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lily_llf

新虫 (小有名气)

[求助] 用AutoDock作分子对接前的小分子能量最小化问题

求教各位高手,在用AutoDock做分子对接前,对小分子进行能量最小化用什么软件比较合适?PRODRG2.5 Server行不行,听说它是专门针对Gromacs的,用于AutoDock怎么样呢?

    感激!
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
lily_llf(金币+2): 2011-05-23 20:37:22
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-05-24 20:16:41
引用回帖:
Originally posted by lily_llf at 2011-05-23 15:39:49:
求教各位高手,在用AutoDock做分子对接前,对小分子进行能量最小化用什么软件比较合适?PRODRG2.5 Server行不行,听说它是专门针对Gromacs的,用于AutoDock怎么样呢?

    感激!

能量最小化最大的区别是方法,而不是软件或服务器,最常用的就是最陡下降法和共轭梯度法,你只要注意你用的软件是啥最小化方法即可。
2楼2011-05-23 17:17:54
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lily_llf

新虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-05-23 17:17:54:
能量最小化最大的区别是方法,而不是软件或服务器,最常用的就是最陡下降法和共轭梯度法,你只要注意你用的软件是啥最小化方法即可。

明白了,谢谢啊!
3楼2011-05-23 20:38:27
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lily_llf

新虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-05-23 17:17:54:
能量最小化最大的区别是方法,而不是软件或服务器,最常用的就是最陡下降法和共轭梯度法,你只要注意你用的软件是啥最小化方法即可。

再问一个问题啊,PRODRG2.5 Server和Chem3D用的是哪一种方法啊?
谢谢!
4楼2011-05-24 09:20:37
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-05-24 20:16:50
引用回帖:
Originally posted by lily_llf at 2011-05-24 09:20:37:
再问一个问题啊,PRODRG2.5 Server和Chem3D用的是哪一种方法啊?
谢谢!

其实这个在网上都能找得到的,还是鼓励你自己去寻找答案,PRODRG用的是steepest descent,最陡下降法,chem3D分你优化用的模块,正常的是MM,还有MOPAC,gamess等模块,用的都是不一样的方法
5楼2011-05-24 09:39:37
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lily_llf

新虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-05-24 09:39:37:
其实这个在网上都能找得到的,还是鼓励你自己去寻找答案,PRODRG用的是steepest descent,最陡下降法,chem3D分你优化用的模块,正常的是MM,还有MOPAC,gamess等模块,用的都是不一样的方法

嗯,好的,自己找了印象深啊!呵呵
   
   浏览小木虫是看到你以前发的帖子了,你入门挺快的,向你学习啊!

   
6楼2011-05-24 09:43:16
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chemozhang

木虫 (正式写手)

帖子真精彩!
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故地如重游月圆更寂寞
7楼2011-09-05 19:18:43
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