| 查看: 2246 | 回复: 12 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[求助]
vasp优化构型提交脚本出错已有2人参与
|
|||
|
不论是侯老师还是手册优化构型的时候都提到一个脚本,首先说明我采用的是网上一位前辈的方法。http://emuch.315955.com/html/201105/3234667.html 按照流程,我进行了一系列操作,但是无法运行脚本。具体如下: 1、操作(请帮忙看下是否有误):按照上述前辈的方法,我建了一个脚本rvasp.pbs.sh,通过ssh上传(只上传这一个文件),然后qsub rvasp.pbs.sh,结果出错。 2:脚本内容 # !/bin/sh rm WAVECAR for i in 1.00 1.01 1.02 0.99 0.98 do cat >POSCAR <<! SYSTEM=Si-C4-BZ $i 15.648963576330972 5.532744131682456 9.582993941352564 -0.000000000000001 16.598232395047376 9.582993941352568 0.000000000000000 0.000000000000000 19.165987882705135 H C Si 16 40 2 Direct 0.1692056544865040 0.1692056544865030 -0.0405409025403431 ……………… ! echo "a= $i" ;mpirun -np 24 vasp E=`tail -1 OSZICAR`; echo $i $E >>SUMMARY cp CONTCAR CONTCAR$i done !第七十六行 3、错误信息(91、92行啥都没有,不知道什么意思) rm: cannot remove `WAVECAR': No such file or directory /var/spool/torque/mom_priv/jobs/5584.cluster.hpc.org.SC: line 91: warning: here-document at line 5 delimited by end-of-file (wanted `!') /var/spool/torque/mom_priv/jobs/5584.cluster.hpc.org.SC: line 92: syntax error: unexpected end of file 4、疑问:脚本里这一行 E=`tail -1 OSZICAR` 分明没有OSZICAR,不知道贴主前辈为啥写这个。 请各位帮忙看下,感激不尽! |
» 猜你喜欢
博士读完未来一定会好吗
已经有24人回复
导师想让我从独立一作变成了共一第一
已经有9人回复
到新单位后,换了新的研究方向,没有团队,持续积累2区以上论文,能申请到面上吗
已经有11人回复
读博
已经有4人回复
JMPT 期刊投稿流程
已经有4人回复
心脉受损
已经有5人回复
Springer期刊投稿求助
已经有4人回复
小论文投稿
已经有3人回复
申请2026年博士
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:
【原创】关于结构弛豫设置及收敛判据选择的一点体会
已经有140人回复

|
谢 ![]() |
3楼2016-08-28 13:17:57
magicmonk
至尊木虫 (著名写手)
- 应助: 172 (高中生)
- 金币: 11451.3
- 红花: 24
- 帖子: 1124
- 在线: 3108.8小时
- 虫号: 1191315
- 注册: 2011-01-17
- 专业: 理论和计算化学

4楼2016-08-29 14:46:41

5楼2016-08-29 15:17:33
magicmonk
至尊木虫 (著名写手)
- 应助: 172 (高中生)
- 金币: 11451.3
- 红花: 24
- 帖子: 1124
- 在线: 3108.8小时
- 虫号: 1191315
- 注册: 2011-01-17
- 专业: 理论和计算化学

6楼2016-08-29 16:57:55













回复此楼