanted `!')
/var/spool/torque/mom_priv/jobs/5584.cluster.hpc.org.SC: line 92: syntax error: unexpected end of file
4、疑问：脚本里这一行 E=`tail -1 OSZICAR`  分明没有OSZICAR，不知道贴主前辈为啥写这个。
请各位帮忙看下，感激不尽！
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一切有为法，如梦幻泡影！如露亦如电，应作如是观！
1楼2016-08-27 19:35:06
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obaica

禁言 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
2楼2016-08-27 20:23:36
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从心而觅

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by obaica at 2016-08-27 20:23:36
ding!

谢
3楼2016-08-28 13:17:57
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magicmonk

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
蛋蛋小童鞋: 金币+2, 谢谢参与，小木虫鼓励积极回答问题者 2016-08-29 16:54:05
从心而觅: 金币+8, ★★★很有帮助, 忘给你金币啦，抱歉。 2016-08-31 07:47:55
键盘左上角，通常是在ESC下面的波浪线那个键，这是正确的反引号
赞一下 回复此楼
我们最深的恐惧不是我们能力不够，我们最深的恐惧是能力超越了极限。
4楼2016-08-29 14:46:41
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从心而觅

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by magicmonk at 2016-08-29 14:46:41
键盘左上角，通常是在ESC下面的波浪线那个键，这是正确的反引号

恩恩，确实是这样打出来的。
想问您一下，这个脚本建立后，是直接提交呢，还是跟incar等文件放到一起提交？另外提交的话是qsub xx.sh吗？
赞一下 回复此楼
一切有为法，如梦幻泡影！如露亦如电，应作如是观！
5楼2016-08-29 15:17:33
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magicmonk

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 从心而觅 at 2016-08-29 15:17:33
恩恩，确实是这样打出来的。
想问您一下，这个脚本建立后，是直接提交呢，还是跟incar等文件放到一起提交？另外提交的话是qsub xx.sh吗？...

这个脚本建立后，是直接提交呢，还是跟incar等文件放到一起提交？
跟incar等文件放到一起提交。

另外提交的话是qsub xx.sh吗？
如果是pbs的作业提交系统，当然是这个指令
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我们最深的恐惧不是我们能力不够，我们最深的恐惧是能力超越了极限。
6楼2016-08-29 16:57:55
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从心而觅

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by magicmonk at 2016-08-29 16:57:55
这个脚本建立后，是直接提交呢，还是跟incar等文件放到一起提交？
跟incar等文件放到一起提交。

另外提交的话是qsub xx.sh吗？
如果是pbs的作业提交系统，当然是这个指令...

您好，安装您说的方法，提交出错了。错误提示：
mpiexec_c0106: cannot connect to local mpd (/tmp/mpd2.console
1. no mpd is running on this host
2. an mpd is running but was started without a "console" (-n option)

有一点我很疑惑，感觉mpirun -np 24对于我这边调用不了节点，于是我用我提交作业脚本里面的命令
mpirun -v -genv I_MPI_DEVICE rdma -np $NPROCS /opt/software/vasp.5.3/vasp 还是有点问题。
最后我干脆把我原来提交作业的脚本跟这个脚本嵌套在一起了，作业交上去没问题，正在算，希望能正常吧。
不知道您对我这个问题有没有好的建议呢。
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一切有为法，如梦幻泡影！如露亦如电，应作如是观！
7楼2016-08-29 19:07:24
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ZC鑫

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
漫天飘雪: 金币+2, 谢谢交流 2016-08-31 21:38:20
#PBS -N Si
#PBS -j oe
#PBS -q batch
#PBS -l nodes=1:ppn=20
#PBS -l walltime=1:00:00

# use openmpi 1.6.5

core_num=$(cat $PBS_NODEFILE|wc -l)

cd $PBS_O_WORKDIR

cat $PBS_NODEFILE

rm WAVECAR
for i in 5.1 5.2 5.3 5.4 5.5 5.6 5.7 5.8
do
cat >POSCAR<<!
Si
$i
0.0 0.5 0.5
0.5 0.0 0.5
0.5 0.5 0.0
Si
2
Direct
0 0 0
0.25 0.25 0.25
!
echo "a=$i"
mpirun -machinefile $PBS_NODEFILE -np ${core_num} --mca btl self,sm,openib --bind-to-core  ~/bin/vasp533_neb180
E=`grep "TOTEN" OUTCAR |tail -1|awk '{printf "%12.6f \n",$5}'`;echo $i $E >>comment
done
cat comment
这是我的感觉你少了vasp位置那一行，去你原来的job.pbs里面找找
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8楼2016-08-30 20:15:21
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ZC鑫

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
从心而觅: 金币+8, ★★★很有帮助 2016-08-31 08:03:52
#!/bin/sh
for alat in $(seq 5.60 0.02 5.80)
do
cat>POSCAR<<eof
Ge-bulk
$alat
0.5 0.5 0.0
0.0 0.5 0.5
0.5 0.0 0.5
Ge
2
Direct
0.0 0.0 0.0
0.25 0.25 0.25
eof
/public/software/vasp/5.3.3/openmpi-intel/vasp533
Etot=$(grep TOTEN OUTCAR | tail -1 | awk '{print $5}')
echo $alat $Etot >> EAA
done
这是另外一个
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9楼2016-08-30 20:16:54
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从心而觅

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by ZC鑫 at 2016-08-30 20:16:54
#!/bin/sh
for alat in $(seq 5.60 0.02 5.80)
do
cat>POSCAR<<eof
Ge-bulk
$alat
0.5 0.5 0.0
0.0 0.5 0.5
0.5 0.0 0.5
Ge
2
Direct
0.0 0.0 0.0
0.25 0.25 0.25
eof
/public/software/ ...

我感觉确实是由于提交任务那一行有问题，因为可以生成POSCAR文件。
你这个/public/software/vasp/5.3.3/openmpi-intel/vasp533没有提交任务的命令也可以？
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一切有为法，如梦幻泡影！如露亦如电，应作如是观！
10楼2016-08-31 08:05:03
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