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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【活动or资源】vasp晶体结构优化
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louazhao

禁虫 (初入文坛)
本帖内容被屏蔽
51楼2011-06-14 17:04:06
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chenyuchen

木虫 (正式写手)
★ ★
贺仪(金币+1):谢谢参与
送鲜花一朵
ben_ladeng(金币+1): 很有效 2011-06-25 19:39:41
非常感谢lz分享！
回应一下楼主，关于POSCAR的生成方法的帖子：
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1365294&fpage=1
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52楼2011-06-14 17:42:24
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-06-16 12:43:56
引用回帖:
Originally posted by louazhao at 2011-06-14 17:04:06:
这样做行么，为什么在不在第二步的时候，也就是结构优化的时候选ISIF=2，如果用ISIF=4 就是在离子弛豫过程中要改变晶胞的形状，这样一来貌似就不是只有一个变量了。也就是说除了放缩系数$i要改变之外，还有其他 ...

在改变晶胞体积的时候你不能确保晶胞是不会改变的，如果晶胞变化后的能量比较小为什么不采用呢？我们做的只是体积和能量的曲线，如果你的体积的能量对应的不是这个体积的最小能量意义就不太大了
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53楼2011-06-14 20:30:32
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693137546

木虫 (著名写手)
★
贺仪(金币+1):谢谢参与
在优化的时候：INCAR.relax 这个文件中的ISIF这个参数应该如何设才比较科学？
首先是必须保持体积不变，这样的话，就只能选择1 2 4 5.而再这之中，但这几个好像每个都有道理。

再者如果拟合出来的结果在最低点还好说，如果明显不在最低点，那又如何解释阿？（这种情况是确实存在的，而且那个拟合的脚本并不是每种体系都适合）
所以我个人认为：
再选择ISIC的时候，令ISIC=4，，然后不断的缩小这个i的范围，然后用matlab进行拟合。便可以得到准确的优化后的晶格。
还有就是，有些体系是不能用这种优化的方法进行优化的，需要加U。
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58楼2011-06-27 19:56:49
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azhengren

木虫 (职业作家)
★
贺仪(金币+1):谢谢参与
学习了，谢谢！
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59楼2011-06-27 23:17:46
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tsh8167

木虫 (小有名气)
★
贺仪(金币+1):谢谢参与
请问楼主：
对于优化一个一维体系，比如碳纳米管，优化步骤该是怎样的呢？假设碳纳米管是沿Z轴拓展，优化的时候是固定X、Y基矢，手动扫描Z值，再用二次项拟合得到最低能量值对应的Z值，再选择ISIF=2优化，还是可以直接设ISIF=3进行优化就可以了？
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60楼2011-06-29 11:35:51
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by tsh8167 at 2011-06-29 11:35:51:
请问楼主：
对于优化一个一维体系，比如碳纳米管，优化步骤该是怎样的呢？假设碳纳米管是沿Z轴拓展，优化的时候是固定X、Y基矢，手动扫描Z值，再用二次项拟合得到最低能量值对应的Z值，再选择ISIF=2优化，还是可 ...

对于碳纳米管在x，y方向上应该是有真空层的，Z方向上可以变化，你可以设置为ISIF=3
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62楼2011-07-01 18:22:17
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 693137546 at 2011-06-27 19:56:49:
在优化的时候：INCAR.relax 这个文件中的ISIF这个参数应该如何设才比较科学？
首先是必须保持体积不变，这样的话，就只能选择1 2 4 5.而再这之中，但这几个好像每个都有道理。

再者如果拟合出来的结果在最低点 ...

我里面说了，你可以不断缩小i的间距，但是这样很耗时间。用matlab和origin这个没什么区别，只有几个数据没必要用matlab
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63楼2011-07-01 18:24:06
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wuy069

铁杆木虫 (正式写手)
★
贺仪(金币+1):谢谢参与
先收藏下；非常感谢！
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64楼2011-07-02 09:57:32
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seek269

铁虫 (正式写手)
★
贺仪(金币+1):谢谢参与
结构决定性能  结构优化的方法很多   上面的总结，个人感觉，也不见得绝对的正确    作为参考还是不错的
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65楼2011-07-02 10:13:49
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gougou531

禁虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
66楼2011-07-30 11:58:07
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bird007

荣誉版主 (职业作家)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《VASP》
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67楼2011-08-31 07:31:19
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baoshi263

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
优化我是相当的搞不懂  仔细看看 好好学学
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68楼2011-09-14 15:13:59
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wusongz

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
强烈支持 非常有用
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69楼2011-09-21 14:28:28
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qianbj2006

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
引用回帖:
1楼: Originally posted by 贺仪 at 2011-05-26 14:11:23:
结构优势是我们做计算的的第一步，往往也是最重要的一步，一个不合理的结够优化可能导致错误的结果。在论坛里面也有很多虫子们问关于结构优化的问题，貌似大家对结构优化不是很有把握。我在这里开贴只是抛砖引玉， ...

楼主您好，我按照您的方法在优化中，初学，有两个问题想请教您：
1. 整个优化过程是改变晶格常数，算能量最低点吗？整个优化完之后，我要进行后续计算，比如能带，态密度，优化后的哪些参数是要后续用到的（晶格常数？在什么文件中？）
2.最后有这样一句话：“这一步运行结构优化就可以！但是一定要查看OUTCAR中关于原子受力的信息，如果有个别受力太大的话还是不行的，要继续优化，使用最后一步就行了。”继续优化的话是不是istart和icharg要改变？
问题有点多，希望您不吝赐教啊。
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70楼2011-12-23 22:11:18
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liliangfang

荣誉版主 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by youzhizhe at 2011-05-26 14:42:26:
建立POSCAR时可以借助VESTA打开CIF文件，直接保存为vasp文件，改名为POSCAR即可。更加简单实用。

个人觉得相比其他方法此法最简单
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71楼2011-12-23 22:24:20
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liliangfang

荣誉版主 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1楼: Originally posted by 贺仪 at 2011-05-26 14:11:23:
结构优势是我们做计算的的第一步，往往也是最重要的一步，一个不合理的结够优化可能导致错误的结果。在论坛里面也有很多虫子们问关于结构优化的问题，貌似大家对结构优化不是很有把握。我在这里开贴只是抛砖引玉， ...

很好，收藏啦，自己也懒得整理
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72楼2011-12-23 22:29:29
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by qianbj2006 at 2011-12-23 22:11:18:
楼主您好，我按照您的方法在优化中，初学，有两个问题想请教您：
1. 整个优化过程是改变晶格常数，算能量最低点吗？整个优化完之后，我要进行后续计算，比如能带，态密度，优化后的哪些参数是要后续用到的（晶格 ...

第一个问题：每一组晶格常数对应一个能量，算完了之后，进行拟合找到最接近的一组晶格常数，然后拿对应的CONTCAR进行优化，得到的CONTCAR就是你需要的结构文件，晶格常数也在里面

第二个，istart用什么滚系不大，但是icharge是自己算的，一般用2吧
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73楼2011-12-24 10:14:33
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qianbj2006

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
73楼: Originally posted by 贺仪 at 2011-12-24 10:14:33:
第一个问题：每一组晶格常数对应一个能量，算完了之后，进行拟合找到最接近的一组晶格常数，然后拿对应的CONTCAR进行优化，得到的CONTCAR就是你需要的结构文件，晶格常数也在里面

第二个，istart用什么滚系不 ...

嗯，明白了，谢谢^_^
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74楼2011-12-24 18:09:46
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llg1987

金虫 (知名作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by youzhizhe at 2011-05-26 14:42:26:
建立POSCAR时可以借助VESTA打开CIF文件，直接保存为vasp文件，改名为POSCAR即可。更加简单实用。

谢谢了，这个我以前还不知道呢
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75楼2011-12-25 11:13:37
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独唱团

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
学习了。。。。。
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76楼2012-01-29 17:23:54
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enola

捐助贵宾 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1楼: Originally posted by 贺仪 at 2011-05-26 14:11:23:
结构优势是我们做计算的的第一步，往往也是最重要的一步，一个不合理的结够优化可能导致错误的结果。在论坛里面也有很多虫子们问关于结构优化的问题，貌似大家对结构优化不是很有把握。我在这里开贴只是抛砖引玉， ...

我有个疑问，版主。。。
就是本帖提到的结构优化的是0k的，加入要考虑到某个温度下的结构的呢？
当然我是用MD的，不知道有没有专家有这方面的经验啊。。。谢谢
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77楼2012-01-30 14:48:59
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
77楼: Originally posted by enola at 2012-01-30 14:48:59:
我有个疑问，版主。。。
就是本帖提到的结构优化的是0k的，加入要考虑到某个温度下的结构的呢？
当然我是用MD的，不知道有没有专家有这方面的经验啊。。。谢谢

不是0k下，有震动，结构是变化的，话句话说，非0k下，结构不是确定的
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78楼2012-01-31 12:37:31
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sjzxbe

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1楼: Originally posted by 贺仪 at 2011-05-26 14:11:23:
结构优势是我们做计算的的第一步，往往也是最重要的一步，一个不合理的结够优化可能导致错误的结果。在论坛里面也有很多虫子们问关于结构优化的问题，貌似大家对结构优化不是很有把握。我在这里开贴只是抛砖引玉， ...

您好，有问题请教：
(1)在第五步的INCAR中 EDIFF = 0.1E-05  EDIFFG= 0.001
EDIFFG设置值还不如其缺省值(1.0E-5)小，是不是EDIFFG= -0.001 ??
(2)第五步计算完后,“但是一定要查看OUTCAR中关于原子受力的信息，如果有个别受力太大的话还是不行的，要继续优化，使用最后一步就行了。”
请问：(i)原子受力信息多大适合? (ii) 若继续优化，做哪些处理?
感谢
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79楼2012-02-16 15:27:13
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
79楼: Originally posted by sjzxbe at 2012-02-16 15:27:13:
您好，有问题请教：
(1)在第五步的INCAR中 EDIFF = 0.1E-05  EDIFFG= 0.001
EDIFFG设置值还不如其缺省值(1.0E-5)小，是不是EDIFFG= -0.001 ??
(2)第五步计算完后,“但是一定要查看OUTCAR中关于原子受力的信息 ...

(1)在第五步的INCAR中 EDIFF = 0.1E-05  EDIFFG= 0.001
EDIFFG设置值还不如其缺省值(1.0E-5)小，是不是EDIFFG= -0.001 ??

是的，是EDIFFG= -0.001，多谢提醒！

另外力的大小，具体看体系吧，对于掺杂的体系0.001-0.005是比较好的
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80楼2012-02-16 15:39:51
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shelay

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
80楼: Originally posted by 贺仪 at 2012-02-16 15:39:51:
(1)在第五步的INCAR中 EDIFF = 0.1E-05  EDIFFG= 0.001
EDIFFG设置值还不如其缺省值(1.0E-5)小，是不是EDIFFG= -0.001 ??

是的，是EDIFFG= -0.001，多谢提醒！

另外力的大小，具体看体系吧，对于掺杂的体 ...

请问对于掺杂体系怎么优化呢，如果先做E-V曲线的话，可能要优化三个方向和角度，是不是太复杂了，直接用第五步优化更快吧，但是准确度究竟怎么样啊？
或者有没有更好的优化方法啊？
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82楼2012-02-17 18:10:22
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
82楼: Originally posted by shelay at 2012-02-17 18:10:22:
请问对于掺杂体系怎么优化呢，如果先做E-V曲线的话，可能要优化三个方向和角度，是不是太复杂了，直接用第五步优化更快吧，但是准确度究竟怎么样啊？
或者有没有更好的优化方法啊？

没必要考虑三个方向和角度，这些都包含在体积里面了，使用的isif=4，就是保持体积不变优化，这里面的角度和三个轴都是变化的。优化步骤还是一样的
直接用第五步也可以，但是这样就怕很难收敛。准确度的话和你设置一致的
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83楼2012-02-18 10:16:26
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sjzxbe

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
版主您好：(1)按您所述方法计算某一体系，第四步后，由确认的CONTCAR生成新的POSCAR, 准备好POTCAR,KPOINTS文件，INCAR采用第五步所给，如下：
PREC =  Accurate
  ISTART = 0;  ICHARG =2
  EDIFF = 0.1E-05; EDIFFG= -0.001
  NSW = 200;  IBRION = 2
  ISIF = 3
  进行计算，得到的能量 energy  without entropy  E1= -36.643031ev,
(2) 将(1)优化所得CONTCAR再转化为POSCAR，其他
    POTCAR,KPOINTS,INCAR相同，计算后得到的能量
    energy  without entropy  E2= -36.398941ev
(3)问题：ISIF=3时，(1)步计算驰豫得到的构型应可认为是稳定构型，将其
   再进行优化,即(2)，得到的能量E1>E2，能量却未重现？
   不知如何解释？如何处理呢？ 非常感谢
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84楼2012-02-20 17:59:02
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
84楼: Originally posted by sjzxbe at 2012-02-20 17:59:02:
版主您好：(1)按您所述方法计算某一体系，第四步后，由确认的CONTCAR生成新的POSCAR, 准备好POTCAR,KPOINTS文件，INCAR采用第五步所给，如下：
PREC =  Accurate
  ISTART = 0;  ICHARG =2
  EDIFF = 0.1E- ...

计算设置不一样，得到的能量不一样很正常的，没有可比性
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85楼2012-02-20 20:09:28
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sjzxbe

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
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版主您好，谢谢回复。
  还是不明白？  对同一体系，在INCAR,POTCAR,KPOINTS不变的情况下，只是将前次优化好的CONTCAR转化为新的POSCAR，而INCAR中的参数不变，与前相同，再重新计算一次，它的能量、构型应与上一次相同，应是当前参数设置下的稳定构型，但从84楼所列数据的确不一样?
   如用Gaussian优化某一体系，在某一方法下找到稳定构型后，对优化后构型用相同方法你优化多少次，其能量和构型都是一样的？而VASP确不一样，请指导？
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86楼2012-02-21 07:57:32
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
86楼: Originally posted by sjzxbe at 2012-02-21 07:57:32:
版主您好，谢谢回复。
  还是不明白？  对同一体系，在INCAR,POTCAR,KPOINTS不变的情况下，只是将前次优化好的CONTCAR转化为新的POSCAR，而INCAR中的参数不变，与前相同，再重新计算一次，它的能量、构型应与上一 ...

一般情况下可以保持不变的，上面那楼的incar变了，就算incar没有变，而POSCAR变了也会有细小的差别
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87楼2012-02-21 08:29:44
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sjzxbe

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
版主你好，在论坛中有关此问题较多，请您最好再给解释的详细一些??我将相关数据列到了 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=4138431中，非常感谢
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89楼2012-02-21 11:23:29
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sjzxbe

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
贺版主您好，还是在这回吧。
(a) 我是按您交流帖(1)-(5)步的方法做的处理，由(4)步拟合得到CONTCAR转化为POSCAR,再ISIF=3进行的进一步计算得到的。
    a        b        c       alpha    beta     gamma
  5.11196  5.11196  5.61713  90.0000  90.0000 120.0000
  Unit-cell volume = 127.121675
  其中晶格参数是用VESTA3.0直接打开的CONTCAR得到的。
(b)所说的  ”对于vasp优化POSCAR发生变化INCAR里面一些默认的参数会随着改变，你可以看看outcar中的参数中有没有变化的”
  在两个OUTCAR中所显示的INCAR默认参数的区别：
  (1) NGX =    28 NGY =   28 NGZ =   32        
     NGXF=    56 NGYF=   56 NGZF=   64
  (2) NGX =    28 NGY =   28 NGZ =   30
       NGXF=    56 NGYF=   56 NGZF=   60
其它只是格矢不同引起的坐标的不同。
我在INCAR中加入
NGX =    28 NGY =   28 NGZ =   32
NGXF=    56 NGYF=   56 NGZF=   64
结果与原来是还是不同，相差较多。

[ Last edited by sjzxbe on 2012-2-22 at 09:48 ]
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90楼2012-02-22 09:47:27
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
90楼: Originally posted by sjzxbe at 2012-02-22 09:47:27:
贺版主您好，还是在这回吧。
(a) 我是按您交流帖(1)-(5)步的方法做的处理，由(4)步拟合得到CONTCAR转化为POSCAR,再ISIF=3进行的进一步计算得到的。
    a        b        c       alpha    beta     gamma
   ...

相差有多大？如果在同样的计算环境中相差会比较小的，另外你加大精度分别算一下静态计算的能量，比较试试。
优化过程中计算的能量不准确，另外关于总能计算在对ismear和sigma的选取有关，不同体系使用不同的数值才会得到更加精确的能量，在manul中有说明，你看看吧
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91楼2012-02-22 11:17:53
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techfan

铁虫 (小有名气)
顶 很详细呀
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92楼2012-03-01 14:51:35
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sjzxbe

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
贺仪(金币+2): 谢谢参与讨论 2012-03-01 17:29:41
引用回帖:
91楼: Originally posted by 贺仪 at 2012-02-22 11:17:53:
相差有多大？如果在同样的计算环境中相差会比较小的，另外你加大精度分别算一下静态计算的能量，比较试试。
优化过程中计算的能量不准确，另外关于总能计算在对ismear和sigma的选取有关，不同体系使用不同的数值 ...

感谢版主，问题已解决。体会：对某一体系优化，注意手工设置合适的ENCUT值，最好不用缺省值。
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93楼2012-03-01 16:59:54
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qphll

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1113206楼: Originally posted by louazhao at 2011-06-14 17:02:46:
这样做行么，为什么在不在第二步的时候，也就是结构优化的时候选ISIF=2，如果用ISIF=4 就是在离子弛豫过程中要改变晶胞的形状，这样一来貌似就不是只有一个变量了。也就是说除了放缩系数$i要改变之外，还有其他的 ...

很好的总结, 对于结构优化具有普遍的指导意义.

我也同意louazhao的看法, 如果初始结构是从文献或者实验中来, 那么不防在第二步计算的时候设置ISIF=2, 这样, 用脚本优化晶格参数的时候, 保持了晶格的形状, 而只是将a, b, c 同比例放大或者缩小.

最后一步计算的时候, ISIF=3, 但是事实上, 我们希望这一步是进一步的微调, 希望源胞的形状和体积只是有非常小的变化.
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94楼2012-04-10 04:05:45
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WDD880227

木虫 (正式写手)
顶~~
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95楼2012-04-10 08:39:56
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techfan

铁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
想问一下，为什么“
for i in  1.01 1.01  1.02 0.99 0.98 （设置的体积比例,体积比例是 i 的3次方）
do
cat >POSCAR < 这里 有2个1.01,如果设置
for in in 1.01 1.02 1.03 1.04 0.99 0.98 .097 0.96
可以么？
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98楼2012-05-11 15:54:37
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2400156楼: Originally posted by techfan at 2012-05-11 15:54:37:
想问一下，为什么“
for i in  1.01 1.01  1.02 0.99 0.98 （设置的体积比例,体积比例是 i 的3次方）
do
cat >POSCAR <<!”
这里 有2个1.01,如果设置
for in in 1.01 1.02 1.03 1.04 0.99 0.98 .09 ...

那两个是写错了，
这里 有2个1.01,如果设置
for in in 1.01 1.02 1.03 1.04 0.99 0.98 .097 0.96
可以么？你的两个‘in’  前面一个该为i吧 保险
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99楼2012-05-11 18:35:29
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techfan

铁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
哦 2个 in  是笔误
应该是for i in 1.01 1.02 1.03 1.04.............
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100楼2012-05-11 21:29:15
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简单回复
浮云。。。54楼
2011-06-19 08:30   回复  
贺仪(金币+1):谢谢参与
clarktao55楼
2011-06-20 09:44   回复  
贺仪(金币+1):谢谢参与
clarktao56楼
2011-06-20 17:17   回复  
liujuan870457楼
2011-06-22 16:49   回复  
贺仪(金币+1):谢谢参与
huagai61楼
2011-07-01 17:01   回复  
贺仪(金币+1):谢谢参与
huangll9981楼
2012-02-16 18:50   回复  
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
顶。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
sg1840892688楼
2012-02-21 09:09   回复  
贺仪(金币+2): 88楼是个好数字，呵呵 2012-02-21 10:48:22
songbone96楼
2012-04-13 13:32   回复  
送鲜花一朵
人生果97楼
2012-05-05 19:52   回复  
送鲜花一朵
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