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AutoDock参数设置问题
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求教各位高手： 我觉得AutoDock的参数设置很复杂，有没有人有关于参数意义以及参数设置的相关资料啊？我想知道设置不同的参数对接会产生怎样的影响。 还有，有关分子对接结合基础理论知识的资料，比如能量、活性口袋之类的，我找了好久，不知道找那些方面的，所有基本没有找到什么，有没有高手提示一下啊，或者发个网址。 拜谢！ |
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 分子对接问题锦集 | 分子模拟 |
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zhang360
新虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1012.3
- 红花: 3
- 帖子: 687
- 在线: 82.6小时
- 虫号: 2968599
- 注册: 2014-02-14
- 专业: 中药药效物质
7楼2016-07-09 20:38:59
【答案】应助回帖
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lily_llf(金币+2): 2011-05-26 11:02:23
ben_ladeng(金币+2): 版主辛苦 2011-05-26 12:45:15
lily_llf(金币+2): 2011-05-26 11:02:23
ben_ladeng(金币+2): 版主辛苦 2011-05-26 12:45:15
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参数设置和你的体系有关，蛋白不一样，参数设置未必相同，一般来说，拿默认的参数设置运行，把运行数改成100，如果对接的效果不好，把有个参数改成25000000（好久没用，你看看具体是哪个，就是有三个值可以选的~） 相关的文献，你可以搜搜相关的论文，blind docking 和active site detection神马的~其实就我们侧重于应用对接的初学者来说，我的理解是软件通过一定的算法，计算特定残基之间的空间大小，如果这个空间越大，它就有可能是一个口袋，至于是不是活性口袋，可能依赖于你的结构是否合理，以及算法是否准确。 |
2楼2011-05-26 11:00:39
3楼2011-05-26 11:09:26
4楼2011-05-26 11:26:54