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逸如风

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[交流] 【求助/交流】核基因 PCR产物直接测序，结果出现单个位点套峰，是否需要做克隆测序

如题，核基因PCR产物直接测序，测序结果出现单个位点套峰，是否需要做克隆测序？我是要得到基因序列做分析，没有后续的实验。套峰位点两个碱基都很清楚，很有可能是杂合子，但是不知道能不能排除测序结果错误的可能性。求高手指点！！

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1楼 2010-12-27 11:13:03

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susizheng

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逸如风(金币+1):谢谢！就是说还是有测序误差的可能性咯？ 2010-12-27 17:31:50

做下克隆吧，多测几个不同的克隆，看是否是测序误差，
不过如果是杂合子的话，不一定能保证能测两个有差异的克隆。

2楼2010-12-27 13:49:03

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amilie030312

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逸如风(金币+1):谢谢！ 2010-12-27 17:32:08

你用的PCR的酶保真性不好，换个酶吧，你这PCR之后出现套峰了肯定是出现错配了

3楼2010-12-27 15:13:06

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rioarsenal

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逸如风(金币+1):歇息 2010-12-29 09:39:02

那个密码子对应的氨基酸变了没？

4楼2010-12-27 15:18:22

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l123w456x789

新虫 (初入文坛)

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逸如风(金币+1):谢谢！没有钱呀。。。 2010-12-27 17:34:01

还是TA克隆比较保险

5楼2010-12-27 15:34:03

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逸如风

银虫 (小有名气)

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Originally posted by rioarsenal at 2010-12-27 15:18:22:
那个密码子对应的氨基酸变了没？

套峰多在内含子区域，只有一个序列的一个位点是在编码区，兼并密码子

6楼2010-12-27 17:33:23

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逸如风

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Originally posted by amilie030312 at 2010-12-27 15:13:06:
你用的PCR的酶保真性不好，换个酶吧，你这PCR之后出现套峰了肯定是出现错配了

没有，只是一个位点的套峰，不是一段碱基序列的套峰

7楼2010-12-27 17:34:56

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rioarsenal

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Originally posted by 逸如风 at 2010-12-27 17:33:23:

套峰多在内含子区域，只有一个序列的一个位点是在编码区，兼并密码子

那就没啥问题了吧，编码区没事

8楼2010-12-27 18:08:12

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逸如风

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Originally posted by susizheng at 2010-12-27 13:49:03:
做下克隆吧，多测几个不同的克隆，看是否是测序误差，
不过如果是杂合子的话，不一定能保证能测两个有差异的克隆。

经验上测序是不是要挑取10个菌落？如果这样的话测序成本超出预期了。测序误差是可能存在的是吧？

9楼2010-12-29 09:41:40

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susizheng

木虫 (著名写手)

引用回帖:

Originally posted by 逸如风 at 2010-12-29 09:41:40:

经验上测序是不是要挑取10个菌落？如果这样的话测序成本超出预期了。测序误差是可能存在的是吧？

测序之前最好先鉴定是阳性转化子，然后多送几个去测序。
也不排除是测序的误差。

10楼2010-12-29 15:06:15

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