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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 用AutoDock作分子对接前的小分子能量最小化问题
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lily_llf

新虫 (小有名气)

[求助] 用AutoDock作分子对接前的小分子能量最小化问题

求教各位高手，在用AutoDock做分子对接前，对小分子进行能量最小化用什么软件比较合适？PRODRG2.5 Server行不行，听说它是专门针对Gromacs的，用于AutoDock怎么样呢？

    感激！
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1楼2011-05-23 15:39:49
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lily_llf

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-05-23 17:17:54:
能量最小化最大的区别是方法，而不是软件或服务器，最常用的就是最陡下降法和共轭梯度法，你只要注意你用的软件是啥最小化方法即可。

明白了，谢谢啊！
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3楼2011-05-23 20:38:27
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
lily_llf(金币+2): 2011-05-23 20:37:22
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-05-24 20:16:41
引用回帖:
Originally posted by lily_llf at 2011-05-23 15:39:49:
求教各位高手，在用AutoDock做分子对接前，对小分子进行能量最小化用什么软件比较合适？PRODRG2.5 Server行不行，听说它是专门针对Gromacs的，用于AutoDock怎么样呢？

    感激！

能量最小化最大的区别是方法，而不是软件或服务器，最常用的就是最陡下降法和共轭梯度法，你只要注意你用的软件是啥最小化方法即可。
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2楼2011-05-23 17:17:54
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lily_llf

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-05-23 17:17:54:
能量最小化最大的区别是方法，而不是软件或服务器，最常用的就是最陡下降法和共轭梯度法，你只要注意你用的软件是啥最小化方法即可。

再问一个问题啊，PRODRG2.5 Server和Chem3D用的是哪一种方法啊？
谢谢！
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4楼2011-05-24 09:20:37
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-05-24 20:16:50
引用回帖:
Originally posted by lily_llf at 2011-05-24 09:20:37:
再问一个问题啊，PRODRG2.5 Server和Chem3D用的是哪一种方法啊？
谢谢！

其实这个在网上都能找得到的，还是鼓励你自己去寻找答案，PRODRG用的是steepest descent，最陡下降法，chem3D分你优化用的模块，正常的是MM,还有MOPAC，gamess等模块，用的都是不一样的方法
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5楼2011-05-24 09:39:37
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