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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】DS对接结果分析
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zhaoqingshan

金虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】DS对接结果分析

应用DS做了一个对接的结果分析图片，但是自己看不懂呀？请教各位大侠了！

这些图片的不同颜色里面都包含了什么作用？氯原子下面蓝色的底纹代表什么？

201残基下的蓝色底纹代表什么呢？谢谢各位了，还有红紫色箭头代表氢键，我的配体能形成这么多氢键么？




[ Last edited by zhaoqingshan on 2011-1-18 at 12:35 ]
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1楼 2011-01-18 12:20:34
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wdali

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
zhaoqingshan(金币+5): 2011-01-18 21:31:25
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-01-19 16:41:59
紫色表示参与氢键、静电或极性相互作用的氨基酸
绿色表示参与范德华相互作用的氨基酸
绿色带阴影：氨基酸的溶剂可及表面以蓝色的中空圆覆盖在该氨基酸上。圆的半径大小与溶剂可及表面的大小成正比例。
蓝色箭头：与氨基酸侧链形成的氢键。箭头指向电子供体。
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2楼2011-01-18 14:46:44
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myputer

铜虫 (初入文坛)

这个对接是怎么样做出来的用DS

这个对接是怎么样做出来的用DS
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3楼2011-01-18 16:33:01
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zhaoqingshan

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by wdali at 2011-01-18 14:46:44:
紫色表示参与氢键、静电或极性相互作用的氨基酸
绿色表示参与范德华相互作用的氨基酸
绿色带阴影：氨基酸的溶剂可及表面以蓝色的中空圆覆盖在该氨基酸上。圆的半径大小与溶剂可及表面的大小成正比例。
蓝色箭头 ...

氯原子下面蓝色的底纹代表什么？
苯环上面的两个蓝色底纹代表什么呢
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4楼2011-01-18 21:34:29
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wdali

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhaoqingshan at 2011-01-18 21:34:29:


氯原子下面蓝色的底纹代表什么？
苯环上面的两个蓝色底纹代表什么呢

这个我还真不知道耶，等我弄明白了，一定会来回答你
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5楼2011-01-20 10:31:27
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zhaoqingshan

金虫 (初入文坛)
先谢谢了
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6楼2011-01-20 19:28:49
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zhaoqingshan

金虫 (初入文坛)
各位高手，还有谁能帮解释一下呀！
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7楼2011-01-23 20:08:20
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zhaoqingshan

金虫 (初入文坛)
急急急急急急！自己再顶一下
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8楼2011-01-28 21:33:05
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yalefield

金虫 (文坛精英)
★ ★ ★ ★
zhaoqingshan(金币+5): 2011-01-31 10:59:08
ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-02-05 20:47:11
阴影表示溶剂化效应。

具体情况，看论文：
Alex M. Clark* and Paul Labute
2D Depiction of Protein Ligand Complexes
J. Chem. Inf. Model. 2007, 47, 1933-1944

作者就是出品MOE的CCG公司的。
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9楼2011-01-29 09:01:00
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zhaoqingshan

金虫 (初入文坛)
好的，谢谢了
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10楼2011-01-31 11:30:15
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britney137803

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
阴影是溶剂化效应？
这个挺有意思的~~
呵呵
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11楼2011-02-02 16:02:42
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zhaoqingshan

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by britney137803 at 2011-02-02 16:02:42:
阴影是溶剂化效应？
这个挺有意思的~~
呵呵

您的意思是：是溶剂化效应，还是不是溶剂化效应呀？
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12楼2011-02-03 17:05:13
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chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
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13楼2011-09-05 19:53:39
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chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
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14楼2011-09-05 19:53:43
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zff2010

铁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主的对接用的是DS2.5吗？我做出来的只有结构没有相互作用力的显示啊，求解...谢谢！
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15楼2013-06-03 15:20:31
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lisaw

新虫 (初入文坛)
溶剂效应
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16楼2014-04-22 21:38:10
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ydfxzq

银虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主，我想请教一下你这个2D图是怎么做出来的啊，我倒腾了半天一直有问题，求解决啊。
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17楼2015-05-20 10:35:13
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cun8209

捐助贵宾 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
您好，您的这样的图是怎么导出的啊，我怎么鼓捣都弄不出来，求指导啊
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18楼2019-01-11 11:12:56
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