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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】DS对接结果分析
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zhaoqingshan

金虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】DS对接结果分析

应用DS做了一个对接的结果分析图片，但是自己看不懂呀？请教各位大侠了！

这些图片的不同颜色里面都包含了什么作用？氯原子下面蓝色的底纹代表什么？

201残基下的蓝色底纹代表什么呢？谢谢各位了，还有红紫色箭头代表氢键，我的配体能形成这么多氢键么？




[ Last edited by zhaoqingshan on 2011-1-18 at 12:35 ]
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1楼 2011-01-18 12:20:34
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yalefield

金虫 (文坛精英)
★ ★ ★ ★
zhaoqingshan(金币+5): 2011-01-31 10:59:08
ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-02-05 20:47:11
阴影表示溶剂化效应。

具体情况，看论文：
Alex M. Clark* and Paul Labute
2D Depiction of Protein Ligand Complexes
J. Chem. Inf. Model. 2007, 47, 1933-1944

作者就是出品MOE的CCG公司的。
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9楼2011-01-29 09:01:00
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wdali

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
zhaoqingshan(金币+5): 2011-01-18 21:31:25
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-01-19 16:41:59
紫色表示参与氢键、静电或极性相互作用的氨基酸
绿色表示参与范德华相互作用的氨基酸
绿色带阴影：氨基酸的溶剂可及表面以蓝色的中空圆覆盖在该氨基酸上。圆的半径大小与溶剂可及表面的大小成正比例。
蓝色箭头：与氨基酸侧链形成的氢键。箭头指向电子供体。
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2楼2011-01-18 14:46:44
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myputer

铜虫 (初入文坛)

这个对接是怎么样做出来的用DS

这个对接是怎么样做出来的用DS
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3楼2011-01-18 16:33:01
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zhaoqingshan

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by wdali at 2011-01-18 14:46:44:
紫色表示参与氢键、静电或极性相互作用的氨基酸
绿色表示参与范德华相互作用的氨基酸
绿色带阴影：氨基酸的溶剂可及表面以蓝色的中空圆覆盖在该氨基酸上。圆的半径大小与溶剂可及表面的大小成正比例。
蓝色箭头 ...

氯原子下面蓝色的底纹代表什么？
苯环上面的两个蓝色底纹代表什么呢
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4楼2011-01-18 21:34:29
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