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【求助】用chemoffice画出小分子之后的优化问题 已有7人参与
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小弟用chemoffice画出PCB小分子之后，应该如何进行能量最小化啊？mm2的能量最小化貌似用在小分子上不太行。用高斯速度又有点慢。有没有高手指点一下，因为要处理的小分子有点多。 先谢谢啦~ |
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4楼2011-03-01 09:12:55
qphll
金虫 (正式写手)
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-12-10 10:54:42
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-12-10 10:54:42
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不是很明白你的问题 首先, 你是有很多小分子需要优化, 还是说你的体系有很多小分子? 其实, Chemoffice的好处是画结构式, 你可以在chemoffice里面调用Gaussian来做一些优化, 或者导出结构在其他的程序里面做优化. 再次, 这里的优化, 只是等同于 energy minimization,不管你之后是要跑DFT,还是Classical MD, 你都需要在你的后续程序里面再做一下minimization, 然后再算其他的. 所以, 精度应该不是需要特别考虑的问题. Cheers. |
2楼2010-12-09 00:37:28
3楼2010-12-09 10:07:01
6楼2011-03-01 23:15:51