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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】用chemoffice画出小分子之后的优化问题
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michaelpao

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】用chemoffice画出小分子之后的优化问题 已有7人参与

小弟用chemoffice画出PCB小分子之后，应该如何进行能量最小化啊？mm2的能量最小化貌似用在小分子上不太行。用高斯速度又有点慢。有没有高手指点一下，因为要处理的小分子有点多。

先谢谢啦~
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1楼 2010-12-08 19:58:44
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qphll

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-12-10 10:54:42
不是很明白你的问题

首先, 你是有很多小分子需要优化, 还是说你的体系有很多小分子?

其实, Chemoffice的好处是画结构式, 你可以在chemoffice里面调用Gaussian来做一些优化, 或者导出结构在其他的程序里面做优化.

再次, 这里的优化, 只是等同于 energy minimization,不管你之后是要跑DFT,还是Classical MD, 你都需要在你的后续程序里面再做一下minimization, 然后再算其他的. 所以, 精度应该不是需要特别考虑的问题.

Cheers.
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Life, Love, Laugh.
2楼2010-12-09 00:37:28
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michaelpao

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by qphll at 2010-12-09 00:37:28:
不是很明白你的问题

首先, 你是有很多小分子需要优化, 还是说你的体系有很多小分子?

其实, Chemoffice的好处是画结构式, 你可以在chemoffice里面调用Gaussian来做一些优化, 或者导出结构在其他的程序里面做 ...

恩，我还是初学者，问的问题是有点不明不白，因为本身我也有点不清楚这方面的知识。

1，我有很多个同分异构体的小分子，需要进行能量最小化。
2，我之后可能要做AutoDock的对接，我不知道AutoDock里面有没有能量最小化这个不走。我就是在chemoffice里面调用Gaussian做的优化，无奈时间有点长啊~而且只能一个一个处理，我有200+个小分子啊。
3，Sybyl可以做小分子的能量最小化吗？应该注意哪些参数的调试？

多谢您啦，这么耐心的回复我这个菜鸟。
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3楼2010-12-09 10:07:01
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lilibaby

银虫 (小有名气)

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★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-02 15:49:11
引用回帖:
Originally posted by michaelpao at 2010-12-08 19:58:44:
小弟用chemoffice画出PCB小分子之后，应该如何进行能量最小化啊？mm2的能量最小化貌似用在小分子上不太行。用高斯速度又有点慢。有没有高手指点一下，因为要处理的小分子有点多。

先谢谢啦~

首先用mm2优化一下，然后再导出个gaussian的输入文件（.gif），一般的chem3D里面都有这个功能，这个.gif文件用gaussianview打开看看有没有断开的键，如果没有就再保存一下，也可以根据自己的情况修改下命令，再用gaussian计算就会快很多了。
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大家好
4楼2011-03-01 09:12:55
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chem_shilly
5楼2011-03-01 14:59:34
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nh13

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-02 15:49:23
用于对接的小分子，用MM2初步优化一下够用了吧，因为后面要做docking。
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6楼2011-03-01 23:15:51
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iiopiiop

新虫 (初入文坛)
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7楼2013-03-24 18:08:08
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微笑微微

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by qphll at 2010-12-09 00:37:28
不是很明白你的问题

首先, 你是有很多小分子需要优化, 还是说你的体系有很多小分子?

其实, Chemoffice的好处是画结构式, 你可以在chemoffice里面调用Gaussian来做一些优化, 或者导出结构在其他的程序里面做优 ...

怎么调用Gaussian，刚学了，不会优化
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8楼2013-10-31 16:39:02
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