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从心而觅

新虫 (小有名气)

应助: 34 (小学生)
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性别: GG
专业: 理论和计算化学

[求助] vasp优化构型提交脚本出错已有2人参与

不论是侯老师还是手册优化构型的时候都提到一个脚本，首先说明我采用的是网上一位前辈的方法。http://emuch.315955.com/html/201105/3234667.html
按照流程，我进行了一系列操作，但是无法运行脚本。具体如下：
1、操作（请帮忙看下是否有误）：按照上述前辈的方法，我建了一个脚本rvasp.pbs.sh，通过ssh上传（只上传这一个文件），然后qsub rvasp.pbs.sh，结果出错。
2：脚本内容
# !/bin/sh
rm WAVECAR
for i in  1.00 1.01  1.02 0.99 0.98
do
cat >POSCAR <<!
SYSTEM=Si-C4-BZ
$i
  15.648963576330972    5.532744131682456    9.582993941352564
  -0.000000000000001    16.598232395047376    9.582993941352568
0.000000000000000    0.000000000000000    19.165987882705135
H C Si
16 40 2
Direct
0.1692056544865040 0.1692056544865030  -0.0405409025403431
………………
!
echo "a= $i" ;mpirun -np 24  vasp
E=`tail -1 OSZICAR`; echo $i $E >>SUMMARY
cp CONTCAR CONTCAR$i
done                               ！第七十六行
3、错误信息（91、92行啥都没有，不知道什么意思）
rm: cannot remove `WAVECAR': No such file or directory
/var/spool/torque/mom_priv/jobs/5584.cluster.hpc.org.SC: line 91: warning: here-document at line 5 delimited by end-of-file (wanted `!')
/var/spool/torque/mom_priv/jobs/5584.cluster.hpc.org.SC: line 92: syntax error: unexpected end of file
4、疑问：脚本里这一行 E=`tail -1 OSZICAR`  分明没有OSZICAR，不知道贴主前辈为啥写这个。
请各位帮忙看下，感激不尽！

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一切有为法，如梦幻泡影！如露亦如电，应作如是观！

1楼2016-08-27 19:35:06

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ZC鑫

金虫 (初入文坛)

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专业: 凝聚态物性 II ：电子结构

【答案】应助回帖

★ ★
漫天飘雪: 金币+2, 谢谢交流 2016-08-31 21:38:20

#PBS -N Si
#PBS -j oe
#PBS -q batch
#PBS -l nodes=1:ppn=20
#PBS -l walltime=1:00:00

# use openmpi 1.6.5

core_num=$(cat $PBS_NODEFILE|wc -l)

cd $PBS_O_WORKDIR

cat $PBS_NODEFILE

rm WAVECAR
for i in 5.1 5.2 5.3 5.4 5.5 5.6 5.7 5.8
do
cat >POSCAR<<!
Si
$i
0.0 0.5 0.5
0.5 0.0 0.5
0.5 0.5 0.0
Si
2
Direct
0 0 0
0.25 0.25 0.25
!
echo "a=$i"
mpirun -machinefile $PBS_NODEFILE -np ${core_num} --mca btl self,sm,openib --bind-to-core ~/bin/vasp533_neb180
E=`grep "TOTEN" OUTCAR |tail -1|awk '{printf "%12.6f \n",$5}'`;echo $i $E >>comment
done
cat comment
这是我的感觉你少了vasp位置那一行，去你原来的job.pbs里面找找