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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » AutoDock参数设置问题
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lily_llf

新虫 (小有名气)

[求助] AutoDock参数设置问题

求教各位高手：
    我觉得AutoDock的参数设置很复杂，有没有人有关于参数意义以及参数设置的相关资料啊？我想知道设置不同的参数对接会产生怎样的影响。
    还有，有关分子对接结合基础理论知识的资料，比如能量、活性口袋之类的，我找了好久，不知道找那些方面的，所有基本没有找到什么，有没有高手提示一下啊，或者发个网址。
   
   拜谢！
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1楼 2011-05-26 10:18:20
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lily_llf

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-05-26 11:00:39:
参数设置和你的体系有关，蛋白不一样，参数设置未必相同，一般来说，拿默认的参数设置运行，把运行数改成100，如果对接的效果不好，把有个参数改成25000000（好久没用，你看看具体是哪个，就是有三个值可以选的~） ...

谢谢回应！

还想问个问题啊，你们在QQ群中所说的达到“-10的亲和能力都在nmol级别的”像这样的东西我看不懂，要知道一些什么样的基础知识才能明白这些东西啊，你是通过论文还是书籍了解的这些基础理论啊？能不能推荐一下？

谢谢啊！不知道我问的清不清楚，对这些基础不了解，有点乱撞的感觉，还请多多指点！
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3楼2011-05-26 11:09:26
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
lily_llf(金币+2): 2011-05-26 11:02:23
ben_ladeng(金币+2): 版主辛苦 2011-05-26 12:45:15
参数设置和你的体系有关，蛋白不一样，参数设置未必相同，一般来说，拿默认的参数设置运行，把运行数改成100，如果对接的效果不好，把有个参数改成25000000（好久没用，你看看具体是哪个，就是有三个值可以选的~）
相关的文献，你可以搜搜相关的论文，blind docking 和active site detection神马的~其实就我们侧重于应用对接的初学者来说，我的理解是软件通过一定的算法，计算特定残基之间的空间大小，如果这个空间越大，它就有可能是一个口袋，至于是不是活性口袋，可能依赖于你的结构是否合理，以及算法是否准确。
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2楼2011-05-26 11:00:39
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-05-26 22:50:16
引用回帖:
Originally posted by lily_llf at 2011-05-26 11:09:26:
谢谢回应！

还想问个问题啊，你们在QQ群中所说的达到“-10的亲和能力都在nmol级别的”像这样的东西我看不懂，要知道一些什么样的基础知识才能明白这些东西啊，你是通过论文还是书籍了解的这些基础理论啊？能 ...

看书，看文献，找几本讲分子模拟的书~~去群里问问大家把。哈哈
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4楼2011-05-26 11:26:54
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lily_llf

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-05-26 11:26:54:
看书，看文献，找几本讲分子模拟的书~~去群里问问大家把。哈哈

好的，谢谢啊！
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5楼2011-05-26 12:32:28
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