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michaelpao

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】用chemoffice画出小分子之后的优化问题 已有7人参与

小弟用chemoffice画出PCB小分子之后,应该如何进行能量最小化啊?mm2的能量最小化貌似用在小分子上不太行。用高斯速度又有点慢。有没有高手指点一下,因为要处理的小分子有点多。

先谢谢啦~
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lilibaby

银虫 (小有名气)

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★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-02 15:49:11
引用回帖:
Originally posted by michaelpao at 2010-12-08 19:58:44:
小弟用chemoffice画出PCB小分子之后,应该如何进行能量最小化啊?mm2的能量最小化貌似用在小分子上不太行。用高斯速度又有点慢。有没有高手指点一下,因为要处理的小分子有点多。

先谢谢啦~

首先用mm2优化一下,然后再导出个gaussian的输入文件(.gif),一般的chem3D里面都有这个功能,这个.gif文件用gaussianview打开看看有没有断开的键,如果没有就再保存一下,也可以根据自己的情况修改下命令,再用gaussian计算就会快很多了。
大家好
4楼2011-03-01 09:12:55
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qphll

金虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-12-10 10:54:42
不是很明白你的问题

首先, 你是有很多小分子需要优化, 还是说你的体系有很多小分子?

其实, Chemoffice的好处是画结构式, 你可以在chemoffice里面调用Gaussian来做一些优化, 或者导出结构在其他的程序里面做优化.

再次, 这里的优化, 只是等同于 energy minimization,不管你之后是要跑DFT,还是Classical MD, 你都需要在你的后续程序里面再做一下minimization, 然后再算其他的. 所以, 精度应该不是需要特别考虑的问题.

Cheers.
Life, Love, Laugh.
2楼2010-12-09 00:37:28
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michaelpao

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by qphll at 2010-12-09 00:37:28:
不是很明白你的问题

首先, 你是有很多小分子需要优化, 还是说你的体系有很多小分子?

其实, Chemoffice的好处是画结构式, 你可以在chemoffice里面调用Gaussian来做一些优化, 或者导出结构在其他的程序里面做 ...

恩,我还是初学者,问的问题是有点不明不白,因为本身我也有点不清楚这方面的知识。

1,我有很多个同分异构体的小分子,需要进行能量最小化。
2,我之后可能要做AutoDock的对接,我不知道AutoDock里面有没有能量最小化这个不走。我就是在chemoffice里面调用Gaussian做的优化,无奈时间有点长啊~而且只能一个一个处理,我有200+个小分子啊。
3,Sybyl可以做小分子的能量最小化吗?应该注意哪些参数的调试?

多谢您啦,这么耐心的回复我这个菜鸟。
3楼2010-12-09 10:07:01
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nh13

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
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ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-02 15:49:23
用于对接的小分子,用MM2初步优化一下够用了吧,因为后面要做docking。
6楼2011-03-01 23:15:51
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