| 查看: 27141 | 回复: 142 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
【活动or资源】vasp晶体结构优化
|
|||
结构优势是我们做计算的的第一步，往往也是最重要的一步，一个不合理的结够优化可能导致错误的结果。在论坛里面也有很多虫子们问关于结构优化的问题，貌似大家对结构优化不是很有把握。我在这里开贴只是抛砖引玉，希望大家积极交流。下面是我的结构优化的一些经验，希望对大家有点用 第一步: 可以用VESTA打开cif文件直接保存为vasp格式就可以，三楼youzhizhe 另一种方法： 建模一般都是MS建好之后 修改*.cell文件得到POSCAR具体的方法参考站内的信息（没找到最开始的网页，谁找到了贴上来） 这是*.cell文件的内容 %BLOCK LATTICE_CART 7.365858463230930 0.816888331419153 1.518567634398170 0.000000000000000 7.749147189276010 0.114969347281651 0.000000000000000 0.000000000000000 16.835000015679299 %ENDBLOCK LATTICE_CART %BLOCK POSITIONS_FRAC H 0.1045034131293120 0.0506482790444403 0.1503325580937660 H -0.2037023292911190 0.2015583952382200 0.1604502537744340 H -0.4269999607791240 0.3837162987940400 0.0980194481736503 H -0.3453870956286900 0.4791801646100701 -0.0460018173909388 H 0.2784615598004869 0.2515795170279700 -0.1346530187895070 H 0.2619963944132780 -0.5890935655390530 0.3725661174512691 H 0.2595685601772050 -0.5519954246490220 0.1897443712411160 H 0.0767881789054980 -0.6048204220967270 0.2666625899874510 H 0.2771409424864049 -0.7522385903899170 0.2411634679797081 H 0.5634931211089379 -0.7084903644666670 0.2828144510356441 H 0.5814851393159790 -0.5287740945641601 0.3433449582781520 H 0.5793331415735910 -0.5003094920852541 0.2386888180011851 H 0.4946819829083929 -0.2212541120652400 0.3755202742234630 …………………… %ENDBLOCK POSITIONS_FRAC %BLOCK KPOINTS_LIST 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.2500000000000000 1.000000000000000 %ENDBLOCK KPOINTS_LIST %BLOCK CELL_CONSTRAINTS 1 2 3 ……………………………… 把第一行 %BLOCK LATTICE_CART 改成SYSTEM=GRPHENE（你体系的名称 可以随便写） 然后后面填一行1 再把 %ENDBLOCK LATTICE_CART %BLOCK POSITIONS_FRAC 改为 H C N Si (原子的类型) 52 42 2 2 （原子的数目） Direct （坐标表示的方式，对于这种方法，只能用D） 然后把后面的原子符号H C 等去掉 H -0.0000000000000000 -0.0000000000000001 0.7500000000000000 C 0.1666666666666668 0.0833333333333332 0.7500000000000000 把 %ENDBLOCK POSITIONS_FRAC以后的全部删掉就行了 保存为POSCAR 就可以了 此时要注意保存的格式使用unix格式，ultredit可以选择保存格式，如果用记事本编辑的话,所有的行前不能有空格（从*.cell里面复制过来的空格，自己加的没关系）否则提示找不到原子，论坛里面有很多这样的问题。 第二步： 开始结构优化了，我们一般使用脚本来实现，这里使用的是侯老师所说的方法，体积与能量的曲线然后拟合去能量最小的体积进行进一步优化。先讲能量与体积的曲线怎么得来的。 INCAR最主要是设置 PREC = M # medium, high low ISTART = 0 # job : 0-new 1-cont 2-samecut ICHARG =2 # charge: 1-file 2-atom 10-const EDIFF = 0.1E-04 # stopping-criterion for ELM(对于大的体系是设置0.1E-03) NSW = 1000 # number of steps for IOM IBRION = 2 # ionic relax: 0-MD 1-quasi-New 2-CG ISIF = 4 # stress and relaxation 对于大的体系可以设置 IALGO=48 ALGO= Very Fast 如果速度还不行可以设置POTIM= 0.1 KPOINTS A 0 M 4 4 4(体积大的可以弄小一点，这个没试过，但是感觉一个点可能有点问题) 下面开始POSCAR 侯老师也说过这个方法，在手册里面这也是有的 其实就是通过取不同大小的晶胞分别优化，取能量做图。很多虫子们总是在问怎么建立，还有说对于，有三个轴的怎么取晶格常数，在这里如果你采用我这里的方法就不用了（但是在INCAR里面必须设置ISIF=4），为什么呢？我们通过刚才建立POSCAR 里面晶格常数1来实现，改变晶胞的大小就可以了。 有脚本，POSCAR 就不需要了，但是刚才编辑的POSCAR 还是有用的（其实这就是产生POSCAR 的脚本），这个脚本是vasp的说明书里面的 写脚本rvasp 内容如下： for i in 1.00 1.01 1.02 0.99 0.98 do cat >POSCAR < $i 7.365858463230930 0.816888331419153 1.518567634398170 0.000000000000000 7.749147189276010 0.114969347281651 0.000000000000000 0.000000000000000 16.835000015679299 H C N Si 52 42 2 2 Direct 0.1045034131293120 0.0506482790444403 0.1503325580937660 -0.2037023292911190 0.2015583952382200 0.1604502537744340 -0.4269999607791240 0.3837162987940400 0.0980194481736503 -0.3453870956286900 0.4791801646100701 -0.0460018173909388 0.2784615598004869 0.2515795170279700 -0.1346530187895070 0.2619963944132780 -0.5890935655390530 0.3725661174512691 0.2595685601772050 -0.5519954246490220 0.1897443712411160 0.0767881789054980 -0.6048204220967270 0.2666625899874510 0.2771409424864049 -0.7522385903899170 0.2411634679797081 0.5634931211089379 -0.7084903644666670 0.2828144510356441 0.5814851393159790 -0.5287740945641601 0.3433449582781520 0.5793331415735910 -0.5003094920852541 0.2386888180011851 0.4946819829083929 -0.2212541120652400 0.3755202742234630 …………………… ! echo "a= $i" ;mpirun -np 24 vasp E=`tail -1 OSZICAR`; echo $i $E >>SUMMARY cp CONTCAR CONTCAR$i done 最前面 for i in 1.01 1.01 1.02 0.99 0.98 （设置的体积比例,体积比例是 i 的3次方） do cat >POSCAR < 这里面 SYSTEM=TN-PEN $i 7.365858463230930 0.816888331419153 1.518567634398170 0.000000000000000 7.749147189276010 0.114969347281651 0.000000000000000 0.000000000000000 16.835000015679299 H C N Si 52 42 2 2 Direct 0.1045034131293120 0.0506482790444403 0.1503325580937660 -0.2037023292911190 0.2015583952382200 0.1604502537744340 -0.4269999607791240 0.3837162987940400 0.0980194481736503 -0.3453870956286900 0.4791801646100701 -0.0460018173909388 0.2784615598004869 0.2515795170279700 -0.1346530187895070 0.2619963944132780 -0.5890935655390530 0.3725661174512691 0.2595685601772050 -0.5519954246490220 0.1897443712411160 0.0767881789054980 -0.6048204220967270 0.2666625899874510 0.2771409424864049 -0.7522385903899170 0.2411634679797081 0.5634931211089379 -0.7084903644666670 0.2828144510356441 0.5814851393159790 -0.5287740945641601 0.3433449582781520 0.5793331415735910 -0.5003094920852541 0.2386888180011851 0.4946819829083929 -0.2212541120652400 0.3755202742234630 …………………… 这些都是刚才制作的POSCAR ，只有那个第二行$i 改了一下 后面这些 ! echo "a= $i" ;mpirun -np 24 vasp （24 是核数） E=`tail -1 OSZICAR`; echo $i $E >>SUMMARY （注意那个`是tab键上的那个，非单引号） cp CONTCAR CONTCAR$i (这一步是我加的，把优化好的复制出来，为了下一步优化节省时间) done 脚本rvasp写好以后，最好dos2unix一下 再改变一下权限chmod +x rvasp ，最后运行./rvasp 即可 第三步： 运行脚本以后在SUNMMRY可以找到体积比例与对应的能量，我们未必一定把体积算出来，用体积比例可以得到拟合曲线，具体做法，把数据放入origin，然后选中数据在analysis里面，选择fiting，一般设置二次项拟合，找到能量最小值 第四步： 把能量最小值对应的体积比例找出来，把得到的类似CONTCAR1.01（后面那个数据是体积比例，选择一个离你拟合相差最小的一个）放到POSCAR中（cp CONTCAR1.01 POSCAR），（如果你最开始选择的体积比例间隔比较大的大，想得到更加精确的体积比例，就把CONTCAR1.01的内容复制到rvasp脚本，替换掉中间部分，然后再在for i in 后面设置你的体积比例，一般两次都能找到比较好的体积比例） 第五步： 设置INCAR如下 PREC = M # medium, high low ISTART = 0 # job : 0-new 1-cont 2-samecut ICHARG =2 # charge: 1-file 2-atom 10-const EDIFF = 0.1E-05 # stopping-criterion for ELM(对于大的体系是设置0.1E-03) EDIFFG= -0.001 NSW = 1000 # number of steps for IOM IBRION = 2 # ionic relax: 0-MD 1-quasi-New 2-CG ISIF = 3 # stress and relaxation （这里变为3，是因为我们拟合的未必是最合适的，通过这个参数可以适当调节到更好） 后面的可以不要了，如果算不动加上也无妨，但是最后一次优化精确点好。里面的收敛标准看你自己定，上面的可以满足大部分的要求，但是如果对构型要求不严格的话可以适当调低点收敛标准（EDIFF = 0.1E-04 EDIFFG= 0.01），具体的收敛标准可以查看http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2512497 KPOINTS 可以加大数量，但是也没什么太大的必要 A 0 M 4 4 4 POSCAR 就是第四步得到的 输入vasp计算 这一步运行结构优化就可以！但是一定要查看OUTCAR中关于原子受力的信息，如果有个别受力太大的话还是不行的，要继续优化，使用最后一步就行了。 如果有什么意见或者错误，欢迎大家指正！也希望大家能够积极参与讨论！ [ Last edited by 贺仪 on 2012-5-11 at 22:03 ] |
回复此楼» 本帖已获得的红花（最新10朵）
chenyuchen» 本帖@通知
@bingmou @ellsaking @franch @goldenfisher @gzqdyouxia @ice_rain @identation @mazuju028 @minmin_0082003 ... 查看更多
» 猜你喜欢
化学070300 求调剂
已经有22人回复
-
279学硕食品专业求调剂院校
已经有27人回复
-
一志愿沪9，326求生物学调剂
已经有10人回复
-
药学求调剂
已经有7人回复
-
296求调剂
已经有9人回复
-
材料299专硕求调剂
已经有14人回复
-
085801电气专硕272求调剂
已经有15人回复
-
求调剂
已经有22人回复
-
一志愿鲁东大学071000生物学学硕初试分数276求调剂
已经有27人回复
-
本科211，报考085601-310分
已经有16人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
陕科大环境学院招收0857和0830调剂考生【可跨门类，最后2两小时】
+1/200
-
&#127752;东莞理工-张盼老师课题组 ——2026年硕士研究生招募公告
+1/91
-
广西师范大学化学工程与技术专业2026年硕士研究生招生开通第二次调剂，系统12:00关闭
+1/89
-
江西师大化学工程学院调剂今晚0点开放！ 缺额100个，速冲！
+1/87
-
太原科技大学硕士
+1/85
-
锦州医科大学招收105500药学专硕调剂
+2/44
-
考研 调剂 大连大学 六盘水师范学院
+1/42
-
西安交通大学陕西省科技创新团队常年招聘保送生和考研生，每年2-4个名额
+1/40
-
接收调剂：组内氛围轻松活跃，欢迎加入
+1/38
-
欢迎调剂到江西水利电力大学理学院能源动力（储能技术）硕士研究生
+1/32
-
中科院大连化物所/香港城市大学招聘联合培养优秀博士后人才
+2/20
-
复试调剂-招收调剂生（一志愿07开头专业），海洋生物专业4个名额
+1/9
-
齐齐哈尔大学李莉课题组诚招2026级考研调剂生（学硕和专硕）
+1/6
-
深圳理工大学研究助理教授招聘-先进拉曼技术课题组
+1/6
-
中国农业大学资源与环境学院 - 招聘杰出人才、青年研究员、优秀人才和博士后
+1/5
-
哈工程（青岛）招收电磁、微波、光学、电子信息等背景博士生（截止日期4月20日）
+1/4
-
北京农学院植物保护招收1名学硕
+1/3
-
西安工程大学环境与化学工程学院学硕调剂
+1/2
-
招收0703开头的学硕调剂生 线上复试
+1/2
-
找好工作来我这-广东唯一石化院校——资源与环境专硕招生
+1/2
101楼2012-08-24 16:41:58
2楼2011-05-26 14:35:18
3楼2011-05-26 14:42:26
4楼2011-05-26 14:47:51
