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艾滋病癌症

银虫 (小有名气)

[求助] 急!!像这样的pcr结果怎么优化啊

本人因为毕业设计的缘故“被选择”了从未涉足的分子生物学方向,很多经验是恶补不来的。今天跑出了如下图的结果,师兄让优化一下但我小白一个,不太清楚从哪里入手。求指导

PS:marker是2000 的,750处是目的条带,它前面的三条比较纠结
我是50体系的,buffer5,dntp4,上下引物各2,模板1,酶0.5
合成单上的TM上71,下75
我用65度退火(60度也试过,效果不大)1分钟。30个循环

我想知道我目的条带前面的那三条分别是什么东西,怎么优化。如果告诉我用退火温度跑个梯度出来,是不行的哦


[ Last edited by 艾滋病癌症 on 2011-4-22 at 13:41 ]
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天使托

专家顾问 (职业作家)

T.Shen

【答案】应助回帖

★ ★
艾滋病癌症(金币+5): 这就按部就班的做。你说的这些对纯新人来说就是如降甘露啊,谢啦 2011-04-22 15:02:42
西瓜(金币+2, EPI+1): 鼓励!天使继续加油啊~ 2011-04-22 15:29:11
1:你50ul体系不是很恰当,引物各加1ul,酶1ul,dNTP1ul,模板1ul,buffer5ul。
2:不知道你有没有做过温度梯度呢?就是看看哪一个问题下P出的条带是最亮的,然后选此温度大批量的进行扩增,如果没有,那么可以这样操作:首先两条引物的温度之和除以2,然后结果上下加减几度,就那你这两条引物来说吧,一个71,一个75,和除以2就是73,然后你可以做梯度:75 73 71 70 69 68 66等等。。。。看看哪一个温度下是最亮的。
3:750bp用一分钟就OK了,可以多循环一会,30个就行。。。。
Whenever,Wherever,Anyway!MustRemember:Fight!KeepFighting!NeverGiveUp!
5楼2011-04-22 14:43:51
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